Như phần trên đã xác định, trong quan hệ giữa chủ sở hữu nhà nước và “công ty mẹ - công ty con” thì chủ thể quản lý là chủ sở hữu nhà nước và đối tượng quản lý là “công ty mẹ - công ty con”, mà trực tiếp là công ty mẹ. Tuy nhiên, câu hỏi “Chủ sở hữu nhà nước là ai?” vẫn là câu hỏi chưa có lời giải thỏa đáng và thống nhất, không chỉ ở các nước đang phát triển và các nền kinh tế chuyển đổi mà kể cả các nước kinh tế thị trường lâu đời.
Nhà nước là một hệ thống thể chế, trong đó, về mặt tổ chức hành chính, Nhà nước bao gồm nhiều cơ quan khác nhau. Vì vậy, nếu bàn tới Nhà nước như một chủ thể sở hữu thì khó được xác định cụ thể như các chủ sở hữu là cá nhân và pháp nhân khác. Trong điều kiện chưa xác định được chính xác được chủ sở hữu nhà nước thì việc coi bộ máy hành chính thay mặt Nhà nước để thực hiện chức năng quản lý của chủ sở hữu nhà nước là phương thức phổ biến. Tuy nhiên, bản thân Chính phủ cũng không thể trực tiếp thực hiện chức năng quản lý của chủ sở hữu tại các doanh nghiệp mà phải ủy quyền cho cấp tiếp theo, cụ thể Chính phủ ủy quyền cho một hoặc một số đại diện chủ sở hữu để trực tiếp thực hiện chức năng quản lý của chủ sở hữu nhà nước tại doanh nghiệp. Như vậy, chủ thể sở hữu nhà nước hay chủ thể thực hiện quản lý của chủ sở hữu nhà nước đối với DNNN không phải là chủ sở hữu thực mà chỉ là chủ sở hữu theo ủy quyền với nhiều cấp khác nhau1
.
Hơn nữa, như phần trên đã đề cập, không giống doanh nghiệp khu vực tư nhân chỉ nhằm mục tiêu tối đa hoá lợi nhuận và giá trị kinh tế gia tăng (EVA),
1 Đây chính là vấn đề về mối quan hệ giữa “chủ đích thực” (Principal) và “các trung gian” (Agents) trong “Lý thuyết đại diện” (Agency Theory). Theo Lý thuyết này, chủ sở hữu không tham gia quản lý, điều hành trực tiếp doanh nghiệp mà uỷ quyền cho các đại diện thực hiện.
DNNN thường nhằm đạt được cả mục tiêu kinh tế lẫn mục tiêu phi kinh tế và các mục tiêu có thể mâu thuẫn nhau. Hay nói cách khác, DNNN phải chịu sự can thiệp của nhiều cơ quan của chính phủ. Trong nhiều nghiên cứu đã chỉ ra rằng, sự can thiệp chính trị là một trong những nguyên nhân của tình trạng kém hiệu quả của DNNN [73], [89]. Do đó, việc xác định chủ thể sở hữu rõ ràng cùng với phân định rõ trách nhiệm, nội dung quản lý của các chủ thể, giảm sự can thiệp chính trị đã được đặt ra cả trong lý luận và thực tiễn.
Thực tế, theo thời gian, mô hình thực hiện chức năng quản lý của chủ sở hữu nhà nước đã có những đổi mới. Dù mỗi nước có những điều kiện kinh tế, xã hội, môi trường chính trị, văn hoá và cơ cấu tổ chức hành chính cũng như quy mô và tầm quan trọng của khu vực DNNN khác nhau nhưng tựu chung lại có ba mô hình tổ chức thực hiện chức năng quản lý của chủ sở hữu nhà nước, đó là mô hình bộ quản lý ngành/ bộ chủ quản, mô hình song trùng và mô hình tập trung [80], [84], [92]. Theo đó, nội dung quản lý của chủ sở hữu nhà nước được các chủ thể sở hữu thực hiện theo từng mô hình nhất định. Mô hình bộ quản lý ngành/ bộ chủ quản là mô hình truyền thống nhất. Theo mô hình này, các DNNN thuộc trách nhiệm của từng bộ quản lý ngành tương ứng. Trong mô hình tập trung, một cơ quan của chính phủ (một bộ hoặc một công ty nắm vốn) chịu trách nhiệm thực hiện toàn bộ nội dung quản lý của chủ sở hữu nhà nước đối với tất cả DNNN. Trong mô hình song trùng, trách nhiệm thực hiện các nội dung quản lý của chủ sở hữu nhà nước được chia sẻ giữa bộ quản lý ngành và một bộ/ cơ quan khác (thường là Bộ Tài chính). Bộ/ cơ quan khác này thực hiện những nội dung nhất định của chức năng chủ sở hữu đối với tất cả DNNN còn những nội dung khác do bộ quản lý ngành thực hiện tuỳ theo lĩnh vực hoạt động của DNNN. Trong mô hình này, quyền lực của bộ hoặc cơ quan này có thể gần với bộ hoặc cơ quan trong mô hình tập trung, các bộ khác đóng vai trò hạn chế và tuỳ theo từng trường hợp cụ thể.
Mặc dù, hiện nay, sự đa dạng trong mô hình quản lý của chủ sở hữu nhà nước vẫn tồn tại và mỗi nước phát triển mô hình quản lý riêng phù hợp với điều
kiện của từng nước để thực hiện quản lý của chủ sở hữu nhà nước có hiệu quả nhất, đạt được cả mục tiêu thương mại cũng như mục tiêu chính sách, mục tiêu xã hội đặt ra nhưng tiến trình đổi mới tổ chức thực hiện chức năng quản lý của chủ sở hữu nhà nước vẫn đang tiếp diễn. Xu hướng đổi mới hiện nay là các nước chuyển từ mô hình bộ quản lý ngành/ chủ quản sang mô hình tập trung hơn (mặc dù hình thức và mức độ tập trung khác nhau) nhằm hạn chế sự can thiệp về mặt chính trị của các cơ quan nhà nước. Theo OECD [85], tập trung hoá là một cách hiệu quả để phân chia rõ ràng giữa thực hiện chức năng quản lý của chủ sở hữu nhà nước với các chức năng khác của nhà nước, đặc biệt là chức năng điều tiết thị trường và chính sách phát triển ngành. Trong trường hợp không tập trung hoá được việc thực hiện quản lý của chủ sở hữu nhà nước thì yêu cầu tối thiểu là thành lập một cơ quan điều phối trong số các cơ quan có liên quan. Cơ quan điều phối sẽ điều hoà và sắp xếp các hoạt động và chính sách giữa các cơ quan này. Cơ quan điều phối chịu trách nhiệm xây dựng chính sách sở hữu chung, cung cấp hướng dẫn và thống nhất thông lệ giữa các bộ.
Tuy nhiên, OECD [85] cũng khuyến nghị rằng, tập trung hoá việc thực hiện chức năng quản lý của chủ sở hữu nhà nước chủ yếu phù hợp với các DNNN hoạt động trong những ngành tự do cạnh tranh; không nhất thiết áp dụng đối với DNNN chủ yếu phục vụ mục tiêu chính sách công. Đối với những doanh nghiệp chủ yếu phục vụ mục tiêu chính sách công, các bộ quản lý ngành vẫn là cơ quan thích hợp và có thẩm quyền nhất để thực hiện quản lý của chủ sở hữu nhà nước.