Thời kỳ Mạc phủ Tokugawa có sự kết hợp giữa Thần đạo và đạo Nho. Năm 1632(năm khao vĩnh thứ 9) Thánh đờng(miếu khổng tử) đã đợc xây dựng tại trờng t của nhà Hayashi ở UenoShinobugaoka thuộc Edo(Tokyo). Nhà Hayashi đợc cha truyền con nối chức đại học đầu(hiệu trởng), năm 1690 (năm nguyên lộc thứ 3) thánh đờng đợc chuyển về Kada yushima, tại đây đợc đặt sở học vấn Shoheizaka của nhà nớc(trờng học của mạc phủ). Khi Mạc phủ coi Nho giáo là nguyên lý chỉ đạo chính trị và ra sức phát triển Nho giáo thì ở các phiên, cũng xây dựng thánh đ- ờng và lập trờng học Nho giáo của các phiên. Nh vậy trong suốt thời kỳ Tokugawa, Nho giáo đã phổ cập trong tầng lớp võ sĩ nh là một giáo lý, làm chỗ dựa cho đạo đức gia đình theo chế độ gia trởng, luân lý trung hiếu, trật tự địa vị xã hội sĩ- nông- công- thơng. Nho giáo cũng muốn thâm nhập vào trong tầng lớp dân chúng. Cùng với việc phổ biến Nho giáo, đối lại Chu Tử học của nhà nớc, thì các trờng phái nh Dơng Minh học, Cổ học, Chiết trung học... đã xuất hiện và phát
Khi Nho giáo càng phát triển thì trong Thần đạo, vốn có quan hệ sâu sắc với Nho giáo, đã đợc các nhà Nho và các nhà Thần học đa ra nhiều thuyết về sự kết hợp giữa Thần đạo và đạo Nho. Hayashi Razan bác bỏ cả thiên chúa giáo lẫn Phật giáo, ông cho rằng Thần đạo là Vơng đạo và nêu ra một Thần đạo độc đáo với thái độ kính trọng đối với thần. Loại Thần đạo này đã đợc nhà Hayashi kế thừa từ đời này qua đời khác. Học giả phái Dơng Minh là Kumazawa Banzan đã xây dựng thuyết thần đạo, coi bản thể của thần là cái mà Vơng Dơng Minh gọi là Lơng Tri.
Về thuyết Thần đạo, kết hợp giữa Thần đạo và đạo Nho, trong các học giả về Thần đạo đã xuất hiện nhiều trờng phái nh Watarai, Yoshikaza, Suika. Thần
đạo Watarai vào giữa thời kỳ Tokugawa là một thuyết về Thần đạo do Deguchi(Wairatai Mobuyoshi 1615-1690), một chức sắc của Ngoại điện Thần Cung Ise đề xớng. Chủ trơng loại Phật giáo ra khỏi Thần đạo, thay vào đó tiếp thu thuyết lý khí của dịch và đạo Nho, lý giải cách mà tâm hồn của Thần và thân thể của mình hoà làm một để trở thành Thần nhân và truyền bá trong dân chúng nh một Thần đạo mới.
Xuất thân từ Thần đạo Yoshida,Yoshikawa Karetara(1616-1694), phê phán Thần đạo ở các đền thờ chung là Thần đạo hành pháp, ông đề xớng Thần đạo Yoshikawa, coi đó là Thần đạo lý học trị vì thiên hạ, ông lý giải"truyện Himorogi Iwasaka'' , gọi đó là đạo quân thần và cố ý cho luân lý đạo Nho.
Koretasu trớc vốn làm nghề buôn bán ở Edo sau trở thành nhà nghiên cứu Thần đạo, ông đã giành đợc sự tín nhiệm của các đại danh có thế lực và đăng ký là nhà Thần đạo học của Mạc phủ. Nhiều đại danh thời Tokugawa trở thành đệ tử của Koretasu, họ đã phổ cập Thần đạo YoShi Kawa trong các phiên của mình.
Đợc tiếp thu các trào lu Thần đạo nh: Watasai, YoShi Kawa ... học giả Thần đạo Yama Zaki Ansai (1618 - 1682) đã khai sáng ra Thần đạo Suika đợc coi là sự tổng hợp của Thần đạo Nho giáo. Ansai đã chuyển từ một Thiền tăng của chùa Diệu Tâm ở Kyoto thành một học giả của Chu tử học và sau đó trở thành nhà nghiên cứu Thần đạo, năm 1655 (năm Minh Lịch thứ nhất), Ansai đã mở trờng Kyoto dạy cho nhiều môn đồ. Saika ( thuỳ gia ) có nghĩa là Thần Thuỳ Minh gia, là hiệu của Ansai.
Thần đạo Saika tiếp nhận cả thuyết Âm Dơng ngũ hành với trọng tâm là thuyết lý khí của đạo Nho, là thuyết Thần đạo mang đậm màu sắc đạo Nho đến mức đợc gọi là Thần đạo của Hán học. Ansai đã lý giải sự hợp nhất giữa Thần với ngời. Ông cho rằng thần là Tâm của Trời Đất, vận động nhờ vào khí của lý. Thần đạo Saika nhấn mạnh sự sùng bái Thiên Hoàng và thuyết giải luân lý phong kiến về trung nghĩa.
Thần đạo Saika có thần Amenomina Kanu Shino Kami là Thần chủ soái Trời Đất và nuôi dỡng vạn vật, còn đạo của Thánh Sinh Trí An Hành
Amaterasuomi Kami và thánh học trí Sarutabikoo Kami là thần đạo. "Truyện về
thổ kim" giải thích rằng Thiên Địa, Âm Dơng, Nhân đạo tất cả đều từ Thổ và Kim
mà sinh ra cả. Kim là Thổ kết hợp lại mà thành, do đó Thổ Kim ghép lại là "Kính". Nếu có Thổ nhất định sẽ có Kim, thân thể con ngời là Thổ, con ngời nếu kính cẩn thì sẽ sinh ra Kim.
Từ trong trào lu của Thần đạo Saika thuyết giảng về sự sùng bái Thiên Hoàng ở đất kinh thành Kyoto đã xuất hiện các nhà tôn sùng Thiên Hoàng, thuyết giảng Thần đạo với Nhật Hoàng làm trung tâm.