Đây là thời kỳ các nhà lãnh đạo chủ trơng đóng cửa đất nớc, quyết định này có liên quan đến chính sách ngoại giao của đất nớc. Năm 1639, Mạc phủ Tokugawa có luật cấm ngời Nhật Bản buôn bán với ngời nớc ngoài và cấm ngời n- ớc ngoài buôn bán với ngời Nhật Bản trừ hai nớc Hà Lan, Trung Quốc. Cho đến năm 1854, do áp lực của hạm đội Mỹ, Nhật Bản buộc phải mở một cửa khẩu nhỏ ở Nagasaki, còn lại hoàn toàn đóng cửa với thế giới bên ngoài. Vậy, tại sao Nhật Bản thời kỳ Mạc phủ Tokugawa lại thực hiện chính sách đóng cửa? Trớc hết về mặt chính trị, ở thế kỷ XVI, XVII, cờng quốc của Kyotogiáo rất tích cực truyền đạo ra nớc ngoài. Ngời Nhật Bản cũng nhìn thấy mối nguy cơ tiềm ẩn sau các nhà truyền đạo đó là sự xâm lợc của thực dân phơng Tây và Nhật Bản lo sợ điều này.
Bên cạnh đó sự lớn mạnh của các lãnh chúa (daimio) thông qua mậu dịch với nớc ngoài cũng là mối đe doạ của chính quyền Mạc phủ Tokugawa. Vì thế Mạc phủ chỉ mở một cửa nhỏ để cho một bộ phận nhỏ thơng nhân có độc quyền buôn bán với nớc ngoài một cách có hạn chế. Nh vậy ta cũng thấy đóng cửa là một chính sách khổ nhục trong điều kiện phức tạp của trong và ngoài nớc mà chính quyền Mạc phủ phải thực hiện.
Thể chế đóng cửa mà giới lãnh đạo thời Mạc phủ Tokugawa thực hiện là một loại "độc lập với quốc tế". Kết quả làm gián đoạn sự giao lu của Nhật Bản đối với Đông Nam á và Tây Âu, hơn thế nữa nó còn làm co hẹp mối quan hệ văn hoá với lục địa Trung Hoa vốn đã có từ lâu đời.
Trong 265 năm xây dựng đất nớc trong hoà bình, thời Mạc phủ Tokugawa, bên cạnh những thay đổi lớn về kinh tế, xã hội, một nền văn hoá đậm nét dân tộc Nhật Bản cũng đợc hoàn chỉnh, mà ngời nâng đỡ nó không phải là tầng lớp quý tộc cung đình hay các Samurai, mà chính là tầng lớp thị dân (Chonin) đã hình thành và lớn mạnh trong lòng chế độ phong kiến cuối cùng của nớc Nhật Bản. Chính vì vậy nền văn hoá thời kỳ này cũng có những bản sắc riêng.
Nếu các nền văn hoá thời trung đại đầu kỳ là quá trình tiếp nhận những ảnh hởng chủ yếu của văn hoá Trung Quốc, thì thời kỳ Tokugawa là thời kỳ ngời Nhật hoàn thiện "Nhật hoá" những văn hoá đó.