Thời kỳ Mạc phủ Tokugawa văn hoá đợc phát triển trong hoà bình, thịnh trị kéo dài tới 265 năm trên một quốc gia thống nhất, dới sự trị vì của các Tớng quân dòng họ Tokugawa hùng mạnh. Đây là thời kỳ phục hng của văn hoá Nhật Bản sau hàng trăm năm nội chiến trớc đó.
Đạo Khổng là đạo đức luân lý truyền thống về văn hoá và chính trị, bắt nguồn từ Trung Hoa. Khổng giáo trong thời đại Hán đợc truyền bá vào Nhật Bản qua Triều Tiên vào khoảng thế kỷ V, nó đã có ảnh hởng đến sự phát triển của nhà nớc Nhật Bản rất lớn vì nó ủng hộ cho quyền bá chủ chính trị.
Năm 1603 Tokugawa Ieyasu thành lập Mạc phủ trở thành chúa phong kiến lớn nhất toàn quốc, nắm dữ hơn 26% đất trai trồng trọt của cả nớc, xuất hiện cơ cấu thống trị phong kiến kim tự tháp, đợc cấu thành bởi chế độ Tớng quân-võ sĩ.
Để duy trì bóc lột và thống trị phong kiến, ngời đứng đầu Mạc phủ nhận thấy muốn khống chế t tởng nhân dân, cần phải có một loại học thuyết cung đình để duy trì chế độ địa vị đẳng cấp, buộc thần dân phải phục tùng và trung thành với vua, Nho giáo thích ứng với nhu cầu này. Nên vào thời kỳ Mạc phủ Tokugawa, đạo Khổng (chủ yếu là tống Nho ), đợc chính quyền Mạc phủ chọn làm hệ t tởng chính thống của đất nớc. Tống Nho (học thuyết Chu Hi) vốn đợc truyền bá vào Nhật Bản thế kỷ XIV và khi Tokugawa Ieyasu lên cần quyền xác lập vững chắc chính quyền thì triết học Khổng giáo mới đi vào cuộc sống thực tiễn của Nhật Bản. Học thuyết Chu Hi đề cao hai chữ "Trung-Hiếu" đây chính là điều cần thiết hàng đầu để bảo vệ chế độ phong kiến, vào thời kỳ này ở Nhật Bản cũng cần phải củng cố hai đức tính này.
Do lấy đạo Khổng làm hệ t tởng chính của đất nớc, nên dới thời Mạc phủ Tokugawa, tầng lớp võ sĩ trẻ tuổi rất coi trọng việc học tập, vì cai trị trong các phiên và Mạc phủ đòi hỏi phải có những con ngời có giáo dục và trung thành.
Chế độ thời Tokugawa đã mang lại sự ổn định và tạo điều kiện thuận lợi đối với đạo Khổng, trong suốt thời kỳ này đạo Khổng đợc truyền bá rộng rãi nhất.
Đạo Khổng trở thành quốc giáo, nên đền thờ Khổng Tử đợc xây dựng ở nhiều nơi, không chỉ ở Edo mà còn ở các phiên. Các thành viên trong dòng họ Tokugawa cũng thờ Khổng Tử, nh lãnh chúa ở vùng owari tên là Yoshinao, con trai thứ chín của Ieyasu đã cho xây dụng đền thờ Khổng Tử ở Nagoyo. Năm 1632 ông này còn xây một nhà thờ Khổng Tử rất lớn ở Ueno. Và hàng năm nghi lễ của đạo Khổng đều đợc tiến hành tại đây. Các thành viên khác của dòng họ Tokugawa nh lãnh chúa Mitsukuin ở phiên Mito hay Hozuna ở phiên Aizu... cũng đều thờ Khổng Tử rất trang trọng
Năm 1690 theo lệch của Tsunayoshi, vị Tớng quân thứ 5, một ngời say mê nghiên cứu đạo Khổng, miếu thờ Khổng Tử đã đợc dời từ Ueno về Yushima ở Tokyo. Dới thời Tớng quân này việc học tập và nghiên cứu đạo Khổng đi vào nề
nếp, đích thân Tớng quân cũng nghe và giảng về Tứ th. Sách gối đầu gờng của vị Tớng quân này là Đại học và Đạo hiếu, ông cũng là một Tớng quân yêu văn chơng nghệ thuật, ông chính là ngời đỡ đầu cho giới hội hoạ ở Tokyo thời đó. Sau khi thánh đờng Khổng Tử dời về Yushima, ông đã bổ nhiệm Hayashi Nobuatsu(1644- 1732) làm ngời đứng đầu. Yushima đợc xây dựng thành khu thánh đờng lớn vừa có khu đào tạo nhân tài cho đất nớc theo đạo đức Khổng giáo, vừa có miếu lớn thờ Khổng Tử, nơi đây trở thành trung tâm lễ hội kỷ niệm Khổng Tử của đất nớc.
Khổng giáo dới thời kỳ Tokugawa phát triển mạnh mẽ, nên cuối thế kỷ XVII đến đầu thế kỷ XVIII các học phái lần lợt xuất hiện :
Nakae Kuzuky là "Ngời sáng lập"(khai sơn tổ) của Dơng Minh học Nhật Bản, lấy học thuyết "Lơng tri" làm cơ sở cho học thuyết của mình. Lấy chữ "Hiếu" làm nguyên lý cơ bản cho vạn sự, đề cao chủ trơng"Văn hoặc Võ đều có chung
một đức "(văn vũ nhất đức), "Trung hay hiếu đều có cùng một nguồn"(Trung bức
lý"(Minh minh đức, th nghĩa lý), thì mới có thể phát huy đợc "Sức mạnh của nhân nghĩa" để hết lòng phục vụ chúa quân.
Yamatatori và Itominzi đợc coi là ngời sáng lập (khai sơn tổ) của phái Cổ
học, có thái độ phê phán Chu Tử học , Ogiusorai vì uyên thâm cổ học, quan sát
thấy nguy cơ của thể chế Mạc phủ, cho rằng"lý" của Chu tử học không thể giải thích đợc hiện tợng này.Theo ông phái Chu Tử học vì không thông từ học văn cổ, mu toan viễn vông, lấy "Thuyết tính lý " để cỡng giải cổ th, kết quả là lấy "lý" hại ngời
Đến cuối Mạc phủ, thuyết giáo của phái Mizuto chịu ảnh hởng của Chu Vũ Thuỷ (một nhà nho nối tiếng Trung Quốc triều Minh), đợc coi là trào lu thịnh hành nhất đề cao thuyết "Danh phận đại nghĩa" .
Đến đời thứ chín của Mạc phủ Tokugawa, Hoằng đạo quán đợc xây dựng nhằm đề cao t tởng nho gia :"Trung với giáo là một , văn và võ có cùng mục đích
Ngoài việc đề cao "đại nghĩa danh phận" ra thì họ còn nêu ra thuyết "Tôn vơng nhơng di" với ý đồ củng cố thể chế Mạc phủ ngay càng lung lay, chủ trơng kính Thiên Hoàng và Tớng quân, có ý chống xâm lợc.
Chính quyền Mạc phủ Tokugawa đã chọn Khổng giáo làm hệ t tởng chính thống của đất nớc. Nhng Thần đạo, là tín ngỡng bản địa của ngời Nhật Bản, chủ yếu tôn thờ sức mạnh tự nhiên đợc Thần thánh hoá nh một lực lợng vô hình gọi là Kami nh mặt trời, ma, gió, cỏ cây, muông thú...Ngời Nhật Bản lập ra các đền thờ để tỏ lòng thành kính và biết ơn sự phù hộ ban phúc của các Kami. Mọi ngời đến các đền thờ để cầu nguyện các Kami phù hộ cho sự thành công của mình.
Thần đạo trên thực tế không phải một tôn giáo theo đúng nghĩa của nó (không có ngời sáng lập, không có giáo lý) nhng lại đóng vai trò rất lớn với 9 vạn đền thờ và 10 vạn tu sĩ. Thần đạo là một tổng thể các tín ngỡng và nghi lễ, nhà thờ, cúng các vị thần tổ tiên và hồn ngời chết. Những hội hè lớn của Thần đạo đợc tổ chức trong dịp năm mới lại là dịp gợi lại tinh thần Thần đạo của các làng xã và tinh thần hoà hợp cộng đồng.Tinh thần đó đợc truyền bá vào sinh hoạt của quần
chúng nhân dân, nên không dễ dàng gì mà xoà nhoà nó đi đợc. Cho nên mặc dù Mạc phủ Tokugawa đề cao đạo đức Khổng giáo nhng trong tâm linh ngời Nhật Bản thời bấy giờ Thần đạo không bao giờ mất đi. Họ luôn ý thức mình là con cháu của các vị thánh Thần nên các vị Thần linh vẫn đợc thờ rộng rải trong dân gian.
Các lễ hội truyền thống vẫn đợc tổ chức hàng năm ở trong tất cả các địa ph- ơng để các Kami của họ luôn bảo trợ cho họ trong suốt cuộc sống, nh tâm niệm của bao đời nay. Hàng năm đền thờ Isejiugu nơi thờ tổ tiên của Thiên Hoàng xứ mặt trời mọc (Amaterasu) vẫn có từng đoàn ngời khắp nớc Nhật Bản tấp nấp hành hơng về thờ cúng.
Tống nho khuyến khích các học giả đơng thời tìm lại cội nguồn cổ điển của Trung Hoa, nhng rồi một số học giả đã đi sâu vào tìm hiểu cội nguồn Nhật Bản của mình và trào lu phục hng Thần học ra đời trên cơ sở đó. Cho nên trờng phái
Quốc học đợc hình thành và ngời ta bắt đầu đi tìm những văn bản gốc của Thần
đạo mong muốn khôi phục một con đờng chân xác của Thần đạo, thoát khỏi ảnh hởng của tôn giáo ngoại lai.
Ngời Nhật Bản tiếp thu đạo Khổng một cách có chọn lọc, họ chỉ đề cao những gì phù hợp với truyền thống của dân tộc họ, cho nên các học giả nổi tiếng thời Tokugawa khi nghiên cứu sâu sắc về đạo Khổng luôn cố gắng tìm những điểm tơng đồng giữa đạo Khổng và Thần đạo
Trong suốt thời kỳ Tokugawa (1603-1868) nghệ thuật cai trị cứng rắn của các Tớng quân mang lại một nền văn hoá hoà bình và thịnh trị tơng đối cũng nh t tởng phi tôn giáo hoá, sức sống của đạo Phật đã bị mất đi nhiều, đồng thời quyền lực chính trị, xã hội của các chùa chiền và các nhà s , ảnh hởng của tôn giáo này nói chung cũng bị giảm sút .
Đạo Khổng đợc tôn vinh, đạo Phật có phần giảm đi nhng không có nghĩa là bị lãng quyên, đạo Phật vẫn đóng vai trò quan trọng trong đời sống của xã hội, vì Phật giáo đợc du nhập vào Nhật Bản từ thế kỷ VI qua Trung Quốc, Triều Tiên. Chính tính đa dạng của t tởng Phật giáo đã làm cho đạo Phật trở thành tôn giáo có ảnh hởng to lớn đối với đời sống xã hội Nhật Bản. Có những thời kỳ giới quan lại vua chúa phong kiến, biến Phật giáo thành công cụ cai trị... Đến thời kỳ Mạc phủ Tokugawa tuy không đợc giai cấp thống trị dùng làm công cụ cai trị đất nớc, nhng
nó vẫn chi phối nhiều tập tục trong dân chúng, trong từng gia đình nh ma chay, thờ cúng ngời đã chết... Đến thời kỳ này nhiều tu viện, đền chùa lớn vẫn là trung tâm mở mang việc học giáo lý đạo Phật và tụng kinh niệm Phật. Các Tớng quân Tokugawa tuy không chọn Phật giáo làm hệ t tởng cai trị đất nớc nhng cũng niệm Phật (Nenbutsu) hàng ngày và môn phái Thiền vẫn phải tiếp tục đợc du nhập vào Nhật Bản.
Dới thời Mạc phủ Tokugawa đất nớc đợc thái bình nên vai trò của các võ sĩ không đợc đề cao nh thời chiến quốc, nền chính trị Văn trị dần dần đợc thành lập, dới thời bình, võ sĩ phải thể hiện mình thế nào cho đúng là điều trăn trở của nhiều võ sĩ. Hoàn cảnh xã hội mới đã làm cho nhiều võ sĩ lang thang, thất nghiệp, họ gây rối xã hội. Một số khác tìm cho mình con đờng trau dồi kiến thức, học vấn nên hình thành cái gọi là Quân học. Ngời ta tranh luận nhau về cái gọi là "võ sĩ đạo" ( đạo của ngời võ sĩ) và chủ trơng rằng dù trong hoàn cảnh nào thì ngời võ sĩ vẫn phải dữ cho đợc cốt cách của một chiến binh. Đó là phải tuyệt đối trung thành với Tớng quân, đó là món nợ phải trả cho ân nhân với bất kỳ giá nào, kể cả bằng
danh dự bản thân, có khi bằng cả cái chết. Quan niệm này phù hợp với t tởng "Tuyệt đối trung thành với lãnh chúa" trong đời sống của giới võ sĩ. ở Nhật Bản võ sĩ tuân thủ theo những quy tắc xử thế theo danh dự của "võ sĩ đạo", mà một số luật cơ bản phải đạt đợc. Đó là những yêu cầu tối thiểu nh trung thành với lãnh chúa, thờ chúa hết lòng, giỏi võ ghệ và coi thờng cái chết . Một trong những biểu hiện cực đoan của tinh thần"võ sĩ đạo" là mổ bụng tự sát, một nét độc đáo đặc trng của bản sắc dân tộc Nhật Bản. Nó đề cao dũng khi nam nhi, nghi lực của con ngời nhất là với tầng lớp chiến binh võ sĩ, coi trọng danh dự cá nhân, ý thức cộng đồng và coi thờng cái chết. ở Nhật Bản mổ bụng tự sát là một nghi thức xử tội chết theo lệnh cấp trên vì có tội lẽ ra phải ra pháp trờng song đợc hởng đặc ân này hoặc là mổ bụng tự sát để tỏ lòng trung thành với Tớng quân, hoặc tỏ làng trung thành với lãnh chúa, quyết không để rơi vào tay địch. Theo quan niệm của ngời Nhật Bản, bụng là trung tâm của cơ thể nơi chứa đựng tấm lòng, linh hồn,và ý chí.
Tầng lớp võ sĩ đã tìm thấy ý nghĩa cuộc sống trong kỷ luật, tính tự chủ, đạo lý về danh dự, bao hàm trong hành đạo của Thiền. Trong khi thiền ngời võ sĩ trau dồi đạo đức Khổng giáo, với các đức tính Nhân, Nghĩa ,Trí ,Lễ, Tín . Nh vậy sự
kết hợp giữa tống Nho với Thiền đã tạo nên nền tảng cho các võ sĩ đạo. Nó nhấn mạnh lòng quả cảm, trung thành với các lãnh chúa và khi sẵn sàng chết vì danh dự. Quan niệm của Thiền về giác ngộ ngay trong đời sống thờng ngày đã đa lại động lực cho những môn võ nghệ thuật nh kiếm thuật (Kenjutsu) cung thuật (Kyujitsu) và các nghệ thuật khác nh kịch No, trà đạo, th đạo, hoa đạo... Dù số môn đồ Thiền đạo thời đại này không lớn lắm nhng qua các cống hiến của các võ sĩ và các nghệ sĩ Thiền đạo đã có tác dụng chuyển hoá trong văn hoá và xã hội Nhật Bản.
` Trong thế kỷ XVII, ở Nhật Bản còn tiếp tục diễn ra sự thay đổi trong truyền thống Phật giáo khi Tớng quân Tokugawa sát nhập thể chế Phật giáo vào khuôn khổ chính trị của nó. Với lệnh cấm Kitô giáo, chế độ Tokugawa ra lệnh mỗi hộ gia đình Nhật Bản phải gia nhập các chùa Phật giáo nhất định, do vậy tạo ra "Chế độ
đàn gia" (danka seido), cha hề có trong lịch sử Phật giáo Nhật Bản. Đi kèm theo
là sự tài trợ và bảo đảm an toàn tài chính của nhà nớc, tạo ra khả năng cho các tông phái Phật giáo phát triển kiến trúc thợng tầng của tăng đoàn khổng lồ, nhng
họ lại bị tớc mất gần nh tất cả tự do t tởng, ảnh hởng, và thế chủ động.ý nghĩa quan trọng của Phật giáo trong thời kỳ Tokugawa là từ đầu thế kỷ XVII cho tới thế kỷ XIX, Phật giáo không chỉ là cánh tay quan trọng của chế độ phong kiến: Phật giáo còn là một khuôn khổ có hiệu quả để gắn kết gia đình và xã hội. Mỗi gia đình và mỗi cộng đồng, cũng nh những hội nghề và hội sùng đạo khác nhau ở khắp Nhật Bản đã dựa vào các chùa Phật giáo, nơi đó có sổ theo dõi cận thận việc khai sinh, kết hôn, ly dị, và cả tang lễ.
Cho nên dới thời Mạc phủ Tokugawa, có một thời gian dài Phật giáo còn bị biến thành nơi chống lại các tín đồ của Thiên chúa giáo, khi Mạc phủ ra lệnh, lệ quy định chặt chẽ việc quản lý các hoạt động cũng nh nhân sự của chùa, cấm không cho chùa che dấu các con chiên. Mạc phủ còn cấm xây cất thêm chùa chiền mới. Nhng số chùa vẩn tăng, có điều nh vậy là vì những lý do nh sự lớn mạnh của các môn phái, một phần do sự phát triển của các thị trấn và làng mạc mới. Có thể nói rằng dới thời Mạc phủ Tokugawa Phật giáo tuy không phát triển nhng vẩn đợc chấn hng nhiều hơn so với thời Momoya.
Thực tế sự hoà nhập tổng hợp giữa truyền thống Thần đạo với Phật giáo và Nho giáo đã trở thành nền tảng thẩm mỹ trong văn hoá truyền thống Nhật Bản.
Trong thời kỳ này, Đạo giáo cũng hoà quyện vào với những tín ngỡng dân gian của ngời Nhật Bản. Nhật Bản vốn là nớc có vô số thần để ngời ta thờ phụng, những tín ngỡng của Thần đạo đề cao sự thanh bạch cả thể xác lẫn tâm hồn, ngời Nhật Bản vốn u sống sạch sẽ và thanh tịnh, gần gũi với thiên nhiên. Điều này rất gần gũi với quan niệm của Đạo giáo là ngời ta nên sống hoà mình với thiên nhiên và không gò ép thiên nhiên. Ngời Nhật Bản cũng coi trọng thờ cúng tổ tiên, trong nhà ngời Nhật Bản đều có đặt bàn thờ để tởng nhớ ông bà, cha mẹ đã khuất, đây chính là ảnh hởng của Đạo giáo. Ngời Nhật Bản quan niệm rằng đến với Kami phải thanh sạch, có lẽ nguồn gốc mang tính tâm linh này đã trở thành truyền thống văn hoá đẹp của dân tộc Nhật Bản.
Dới thời Mạc phủ Tokugawa đã thực hiện chính sách cấm đạo Thiên chúa . Thực ra nhìn vào lịch sử thì việc truyền đạo Thiên chúa giáo của các giáo sĩ Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha đã bắt đầu vào Nhật Bản từ những năm cuối của thế kỷ