Xõy dựng cõy phỏt sinh loài [48,55]
4.2.1.Nghiờn cứu xỏc định trỡnh tự vựng genE của cỏc chủng virus VNNB phõn lập từ bệnh nhõn
VNNB phõn lập từ bệnh nhõn
Bảng 4.3. Xỏc định genotyp của cỏc chủng virus VNNB phõn lập từ bệnh nhõn 1988 – 2007 S T T Ký hiệu chủng Năm phõn lập Vị trớ địa lý Nguồn phõn lập Genotyp
1 88 VN 25 6-1988 Thuận Thành, Hà Bắc Nóo tử thi G3 2 89 VN 51 6-1989 Hà Nam Ninh Nóo tử thi G3 3 90 VN70 6-1990 Thanh Oai, Hà Sơn Bỡnh DNT/mỏu G1
4 91 VN76 5-1991 Mỹ Văn, Hải Hưng DNT G3 5 92 VN112 6-1992 Thuận Thành, Hà Bắc Mụ nóo G3 6 92 VN113 6-1992 Thạch Thất, Hà Tõy DNT G3 7 93VN116 6-1993 Tam Đảo, Vĩnh Phỳ DNT G3 8 02VN188 6-2002 MỹĐức, Hà Tõy DNT G3 9 02VN203 6-2002 Tứ Kỳ, Hải Dương DNT G3 10 02VN205 6-2002 Thường Tớn, Hà Tõy DNT G3 11 02VN209 7-2002 Từ Sơn, Bắc Ninh DNT G3 12 03VN79 4-2003 Khụng cú thụng tin DNT G3
13 03VN81 4-2003 Hoàng Hoỏ, Thanh Hoỏ DNT G3
14 03VN82 5-2003 Phỳ Yờn, Sơn La DNT G3 15 03VN89 5-2003 Kim Động, Hưng Yờn DNT G3 16 03VN105 5-2003 Gia Lõm, Hà Nội DNT G3 17 03VN117 6-2003 Thuận Thành, Bắc Ninh DNT G3 18 03VN130 6-2003 Khụng cú thụng tin DNT G3 19 03VN131 6-2003 Khụng cú thụng tin DNT G3 20 04VN 25 5-2004 Lập Thạch, Vĩnh Phỳc DNT G3 21 04VN 32 5-2004 Việt Trỡ, Phỳ Thọ DNT G3 22 04VN 75 6-2004 Từ Liờm, Hà Nội DNT G3 23 04VN 76 6-2004 Lạng Giang, Bắc Giang DNT G3 24 04VN 79 6-2004 Quang Điền, Huế DNT G3
26 04VN 118 7-2004 Nụng Cống, Thanh Hoỏ DNT G3
27 07VN72 5-2007 Sầm Sơn, Thanh Hoỏ DNT G3 Trong số 27 chủng virus VNNB phõn lập từ bệnh nhõn sử dụng trong nghiờn cứu này cú 7 chủng virus VNNB được phõn lập trong cỏc năm 1988 – 1993 ở miền Bắc Việt Nam; cú 20 chủng virus VNNB được phõn lập trong cỏc năm 2002 – 2007 ở miền Bắc, miền Trung Việt Nam.
Trỡnh tự vựng gen E của cỏc chủng virus VNNB được phõn lập ở một số nước trong khu vực chõu Á, trong cỏc khoảng thời gian khỏc nhau, từ cỏc nguồn bệnh phẩm khỏc nhau như từ huyết thanh bệnh nhõn, từ nóo tử thi, từ
mỏu lợn, từ tế bào bạch cầu đơn nhõn của lợn, từ muỗi được sử dụng để so sỏnh với trỡnh tự vựng gen E của 27 chủng virus VNNB phõn lập từ bệnh nhõn ở Việt Nam trong cỏc năm 1988 – 1993 và 2002 – 2007.
Cõy phỏt sinh loài được xõy dựng theo phương phỏp Neibour Joining dựa trờn trỡnh tự 1500 nucleotide vựng gen E của 27 chủng virus VNNB phõn lập từ bệnh nhõn, 1988 - 2007 và trỡnh tự vựng gen E của cỏc chủng virus VNNB phõn lập từ bệnh nhõn ở một số nước đó đăng ký trong ngõn hàng gen; tiờu chuẩn xỏc định genotyp dựa vào ngưỡng 12 % khỏc nhau về
nucleotide giữa cỏc chủng để so sỏnh. Kết quả cho thấy, trong số 27 chủng virus VNNB phõn lập từ bệnh nhõn trong cỏc năm 1988 – 2007 cú 26 chủng virus VNNB được xỏc định thuộc genotyp 3 (26/27 = 96,3 %), chỉ cú 1 chủng virus VNNB phõn lập trong năm 1990 cú ký hiệu 90VN70 được xỏc
định thuộc genotyp 1 (1/27 = 3,7 %). Đõy là chủng virus VNNB genotyp 1
đầu tiờn được phõn lập đồng thời từ dịch nóo tuỷ và từ mỏu bệnh nhõn VNNB ở tỉnh Hà Sơn Bỡnh, thuộc miền Bắc Việt Nam.
Hỡnh 4.6.Cõy phỏt sinh loài của 27 chủng virus VNNB phõn lập từ bệnh nhõn 1988 – 2007, dựa trờn toàn bộ trỡnh tự vựng gen E
Cỏc chủng virus VNNB genotyp 3 cú trỡnh tự nucleotide tương tự như
chủng Nakayama với tỷ lệ giống nhau khoảng 93 – 98 %. Tuy nhiờn, cỏc chủng virus này cũng tạo thành 2 phõn nhúm nhỏ trong nhúm genotyp 3 bao gồm một số chủng virus VNNB genotyp 3 cựng phõn nhúm với chủng Nakayama, Beijing và một số chủng virus VNNB genotyp 3 cựng phõn