Năm 2002 kiểm toán báo cáo quyết toán năm 2001 của 22 tỉnh thành phố, 11 Bộ và 8 dự án đầu tư xây dựng, kết quả kiểm toán về chi đầu tư XDCB đã phát hiện: chi sai chế độ thu hồi nộp NSNN 28.023,46 tỷ, giảm cấp phát ngân sách 33.737,48 tỷ đồng, chuyển quyết toán năm sau 2.086 tỷ đồng. Tổng giá trị sai phạm là 63.847,54 tỷ đồng chiếm 3,5- 4% trên tổng giá trị kiểm toán.
Năm 2003 kiểm toán báo cáo quyết toán năm 2002 của 17 tỉnh thành phố, 6 Bộ và 3 dự án đầu tư xây dựng, kết quả kiểm toán đã phát hiện: thu hồi nộp NSNN do chi sai chế độ 21.351,91 tỷ đồng, giảm cấp phát ngân sách 34.582,7 tỷ đồng, chuyển quyết toán năm sau 40.512,52 tỷ đồng và các khoản giảm chi khác 8.933,92 tỷ đồng. Tổng giá trị sai phạm là 105.381 tỷ đồng chiếm 4% - 5% trên tổng giá trị kiểm toán.
Phương pháp kiểm toán hiện nay chỉ mới dừng lại ở kiểm tra hồ sơ các dự án, nên khó phát hiện những sai sót. Hồ sơ pháp lý thi công của dự án thường là đầy đủ, nhưng thực tế khối lượng thi công lại khác với hồ sơ pháp lý, mặt khác công trình xây dựng nhiều khối lượng che khuất. Để kiểm toán xác định chính xác giá trị thanh toán thì phải đối chiếu hóa đơn của những cơ sở cung cấp nguyên vật liệu và công tác hạch toán kế toán của các đơn vị thi công lắp đặt thiết bị. Nhưng thực tế KTNN chưa thực hiện, đó là những tồn tại. Nên kết quả kiểm toán chưa tương xứng với tỷ lệ thất thoát mà dư luận xã hội đặt vấn đề.
Một hiện tượng khá phổ biến hiện nay là các đơn vị được kiểm toán thực hiện chưa nghiêm kết luận KTNN, như không nộp NSNN khoản tiền phải thu hồi. Vì hiện nay chưa có chế tài xử lý những người làm thất thoát vốn đầu tư và kết quả kiểm toán chưa công bố công khai. Những tồn tại đó đang là trở ngại của hoạt động kiểm toán.