Theo chế độ quy định công trình xây dựng hoàn thành đưa vào khai thác sử dụng đều phải quyết toán vốn đầu tư. Qua đó xác định toàn bộ chi phí hợp pháp đã thực hiện trong quá trình đầu tư, xác định được năng lực giá trị tài sản hình thành và bàn giao cho đơn vị quản lý, sử dụng. Nhưng trong thực tế công tác quyết toán dự án hoàn thành còn tồn tại:
- Quyết toán dự án hoàn thành ở các cấp, các ngành, các địa phương thực hiện còn chậm, như: "đến tháng 8-2003 cả nước có 13.973 dự án đầu tư hoàn thành chưa được phê duyệt quyết toán, vốn đầu tư là 31.840 tỷ đồng. Trong đó một số địa phương, Bộ, cơ
quan trung ương có nhiều dự án chậm phê duyệt quyết toán, như: "Cà Mau 1.482 dự án với số vốn thanh toán 712 tỷ đồng; Bộ Giao thông Vận tải 503 dự án số vốn thanh toán 8.249 tỷ đồng; Bộ NN&PTNT 387 dự án số vốn thanh toán 2.892 tỷ đồng" (nguồn Kho bạc Nhà nước). Còn nhiều dự án hoàn thành đưa vào sử dụng trước năm 2000, nhưng vẫn chưa phê duyệt quyết toán, như: dự án luồng cảng Cửa Lò giá trị đầu tư 6,125 tỷ, trụ sở làm việc của Bộ NN&PTNT giá trị đầu tư 32,4 tỷ, tỉnh Kiên Giang có 12 dự án và tỉnh Quảng Ninh có 122 dự án" (nguồn Kiểm toán Nhà nước năm 2003).
- Quyết toán dự án hoàn thành do nhà thầu và ban QLDA lập chưa chính xác về khối lượng so với bản vẽ hoàn công và thực tế thi công. Ví dụ năm 2000, tổng vốn đầu tư được quyết toán trên 10.000 tỷ đồng với 875 dự án. Qua thẩm tra, phê duyệt quyết toán đã tiết kiệm cho NSNN 118 tỷ đồng tương đương khoảng 3,61% tổng vốn đầu tư (nguồn Bộ Tài chính năm 2000).
- Công tác quyết toán vốn đầu tư chậm, ảnh hưởng trực tiếp đến vốn và bảo toàn vốn cố định, như: "dự án Cảng cá Vũng Tàu giá trị đầu tư thời điểm năm 1998 là 229 tỷ đồng, đến ngày 01-01-2000 đơn vị đã kiểm kê, đánh giá lại giá trị công trình và đề nghị giao vốn cho đơn vị 72 tỷ đồng bằng 1/3 vốn đầu tư" (nguồn Bộ Tài chính). Nếu cấp có thẩm quyền chấp nhận sẽ làm thất thoát vốn của nhà nước 157 tỷ đồng.
- Công tác thẩm tra báo cáo quyết toán đã phát hiện một số khoản thanh toán sai định mức, đơn giá không phù hợp với chế độ nhà nước quy định trong các thời kỳ cần phải thu hồi của các nhà thầu. Nếu không thực hiện công tác quyết toán, hoặc chất lượng quyết toán thấp sẽ gây lãng phí, thất thoát lớn về vốn và tài sản của Nhà nước.