Do đặc điểm sản phẩm xây dựng và sản xuất xây dựng có quy mô lớn, thời gian xây dựng dài, nên phải thanh toán theo tuần kỳ khi có khối lượng nghiệm thu. Về nguyên tắc vốn đầu tư thanh toán cho giá trị khối lượng hoàn thành được A-B nghiệm thu và chủ đầu tư chấp nhận thanh toán. Giá trị khối lượng chủ đầu tư chấp nhận và đề nghị thanh toán phải đảm bảo các thủ tục, điều kiện theo Quy chế quản lý ĐT&XD quy định.
Nghiệm thu khối lượng đóng vai trò quan trọng, nó là cơ sở tính toán, xác định số vốn đề nghị thanh toán. Nhưng thực tế thời gian qua việc thanh toán vốn đầu tư còn tiêu cực:
- Chấp hành chế độ nghiệm thu chưa được nghiêm túc, nhiều khối lượng xây dựng đã hoàn thành nhưng chưa được nghiệm thu, chậm hoàn tất thủ tục thanh toán. Khối lượng dở dang khá lớn, gây ứ đọng vốn, trong khi các nhà thầu vẫn phải vay ngân hàng để có vốn hoạt động, nên không phát huy được hiệu quả của đồng vốn. Theo số liệu thống kê đến hết quí II/2001 giá trị khối lượng XDCB hoàn thành được thanh toán là 995,2 tỷ đồng chiếm 38,6% tổng giá trị khối lượng hoàn thành.
- Nhiều nội dung công việc chưa chấp hành đúng định mức, đơn giá, có khoản tính đúng đơn giá, nhưng sai định mức, dẫn đến khối lượng hoàn thành được nghiệm thu tăng lên đáng kể so với thiết kế ban đầu, như: hệ thống Kho bạc Nhà nước đã từ chối không thanh toán năm 2000 là 399 tỷ đồng, năm 2001 là 363 tỷ đồng.
- Chủ đầu tư nghiệm thu và làm thủ tục thanh toán chậm. Nhiều năm qua, một số chủ đầu tư thiếu khẩn trương đôn đốc công tác nghiệm thu khối lượng giữa A&B, cá biệt vẫn có chủ đầu tư kéo dài thời gian nghiệm thu để sách nhiễu các đơn vị thi công, hoặc dồn khối lượng vào tháng cuối năm, đặc biệt là những ngày cuối năm quá lớn. Riêng trong tháng 12/2001 giá trị khối lượng hoàn thành của các dự án gửi Kho bạc Nhà nước khoảng 9.888 tỷ đồng, trong đó từ 25-12 đến hết ngày 31-12 mỗi ngày hệ thống Kho bạc Nhà nước nhận khoảng 700 tỷ đồng giá trị khối lượng thực hiện đề nghị thanh toán.
- Thiếu thủ tục, điều kiện thanh toán, như: quyết định đầu tư, thiết kế, tổng dự toán, dự toán được cấp thẩm quyền phê duyệt, kế hoạch đầu tư, quyết định đấu thầu hoặc chỉ định thầu, hợp đồng kinh tế, khối lượng thực hiện được A-B nghiệm thu và bên A chấp nhận đề nghị thanh toán. Thiếu một trong các điều kiện cơ bản nêu trên thì giá trị khối lượng thực hiện không được chấp nhận thanh toán, chủ đầu tư phải bổ sung hồ sơ để làm căn cứ thanh toán. Trong quá trình kiểm soát thanh toán vốn đầu tư XDCB, hệ thống Kho bạc Nhà nước đã loại trừ khỏi số vốn đề nghị thanh toán hàng trăm tỷ đồng/ năm.