Khu du lịch Tam Cốc Bích Động bắt đầu được đưa vào khai thác phục vụ khách tham quan từ năm 1989 lúc này công tác quản lý tại khu du lịch này được giao cho bên văn hóa quản lý.
- Đến tháng 4 năm 1993 trung tâm du lịch Tam Cốc - Bích Động được thành lập có chức năng chính là quản lý các hoạt động tham quan tại khu du lịch Tam Cốc - Bích Động.
- Đến năm 1996 trung tâm du lịch Tam Cốc - Bích Động được sát nhập vào trung tâm Lữ Hành Quốc tế và đổi tên thành công ty du lịch Tam Cốc - Bích Động.
- Đến năm 1997 công ty du lịch Tam Cốc - Bích Động lại sát nhập với công ty khách sạn non nước và đổi tên thành công ty du lịch Ninh Bình.
- Đến năm 2004 thực hiện chủ trương cổ phần hoá của nhà nước công ty du lịch Ninh Bình được cổ phần hoá và đổi tên thành công ty cổ phần du lịch Ninh Bình.
- Và đến cuối năm 2006 Ban quản lý khu du lịch Tam Cốc - Bích Động được thành lập theo quyết định số 1961/2006 ngày 19/9/2006 của UBND tỉnh Ninh Bình. Đây là một đơn vị sự nghiệp có thu trực thuộc sở du lịch Ninh Bình. Từ khi được thành lập cho tới nay Ban quản lý khu du lịch Tam Cốc - Bích Động phải thực hiện các chức năng sau:
- Thực hiện quản lý quy hoạch, đầu tư phát triển, quản lý hoạt động kinh doanh dịch vụ, bảo vệ tài nguyên du lịch, bảo vệ môi trường, trật tự, an toàn xã hội.
- Trực tiếp thực hiện bán vé danh lam, vé đò tại khu du lịch Tam Cốc - Bích Động.
- Quản lý và sử dụng các cơ sỏ hạ tầng du lịch đã được nhà nước đầu tư trong khu du lịch Ban quản lý.
- Thanh tra kiểm tra các hoạt động kinh doanh dịch vụ trong khu du lịch. - Tổ chức quản lý và thực hiện các hoạt động tuyên truyền, quảng bá, hướng dẫn khách tham quan, điều hành vận chuyển khách du lịch đảm bảo các quyền lợi hợp pháp, chính đáng của khách du lịch theo quy định của pháp luật.