Sử dụng thuốc, hóa chất trong nuôi trồng thủy sản đang là một trở ngại rất lớn cho việc tiêu thụ sản phẩm thủy sản, khi mà các thị trường nhập khẩu ngày càng yêu cầu sản phẩm có chất lượng cao và an toàn vệ sinh thực phẩm. Ngoài ra các loại hóa chất, thuốc kháng sinh còn có tác động xấu đến môi trường xung quanh, nguyên nhân gây ra dịch bệnh, làm mất ổn định, bền vững và gây ra những tổn thất rất lớn về mặt kinh tế trong nuôi trồng thủy sản.
Trước tình hình đó việc xem xét, thử nghiệm đưa các loại chế phẩm sinh học vào sản xuất đã được tiến hành. Nhiều loại chế phẩm sinh học được khảo nghiệm có tác dụng cải tạo môi trường, nâng cao sức đề kháng cho động vật thủy sản nuôi mà không ảnh hưởng đến chất lượng sản phẩm đã được Bộ Thủy sản cấp giấy phép lưu hành. Các đối tượng nuôi có sử dụng chế phẩm sinh học chủ yếu là tôm sú, tôm he chân trắng, cá tra, cá song, cá giò; ở các hình thức nuôi thâm canh và bán thâm canh. Tính đến tháng 8 năm 2002 trên thị trường nước ta có khoảng 152 loại thuốc thú y có thành phần là chế phẩm sinh học có thể sử dụng trong nuôi trồng thủy sản do 66 công ty trong và ngoài nước sản xuất (Cục bảo vệ nguồn lợi thủy sản, 2002[5]). Trong đó nhiều loại sản phẩm khác nhau với nhiều nhãn mác
không đề tiếng Việt, sản phẩm không đề ngày sản xuất hay hạn sử dụng đang có mặt trên thị trường. Do thiếu hiểu biết về chế phẩm sinh học, nhiều người đã mua những sản phẩm đó để sử dụng trong nuôi trồng thủy sản cho hiệu quả thấp, ảnh hưởng trực tiếp đến kết quả sản xuất.
Việc đánh giá về hiệu quả kinh tế và phương pháp sử dụng các loại chế phẩm sinh học đang lưu hành trên thị trường là cần thiết, để hướng dẫn người sản xuất sử dụng từng loại chế phẩm phù hợp với từng đối tượng nuôi, nhằm thu hiệu quả cao trong nuôi trồng thủy sản.