Kiểm tra thanh tra và quyết toán Ngân sách xã là một trong những nội dung quan trọng trong quản lý Ngân sách xã . Và bớc đầu đã đợc các cấp chính quyền địa ph- ơng quan tâm, chú trọng. Phần lớn các xã thành lập ban thanh tra nhân dân xã và ngày càng hoạt động có hiệu quả, góp phần giải quyết những thắc mắc, khiếu nại của nhân dân. Qua công tác thanh kiểm tra đã phát hiện và xử lý nhiều vụ vi phạm chế độ, chính sách tài chính nhà nớc, đặc biệt là đã phát hiện và xử lý tiêu cực ở các hoạt động bán, đấu thầu đất công ích và hoa lợi công sản hạch toán chứng từ khống, để tham ô, tham nhũng tiền đóng góp của dân hoắc tiền công quỹ.…
Về báo cáo quyết toán tuy có một số địa phơng làm tốt nh Hải Dơng, Hà Tây,… Các địa phơng này lập báo cáo quyết toán không những đúng thời hạn đợc giao mà còn thực hiện đúng theo pháp luật. Quyết toán Ngân sách xã không vợt quá dự toán đợc lập ra. Song cũng còn nhiều nơi cha thực hiện đúng quy định, gây khó khăn cho việc đánh giá thu, chi Ngân sách tại xã, nh tình trạng nộp báo cáo quyết toán còn chậm so với thời gian quy định ( Cần Thơ, Thái Bình), theo Luật NSNN năm 2002, báo cáo quyết toán phải thực hiện theo quy định, KBNN là nơi giao dịch thực hiện công tác kế toán thu chi quỹ Ngân sách xã vì vậy báo cáo quyết toán hàng năm sau khi đợc HĐND phê chuẩn phải đợc lập thành 5 bản gứi tới HĐND xã, UBND xã, Phòng tài chính huyện, KBNN nơi xã giao dịch. Tuy nhiên do Luật mới đợc áp dụng một cách phổ biến nên nhiều địa phơng vẫn còn sai phạm nguyên tắc này. Theo báo cáo về tình hình thực hiện công tác quyết toán Ngân sách xã của Phòng Ngân sách địa phơng- Bộ tài chính thì vẫn còn khoảng 12,6 % số xã vi phạm điển hình nhất là một số xã ở Thái Bình, Nghệ An.Tình trạng nợ ở một số địa phơng cha có cơ sở để xử lý nh các tỉnh Hà Nam, Bà Rịa,… Theo số liệu tổng hợp nợ Ngân sách xã của các tỉnh, thành phố trực thuộc trung - ơng năm 2004 thì hiện nay nợ Ngân sách xã đến thời điểm báo cáo quyết toán (31/12/2003) là 1.584.694 trđ trong đó Đồng Bằng Sông Hồng chiếm cao nhất ( 178.573 trđ ), thấp nhất là các tỉnh thuộc Tây Nguyên ( 20.600 trđ ). Một số tỉnh còn vi phạm vào quy tắc quyết toán Ngân sách xã vợt quá dự toán đợc lập ra nh Đồng Nai ( 102,8%), Lâm Đồng (109,5%), Thái Bình (106%).
Việc quản lý thu, chi Ngân sách qua KBNN từng bớc mở rộng quản lý quỹ ngân sách và giám sát chi qua KBNN tạo điều kiện thuận lợi để tất cả các khoản thu, chi Ngân sách xã đều có sự tham gia quản lý của KBNN mà không phiền hà, ách tắc,.. Chế độ sinh hoạt phí cán bộ xã mặc dù đợc cải tiến nhng cha đáp ứng đợc mức sinh hoạt tối thiểu của cán bộ xã, trong khi nơi đây là địa bàn quản lý toàn diện mọi mặt kinh tế xã hội, điều này cho thấy quyền lợi và trách nhiệm đặt ra cha tơng xứng với cán bộ xã, do vậy, trong chừng mực nào đó cũng ảnh hởng đến chất lợng và hiệu quả hoạt động của chính quyền cơ sở.