Tuy nhiên, bên cạnh những việc đã làm được, công tác thu hút đầu tư trong những năm qua còn gặp khó khăn và bộc lộ những hạn chế về cải cách hành chính ảnh hưởng đến kết quả thu hút nguồn vốn FDI.
Môi trường đầu tư của tỉnh Vĩnh Phúc chưa thực sự được cải thiện, thiếu hấp dẫn đối với các nhà đầu tư nước ngoài. Quy hoạch xây dựng cơ sở hạ tầng chưa theo kịp với tốc độ triển khai dự án của nhà đầu tư nước ngoài nên đã gây khó khăn cho hoạt động đầu tư trong quá trình triển khai dự án.
Tỉnh Vĩnh Phúc vẫn chưa có quy hoạch cụ thể về ngành nghề kêu gọi thu hút nguồn vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài, cho phù hợp với xu hướng chuyển dịch cơ cấu kinh tế của tỉnh cũng như của cả nước. Quy hoạch cụ thể giúp cho nhà đầu tư yên tâm hơn với việc đầu tư của mình.
Công tác vận động xúc tiến đầu tư, tuy đã thành lập trung tâm xúc tiến đầu tư, nhưng đó là một trong những lĩnh vực còn mới mẻ trong hoạt động thu hút nguồn vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài. Trong thực tế, tuy đã tham khảo kinh nghiệm của một số tỉnh đi trước song tỉnh Vĩnh Phúc vẫn còn bỡ ngỡ, quá thụ động trong xúc tiến đầu tư, chưa chủ động tạo ra được cơ hội đầu tư bằng cách xây dựng danh mục lĩnh vực cần xúc tiến đầu tư.
Việc cải cách hành chính vẫn chưa thực sự triệt để, toàn diện. Trong khi cơ chế “một cửa liên thông” trong giải quyết các thủ tục hành chính về đầu tư đi vào hoạt động nhưng chưa hiệu quả, còn nhiều tình trạng một cửa nhưng nhiều khoá, gây rắc rối phiền hà cho nhà đầu tư. Đây là rào cản lớn nhất trong thu hút nguồn vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài của tỉnh Vĩnh Phúc.
Thủ tục hành chính rườm rà, chồng chéo gây chậm tiến độ triển khai các dự án đầu tư trực tiếp nước ngoài vào tỉnh Vĩnh Phúc. Quá trình triển khai dự án từ khâu thẩm định, cấp giấy phép,... đã được quy định sẵn, nhưng trong quá trình thực hiện thì các cơ quan gặp nhiều lúng túng, chậm trễ dễ gây mất cơ hội được đầu tư.
Trình độ đội ngũ cán bộ, công chức, lao động của tỉnh Vĩnh Phúc còn nhiều yếu kém, chưa thực sự đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ trong thời kỳ hội nhập kinh tế quốc tế hiện nay. Trình độ lao động không được nâng cao sẽ không theo kịp được sự phát triển vượt bậc của khoa học kỹ thuật trên thế giới. Cán bộ, công nhân kỹ thuật chưa tinh thông nghiệp vụ, giải quyết công việc một cách máy móc, cứng nhắc, thiếu hiểu biết về luật pháp trong nước cũng như quốc tế, vì vậy chất lượng của người lao động giảm đi rất nhiều so với mặt bằng chung của khu vực.
Hạ tầng kỹ thuật của tỉnh còn thấp kém, chưa theo kịp được tốc độ phát triển kinh tế, đặc biệt là hệ thống đường giao thông, từ tuyến giao thông quốc gia (đường quốc lộ số 2, đường BOT,...) đến các tuyến giao thông liên tỉnh, liên huyện phần nào đó chưa đáp ứng được cho các nhà đầu tư dẫn đến hạn chế trong việc thu hút và triển khai các dự án đầu tư trực tiếp nước ngoài tại các địa bàn phía Bắc của tỉnh Vĩnh Phúc.
Các dịch vụ về điện, nước, bưu chính viễn thông cung cấp chưa ổn định. Chi phí đầu vào như giá nguyên vật liệu, giá điện, giá nước,... vẫn ở mức cao và có chiều hướng tăng gây tâm lý thiếu ổn định cho nhà đầu tư.
Việc xây dựng hạ tầng các KCN, tiến độ triển khai xây dựng hạ tầng một số KCN còn chậm, do còn phụ thuộc vào năng lực tài chính và quản lý của doanh nghiệp xây dựng, phát triển hạ tầng KCN. Về bồi thường, giải phóng mặt bằng (GPMB), các quy định luật đất đai, chính sách về giá bồi thường, GPMB có sự thay đổi, khiến dân trông chờ, nghe ngóng sự biến động thay đổi giá bồi thường đất nông nghiệp khi chuyển sang phát triển công nghiệp, dịch vụ, đô thị.