- Vĩnh Phúc vẫn chưa có những chính sách đồng bộ để quản lý tốt các dự án FDI. Thủ tục hành chính vẫn còn rườm rà, mất nhiều thời gian đàm phán, chờ đợi ảnh hưởng tiêu cực đến ý định đầu tư của các nhà đầu tư nước ngoài. Điều đó cũng ảnh hưởng xấu đến môi trường đầu tư của tỉnh. Việc phối kết hợp quản lý theo chức năng của các ngành còn hạn chế dẫn đến việc thanh tra, kiểm tra nắm tình hình diễn ra nhiều lượt, nhiều lần trong năm gây phiền hà cho các doanh nghiệp, thậm chí có cá nhân, đơn vị kiểm tra vượt quá thẩm quyền cho phép.
- Việc thu hút vốn đầu tư ngày càng tăng cao cả về số dự án lẫn số vốn đăng ký, nhưng ở đây tồn tại việc số vốn thực hiện đi vào đầu tư, hay số vốn giải ngân lại hoàn toàn thấp hơn nhiều so với số vốn ban đầu, lượng vốn giải ngân thường chỉ đạt 37% so với tổng số vốn đăng ký. Đây là vấn đề mà tỉnh cần nhìn lại trong việc thu hút nguồn vốn trong thời gian tới.
- Về phát triển nguồn nhân lực, hiện nay nguồn nhân lực có tay nghề của tỉnh chủ yếu tập trung ở vùng kinh tế phát triển như thành phố Vĩnh Yên, thị xã Phúc Yên, Bình Xuyên còn các vùng xa xôi như Lập Thạch, Tam Dương thì lao động vẫn còn kém vè chuyên môn. Vì Vậy mà vốn FDI khó có
thể đi vào các huyện đó mà chỉ tập trung ở các vùng phát triển, sẽ tạo nên cơ cấu bất hợp lý giữa các vùng, sẽ không đánh giá được hiệu quả phát triển kinh tế chung của toàn tỉnh.
- Về giữ gìn trật tự an ninh làm lành mạnh môi trường nơi có dự án, có địa phương còn chưa có thái độ xử lý dứt điểm, để cho dân chặt cây, đào bới, làm lều quán trước hành lang lưu không hoặc làm mất vệ sinh môi trường.
- Chính sách đền bù, giải phóng mặt bằng còn kém. Muốn công nghiệp hoá tất yếu phải chuyển một phần đất nông - lâm nghiệp sang sử dụng vào công nghiệp. Nhưng hiện nay, nhà nước chưa ban hành cụ thể chính sách đền bù phù hợp, việc phân chia lợi ích giữa Nhà nước, tập thể, cá nhân chưa được thoả đáng cho nên các dự án thường gặp khó khăn thậm chí rất khó giải quyết, có dự án đã bị cản trở không thực hiện được.
- Tổ chức thị trường bán lẻ và công tác quản lý thị trường, giá cả còn yếu kém đã để một số nhà cung cấp vật liệu xây dựng lợi dụng tình hình, đầu cơ nâng giá.
- Kinh tế phát triển nhanh, nhất là khu công nghiệp kéo theo nhu cầu đầu tư lớn, những bức xúc về hệ thống kết cấu hạ tầng ngoài hàng rào khu công nghiệp, xử lý môi trường, giải quyết việc làm,đào tạo nghề trong khi khả năng đáp ứng cho các nhu cầu đầu tư còn hạn chế..
- Cải cách hành chính chưa thực sự triệt để, toàn diện; trong khi cơ chế “một của liên thông” trong giải quyết các thủ tục hành chính về đầu tư chưa đi vào hoạt động, vẫn phải qua nhiều đầu mối làm mất nhiều thời gian cho các nhà đầu tư để thực hiện các thủ tục hành chính. Đậy là một rào cản trong thu hút đầu tư, đặc biệt là thu hút đầu tư nước ngoài. Thủ tục hành chính còn rườm rà và có sự chồng chéo vẫn gây ách tắc cho nhà đầu tư. Sự phối hợp giữa các ngành liên quan trong giải quyết các thủ tục đầu tư đôi khi còn thiếu chặt chẽ và đồng bộ. Chất lượng đội ngũ cán bộ, công chức chưa thực sự đáp
ứng yêu cầu, nhiệm vụ của thời kỳ mới, đặc biệt trong bối cảnh hội nhập kinh tế quốc tế hiện nay. Cán bộ ở một vài nơi, vài bộ phận còn chưa tinh thông nghiệp vụ, giải quyết công việc máy móc, cứng nhắc, gây khó khăn, ách tắc cho nhà đầu tư. Cá biệt vẫn còn tình trạng cán bộ yếu kém về năng lực phẩm chất, thiếu nhiệt tình khi giải quyết công việc, đặc biệt là thiếu am hiểu về luật pháp quốc tế, chưa thực sự thành thạo về ngoại ngữ và kỹ năng giao tiếp.
Chính những tồn tại trên làm cho việc thu hút vốn đầu tư nước ngoài ở Vĩnh Phúc chưa đạt hiệu quả cao trong thời gian vừa qua. Những khó khăn tồn tại này cần được giải quyết một cách nhanh chóng và phù hợp để thúc đẩy hoạt động đầu tư trực tiếp nước ngoài tại Vĩnh Phúc ngày càng có hiệu quả, góp phần vào chiến lược phát triển kinh tế - xã hội của Vĩnh Phúc giai đoạn 2011 – 2020.