Trong những năm qua, NHNN đã tập trung thực hiện chức năng quản lý nhà nước trong lĩnh vực ngân hàng, nghiên cứu hoạch đinh đường lối, chính sách tổng kết thực tiễn và tham khảo kinh nghiệm bên ngoài, hình thành hệ thống luật pháp, cơ chế chính sách, công cụ quản lý nhà nước bước đầu phù hợp với thực tiễn Việt Nam và thông lệ quốc tế. Tuy nhiên, sự điều hành của ngân hàng nhà nước còn một số vấn đề.
Các công cụ để thực hiện chức năng ngân hàng trung ương của ngân hàng nhà nước còn thiếu và rất yếu kém như: Các công cụ gián tiếp còn rất sơ khai, nghiệp vụ thị trường mở mới được đưa vào vân hành từ tháng 7/2000 nhưng hoạt động còn kém sôi động . Công cụ lãi suất áp đặt , mới chỉ được cải cách theo hưởng tự do hóa từ cuối năm 2000 đến nay. Việc điều hành chính sách tiền tệ vẫn còn bằng công cụ trưc tiếp, bên cạnh đó còn nhiều thủ tục hành chính bất cập, nên tính hiệu quả và linh hoạt thấp, nhiều khi chưa theo kịp các diễn biến kinh tế trong nước và tình hình tài chính-tiền tệ quốc tế.
Chưa sử dụng tổng hợp, đồng bộ và linh hoạt các công cụ nghiệp vụ của Ngân hàng nhà nước để thảo gỡ khó khác của hệ thống ngân hàng thương mại, thiếu sự linh hoạt, mềm dẻo, ít mang nội dung kinh tế, mà còn nặng nề những biện pháp quản lý nhà nước mang tính áp đặt.
Việc ban hành các văn bản quy phạm pháp luật còn chưa sát với thực tế, thực thi chưa tốt, tính nghiêm minh, hiệu quả của văn bản chưa cao.
Trong những năm vừa qua, NHNN đã cho phép ra đời một số lượng các tổ chức tín dụng quá lớn, đặc biệt là các ngân hàng thương mại., nhưng sự quan tâm, hướng dẫn, chỉ đạo, chăm lo, phát triển hệ thống của cá tổ chức này một cách bền vững trong môi trường lành mạnh cả về cơ chế, chính sách và luật pháp chưa thực sự đúng mực, nên hệ thống NHTM hoạt động yếu kém kéo dài, gây đổ vỡ, đe doạn an ninh tài hcính trong hoạt động ngân hàng
Hoạt động thanh tra của NHNN còn bị động, thiên về thanh tra vụ việc, việc phát hiện còn chậm và cũng chưa có biện pháp xử lý cương quyết, việc thanh tra chấp hành các nguyên tắc đảm bảo khả năng an toàn, bền vững của các định chế tài chính còn yếu.
Hệ thống kế toán chưa phù hợp với chuẩn mực quốc tế, khả năng kiểm soát nội bộ, đề ra các chuẩn mực an toàn trong nội bộ của từng ngân hàng vẫn bị coi nhẹ.
Các cơ chế, chính sách đối với các NHTM còn có sự phân biệt đối xử, chưa tạo ra môi trường bình đẳng cho hoạt động của hệ thống ngân hàng, các NHTMQD còn được hưởng nhiều ưu đãi, bao câp từ nhà nước. Quyền tự chủ kinh doanh của các NHTM không được phát huy từ các mệnh lệnh hành chính, đôi khi dẫn đến các quyết định về tín dụng nhà nước hoặc phân bỏ tín dụng không hiệu quả.