Mục tiêu quản lý VQG Ba Bể là nhằm bảo tồn nguyên vẹn các hệ sinh thái đa dạng, các cảnh quan thiên nhiên, đặc biệt là vùng Hồ Ba Bể và các nguồn gen động, thực vật quí hiếm, bị đe doạ ở cấp độ quốc gia, khu vực và thế giới, tạo hiện trường cho nghiên cứu khoa học, tham quan học tập, giáo dục bảo vệ môi trường và du lịch sinh thái. Đồng thời, góp phần giúp đỡ các cộng đồng địa phương từng bước nâng cao mức sống của mình, giảm sức ép của họ đối với rừng và đa dạng sinh học. Mục tiêu quản lý bảo vệ của VQG Ba Bể trong ngắn hạn và dài hạn là:
Mục tiêu trước mắt:
- Tổ chức tốt việc quản lý, bảo tồn hệ sinh thái tự nhiên, bảo tồn nguồn gen động thực vật quí hiếm trên cạn, dưới nước và các cảnh quan thiên nhiên.
- Tiến hành quy hoạch, tổ chức lại và ổn định đời sống dân cư trong vùng phù hợp với yêu cầu bảo vệ.
- Từng bước phục hồi lại rừng theo chương trình của Vườn trong các Phân khu chức năng.
Mục tiêu lâu dài:
Thực hiện đầy đủ các chức năng, nhiệm vụ theo quy chế chung về rừng đặc dụng và VQG của Bộ NN và PTNT bao gồm các mục tiêu trước mắt nêu trên và công tác nghiên cứu khoa học, tham quan du lịch và tuyên truyền giáo dục về bảo tồn thiên nhiên.
Để thực hiện mục tiêu nêu trên, kế hoạch bảo tồn của Vườn đối với từng phân khu được xác định như sau:
Đối với phân khu bảo vệ nghiêm ngặt:
- Bảo vệ và phục hồi toàn bộ diện tích rừng, cảnh quan thiên nhiên, nơi sống của các loài hoang dã,
- Bảo vệ và theo dõi sự diễn biến của tài nguyên rừng và các nguồn gen động vật, - Ngăn chặn mọi sự tác động đến rừng và động vật hoang dã,
- Nghiên cứu đề xuất thực thi phương án di chuyển hoặc ổn định các làng bản sống trong khu này phù hợp qui chế rừng đặc dụng và mục tiêu bảo tồn.
Đối với phân khu phục hồi sinh thái:
- Thực hiện trồng rừng, tái sinh rừng,
- Phục hồi nơi cư trú và các nguồn gen động vật hoang dã,
- Thực hiện các chính sách về lâm sinh phù hợp quy chế rừng đặc dụng, - Ngăn chặn mọi hành vi xâm phạm đến rừng và động vật hoang dã
Đối với vùng đệm:
Vùng đệm được xác định là các xã xung quanh Vườn bao gồm: xã Khang Ninh, Cao Thượng, Cao Trĩ, Quảng Khê, Hoàng Trí, Nam Cường, Xuân Lạc, Đồng Phúc, và xã Đà Vị huyện Nà Hang, Tuyên Quang. Vùng đệm sẽ được VQG phối hợp với chính quyền địa phương lập dự án đầu tư riêng. Với khu vực gần VQG cần giúp người dân tăng cường sự hiểu biết, tạo cơ hội để họ có thể tham gia vào các hoạt động bảo tồn của Vườn.