Vườn Quốc gia Ba Bể nằm trong vùng có cấu trúc địa chất đặc biệt, có nhiều đỉnh núi đá vôi cao, độ phân cắt lớn, nhiều sườn đồi dốc bao quanh các thung lũng và sông suối tạo nên những cảnh quan độc nhất vô nhị mang lại một tiềm năng rất to lớn để phát triển du lịch sinh thái. Một số địa điểm du lịch danh lam thắng cảnh và di tích lịch sử văn hoá đáng chú ý gồm:
•Hồ Ba Bể: Đã từ lâu nổi tiếng là danh thắng bậc nhất Việt Nam. Hồ có diện tích khoảng 500 ha, là hồ kiến tạo lớn nhất miền Bắc Việt Nam giữa vùng đá phiến và đá vôi, dài hơn 8 km, rộng hơn 3 km và sâu khoảng 20 - 30m. Hồ được bao bọc bởi những cánh rừng nguyên sinh trên núi hùng vĩ và những vách núi đã thẳng đứng với thảm thực vật đặc trưng tạo nên một thắng cảnh thiên nhiên tuyệt đẹp.
Xung quanh lịch sử hình thành Hồ có nhiều huyền thoại khác nhau. Truyền thuyết về sự hình thành Ba Bể nói rằng “Ngày xưa cả khu vực Hồ Ba bể thuộc xã Mẫu Ninh. Rồi một hôm trời nổi cơn thịnh nộ, mưa đổ ầm ầm, nước sông dâng lên, mặt đất nứt nẻ và sụp xuống làm cả vùng dân cư đều cuốn theo dòng nước. Duy chỉ có một người đàn bà độc thân hiền lành chân thật là thoát nạn vì Bà đã được bà Tiên báo trước trận hồng thuỷ sẽ xảy ra. Theo lời dặn, Bà Goá đã lấy tro rắc quanh nhà và lấy hạt thóc bà tiên để lại cắn đôi thả xuống hồ biến thành những chiếc thuyền cứu người gặp nạn. Cả vùng thung lũng trù phú đã biến thành biển nước mênh mông, chỉ còn lại một mảnh đất nhỏ nhoi là nhà của người đàn bà hiền lành đức độ, người ta gọi đó là Pò Giả Mải hay Đảo Bà Goá ngày nay.
Không biết trận hồng thuỷ có xảy ra hay không nhưng sự thật một vùng đất sụp để biến thành mọt hồ nước thì đã được các nhà khoa học chứng minh. Người ta tự hỏi tại sao giữa vùng núi đá vôi lại có một cái hồ khổng lồ treo lơ lửng (thông thường ở các vùng đá vôi khác có những khe nứt, nước bị "tuột" xuống thành các dòng sông ngầm). Lý do là đáy hồ có một lớp đất sét dày tới 200m bịt kín, chính địa tầng đất sét này đã ngăn không cho nước thoát xuống, và hồ được hình thành như thế.
Gần đây VQG và Uỷ ban di sản Việt Nam đã đệ trình hồ sơ lên Uỷ ban di sản Thế giới để xét công nhận Hồ Ba Bể là di sản thiên nhiên Thế giới. Trong hồ sơ đệ trình lên Uỷ ban Di sản thế giới có hai giá trị lớn nhất của Hồ Ba Bể, một là cảnh quan độc đáo, hai là giá trị nổi bật về địa chất địa mạo. Về giá trị cảnh quan, đây là khu vực thể hiện rõ rệt dấu ấn lịch sử của các thời kỳ hình thành vỏ trái đất. Về địa chất địa mạo, đây là một vùng đá vôi cổ rộng lớn, có đặc điểm kiến tạo rất đặc biệt. Ngoài ra có bổ sung thêm giá trị về đa dạng sinh học của Hồ Ba Bể nói riêng và VQG Ba Bể nói chung.
Vài năm gần đây, Viện địa chất phối hợp với Hội địa chất Bỉ đã tiến hành nghiên cứu vùng đá vôi Hồ Ba Bể. Họ khẳng định đây là vùng đá vôi có niên đại 450 triệu năm. Điều kỳ thú là trong quá trình biến đổi địa chất, đá vôi đã biến thành những mảng đá hoa cương. Sự xen lẫn giữa hai loại đá này nằm ở hầu hết các khu vực của Hồ Ba Bể và có thể quan sát được. Theo các nhà địa chất thì việc đá vôi biến thành đá hoa cương là điều vô cùng độc đáo, ít thấy.
•Vườn Quốc gia Ba Bể: là một di sản thiên nhiên quý giá có diện tích khoảng 7.610 ha. Đây là một hệ thống rừng nguyên sinh trên núi đá vôi với nhiều loại động, thực vật quý hiếm như Phượng hoàng đất, Gà lôi, Voọc mũi hếch…Cùng với Hồ Ba Bể, Vườn quốc gia Ba Bể là một di sản thiên nhiên đẹp vào loại bậc nhất của nước ta cần phải được bảo vệ và đưa vào khai thác phục vụ cho nhu cầu về nghỉ ngơi, giải trí, giáo dục và nghiên cứu khoa học.
•Động Puông: Được tạo bởi sông Năng khi nó chảy xuyên qua một núi đá vôi. Động có chiều dài khoảng 200 m, chiều cao trung bình là 25-30 m với nhiều hình thù, cột đá hùng vĩ. Trong động còn có đàn dơi hàng chục vạn con sinh sống. Động Puông thực sự là một điểm du lịch sinh độc đáo, hấp dẫn đối với du khách tới thăm Ba Bể.
•Thác Đầu Đẳng: là nơi tiếp giáp giữa sông Năng với tỉnh Tuyên Quang. Thác Đầu Đẳng có chiều dài khoảng 2 km, là nơi sông Năng bị chặn lại bởi những tảng đá lớn nhỏ xếp chồng lên nhau với độ dốc chừng 500 m, tạo thành một thác nước ngoạn mục, kỹ vĩ, hoà vào phong cảnh rừng nguyên sinh tạo ra một ấn tượng
rất đẹp trong lòng du khách. Tại thác Đầu Đẳng còn xuất hiện loại cá Chiên (nhiều con nặng tới trên 10 kg) là một trong những loài cá quý, hiếm thấy.
•Ao Tiên là một hồ nước nhỏ rộng chừng 3 ha nằm trên đỉnh núi. Được bao bọc bởi rừng nhiệt đới nên khí hậu ở đây rất mát mẻ và trong lành. Tương truyền đây chính là nơi các nàng tiên thường xuống tắm và đánh cờ.
•Đảo An Mạ: Là hòn đảo lớn khum hình mai rùa, trên đảo có một ngôi đền có tên gọi là đền An Mạ do dòng họ Ma trụ trì. Đền rất thiêng, vị thế đẹp, là nơi tổ chức các lễ hội truyền thống hàng năm. Theo truyền thuyết sau khi trận đại hồng thuỷ xảy ra, mảnh đất cuối cùng còn sót lại nằm giữa hồ 2 là nơi an nghỉ của những người xấu số năm xưa. Nhân dân trong vùng đã lập một đền thờ ở hòn đảo này để tưởng nhớ những người đã mất. Vì vậy hòn đảo có tên là đảo An Mạ (nơi an nghỉ của dân làng).
•Đảo Bà Goá: nằm cách bến phà chính khoảng 300m, trên đảo có một bia đá lớn khắc chữ nho mang niên hiệu Khải Định, dưới chân đảo là một bãi tắm lý tưởng với làn nước được che mát bởi bóng râm của các cây cổ thụ mọc trên đảo vươn thân và cành ra mặt hồ.
Như vậy, có thể khẳng định giá trị cảnh quan của VQG Ba Bể là rất lớn, cần phải có sự tính toán để đưa các điểm tham quan vào khai thác thông qua hình thành các tuyến tham quan. Làm được điều này vừa nâng giá trị của VQG vừa tạo ra nguồn thu cho ngân sách và hoạt động bảo tồn.