Từ năm 2001 đến năm 2006, thị trường vận tải hàng không Việt Nam đã có bước phát triển nhảy vọt: vận chuyển hành khách tăng từ 3.394 lên trên 7 triệu hành khách, từ 62.53 lên hơn 185.000 tấn hàng hoá. Trong giai đoạn 2001-2006, tổng vận chuyển hành khách quốc tế và nội địa tăng bình quân 40%/năm (từ 3.394 hành khách lên gần 7 triệu hành khách). Thị trường hành khách quốc tế tăng bình quân 34,6%/năm. Vận chuyển hành khách nội địa trong giai đoạn này phát triển rất nhanh, tăng từ 3.394.000 hành khách lên hơn 7 triệu hành khách, trung bình tăng 44%/năm. Năm 2001, cả nước mới có 12 đường bay thường lệ nội địa thì năm 2006 đã có 56 đường bay thường lệ tới 28 điểm trong đó trục Hà nội - Tp. Hồ Chí Minh có vị trí đặc biệt quan trọng, năm 2006 chiếm 67% tổng số hành khách và 66% tổng số khách/ km nội địa. Vận chuyển hàng hoá trong nước bằng đường hàng không trong giai đoạn 2001-2006 tăng gần 30 lần, bình quân gần 70%/năm, từ 3.394 tấn lên đến hơn 185.000 tấn. Trên 92% khối lượng hàng hoá được thực hiện giữa Hà nội và Tp. Hồ Chí Minh.
Trong giai đoạn từ năm 2001 đến năm 2006, thị trường vận tải hàng không cả trong nước và quốc tế đều tăng trưởng tốt. Tuy nhiên, trong giai đoạn này cũng gặp một số khủng hoảng nghiêm trọng ảnh hưởng tới vận tải hàng không, đó là sự kiện 11/9, cuộc chiến tranh của Mỹ tại Afganistan, dịch bệnh SARS, dịch cúm gia cầm xảy ra tại các nước Châu á, sự biến động về giá cả xăng dầu trên thị trường thế giới. Mặc dù vậy, năm 2004 Vietnam Airlines đã thực hiện hơn 76.000 chuyến bay an toàn. vận chuyển trên 5 triệu hành khách, tăng 25% so với năm 2003 và hơn 88.000 tấn hàng hóa tăng 14% so với năm 2003. Năm 2006 hãng đã thực hiện được 165.000 chuyến bay an toàn, chở 185.000 tấn hàng hoá.
Về cơ cấu thị trường, thị trường Đông Bắc á có tốc độ tăng trưởng rất nhanh, là thị trường quốc tế quan trọng nhất, chiếm tới 60% dung lượng thị trường quốc tế. Cùng với thị trường Đông Nam á, hai thị trường này hợp thành thị trường khu vực châu á chiếm tới 92% số lượt khách vận chuyển và đây là nguồn thu mang tính quyết định của Tổng công ty. Thị trường châu Âu được coi là thị trường xuyên lục địa đầu tiên của hàng không Việt Nam và đóng vai trò quan trọng trong việc phát triển mạng đường bay của Việt Nam. Mạng đường bay của Vietnam Airlines ngày càng được mở rộng. Tính cho đến thời điển hiện tại, mạng đường bay của Vietnam Airlines gồm có 56 đường bay từ Hà Nội, Đà Nẵng, Thành phố Hồ Chí Minh tới 18 điểm trong nước và 38 điểm quốc tế. Ngoài ra, Tổng công ty còn hợp tác khai thác với nhiều hãng hàng không khác dưới hình thức trao đổi chỗ.
Năm 2002, do ảnh hưởng của vụ khủng bố, Mỹ phát động chiến tranh, diễn biến hoà bình trên thế giới có nhiều biến động, các tác động tiêu cực của thị trường bên ngoài, đầu tư trong nước giảm sút, tốc độ tăng trưởng GDP giảm... cùng với những lý do không thuận lợi xuất phát từ nội tại của Tổng công ty, tình hình sản xuất kinh doanh của Tổng công ty bị chững lại, doanh thu đạt mức 8.161 tỷ đồng nhưng lợi nhuận sau thuế lợi tức chỉ còn 79 tỷ đồng, trong đó Vietnam Airlines lỗ 29 tỷ đồng. Trong năm 2003, do sự cạnh tranh khốc liệt giữa các hãng hàng không vẫn tiếp tục đã tác động mạnh đến hoạt động kinh doanh vận tải của Tổng công ty Hàng không Việt Nam. Năm 2001 - 2002, thị trường vận tải hàng không Việt nam dần dần được phục hồi và tăng trở lại, tổng doanh thu năm 2002 đạt 10,798 tỷ đồng và năm 2003 đạt 13,686 tỷ đồng. Lợi nhuận trước thuế đang ở con số âm trong năm 2001 nay đã tăng lên 641 tỷ đồng (năm 2002) và 862 tỷ đồng (năm 2003). Năm 2004, thị trường vận tải hàng không vẫn phát triển tốt, nhưng do bị ảnh hưởng của khủng hoảng thị hàng không toàn cầu Đến năm 2006 tổng doanh thu đạt 16.330 tỷ đồng, lợi nhuận trước thuế đạt 932 tỷ đồng. Vietnam Airlines hiện nay với quy mô vận chuyển khoảng khoảng 7 triệu lượt hành khách/năm, hơn 12 tỷ hành khách/km, 185 ngàn tấn hàng hoá và doanh thu hơn 2,5 tỷ USD, vẫn còn là một hãng hàng không nhỏ, đứng ở nhóm cuối bảng xếp hạng của các hãng thành viên của Hiệp hội các hãng hàng không châu á - Thái Bình Dương (AAPA) mà Vietnam Airlines là thành viên, hiệp định thương mại Việt Mỹ được ký kết là uỷ viên không thường trục của LHQ năm 2008. Xét về số lượng hành khách chuyên chở, các hãng hàng không trung bình và tương đối lớn trong khu vực như Singapore Airlines, Thai Airways, Cathay Pacific lớn hơn gấp 7-9 lần Vietnam Airlines; nhưng xét về sản lượng khách/km thì Thai Airways lớn gấp 6 lần (30 tỷ khách/km), Cathay Pacific lớn gấp 8 lần (40 tỷ khách/km), Singapore Airlines lớn 11 lần (56 tỷ hành khách/km) so với Vietnam Airlines. Với tốc độ phát triển dự kiến khoảng 10%/năm liên tục trong những năm tới đây, Vietnam Airlines cũng phải mất 16 năm để đạt quy mô về số khách (12 triệu hành khách), mất 28 năm để đạt quy mô về sản lượng (54 tỷ hành khách/km), mất 26 năm để đạt quy mô về doanh thu (4,6 tỷ USD) như Singapore Airlines hiện nay. Để đạt quy mô của một hãng hàng không trung bình trong khu vực như Philippin Airlines (trước khi ngừng hoạt động) Vietnam Airlines cũng phải mất 6-8 năm để đạt mức sản lượng, doanh của họ. Trong những năm vừa qua tình hình sản xuất kinh doanh của Tổng công ty Hàng không Việt nam đạt được những kết quả đáng kể. Có thể nói trong sáu năm qua, số lượng hành khách sử dụng vé máy bay hạng phổ thông (economy) đã tăng khoảng 50%, trong khi số lượng hành khách sử dụng vé máy bay hạng sang
(premium) vẫn chỉ tương đương năm 2001. Trong năm 2006, số lượng hành khách sử dụng vé máy bay hạng sang trên các chuyến bay quốc tế đã tăng khoảng 4,3%, ít hơn so với tốc độ gia tăng của số lượng vé economy là 7,4%. Khác với một số thị trưường trọng điểm khác, du lịch bằng vé hạng sang tại thị trường Châu âu giảm 0,2% trong năm 2006 nhưng VN vẫn tăng trưởng. Nguyên nhân là do thị trường Châu Âu phát triển khá lâu đã trở nên bão hoà. Mặt khác, tại đây ngành Hàng không dân dụng đang phải cạnh tranh quyết liệt với hình thức vận tải đường sắt tốc độ cao nhưng với chi phí thấp hơn. Xu hướng tư nhân hoá và toàn cầu đã làm cho số lượng hành khách sử dụng vé hạng sang tại một số thị trường trọng điểm tăng mạnh. Tiếp tục ưu tiên đầu tư cho phát triển đội bay, nâng tỷ lệ máy bay sở hữu của Tổng công ty lên tới con số 25 chiếc trong tổng số 45 chiếc máy bay đưa vào khai thác đầu năm 2007. Ngoài ra, Tổng công ty còn chú trọng đầu tư tập trung trang thiết bị huấn luỵện, phát triển các chương trình ứng dụng công nghệ thông tin nhằm nâng cao năng lực quản lý và điều hành của Tổng công ty.Tập trung đầu tư các trang thiết bị phục vụ mặt đất phù hợp với tiến độ phát triển của ga hành khách và ga hàng hóa tại cảng hàng không. Xây dựng mới cơ sở bảo dưỡng, sửa chữa máy bay đồng bộ và hiện đại.
Đối với các doanh nghiệp hạch toán độc lập, tập trung đầu tư mở rộng sản xuất vào các sản phẩm mang lại hiệu quả kinh tế cao và đầu tư nâng cao chất lượng sản phẩm, khả năng cạnh tranh nhằm đứng vững trong quá trình hội nhập AFTA. Để đáp ứng nhu cầu đầu tư phát triển, quản lý đào tạo, công tác quản lý hoạt động thì công tác đào tạo và nghiên cứu khoa học được ưu tiên hàng đầu và tập trung trong chiến lược phát triển. Đào taọ, xây dựng nên một đội ngũ cán bộ khoa học có trình độ, có khả năng tiếp cận với phương tiện công nghệ hiện đại, tạo cơ sở để xây dựng các chuyên ngành mũi nhọn, phù hợp với khả năng phát triển cao hơn trong những thời kỳ tiếp theo.
Mục tiêu của Tổng công ty là ổn định và duy trì tốc độ tăng trưởng sản xuất kinh doanh ở mọi ngành nghề, tạo tiền đề cho việc thực hiện mục tiêu năm 2010. Tổng công ty cố gắng phấn đấu đạt tốc độ tăng trưởng doanh thu cao hơn tốc độ tăng trưởng kinh tế của Việt Nam và Đông Nam á, kinh doanh có hiệu quả, an toàn, nâng cao chất lượng dịch vụ, đảm bảo thu nhập cho người lao động. Nguồn vốn đầu tư của các doanh nghiệp hàng không là từ nguồn vốn chủ sở hữu và nguồn vốn từ bên ngoài doanh nghiệp thông thường là do ngân sách cấp, huy động vốn từ cổ phần cổ phiếu và do các doanh nghiệp tích luỹ được từ kết quả sản xuất kinh doanh. Nguồn vốn đầu tư từ bên ngoài chủ yếu là các khoản vay thương mại, vay
vốn thông qua các tổ chức tín dụng xuất khẩu và thuê mua máy bay, phát hành chứng khoán... Tuy nhiên bên cạnh những thuận lợi còn có một số khó khăn:
+ Thứ nhất: Tổng công ty hàng không Việt Nam đã có cơ sở vật chất ban đầu để hình thành nên Hãng hàng không có quy mô trong khu vực. Hiện nay Tổng công ty có số tài sản lớn đó là máy bay với số lượng đang được khai thác tại Hãng hàng không là 45 chiếc, trong đó có một số rất hiện đại và tân tiến như: ATR72, FOKKER70, B767, B777, A320, A321 với số lượng máy bay được khai thác lớn như vậy, mạng lưới đường bay của hàng không Việt Nam được phủ khắp đất nước, vươn ra khu vực và thế giới. Hàng không Việt Nam đang khai thác tới hơn 38 thành phố lớn trên thế giới và 18 điểm bay trong nước. Ngoài 20 văn phòng chi nhánh, trong đó có 3 văn phòng chi nhánh ở Hà Nội và 3 văn phòng chi nhánh ở Thành Phố Hồ Chí Minh, Hàng không Việt Nam còn có hơn 37 văn phòng đại diện ở nước ngoài và hàng trăm đại lý tại 50 nước trên thế giới. Ngoài ra Tổng công ty còn có đội ngũ người lao động trẻ, năng động, có kinh nghiệm, đặc biệt là đội ngũ người lái của Hãng hàng không có đủ trình độ kỹ thuật cao để tiếp cận, nắm bắt những loại máy bay tân tiến, hiện đại trên thế giới. Trên cơ sở như vậy, Tổng công ty hàng không Việt Nam và đặc biệt là Hãng hàng không có điều kiện để phát triển, kinh doanh tốt về lĩnh vực vận tải hàng không trong tương lai.
+ Thứ hai: Những ngày mới thành lập, Tổng công ty được Nhà nước giao cho
1661 tỷ đồng, trong quá trình phát triển, bên cạnh số vốn Nhà nước cấp bổ sung, Tổng công ty đã cố gắng vươn lên, sử dụng có hiệu quả số vốn, tích lũy và hiện nay Tổng công ty có quy mô vốn kinh doanh tương đối lớn để đáp ứng yêu cầu đầu tư phát triển với hơn 200 triệu USD vốn chủ sở hữu.