Để huy động ngày càng nhiều hơn nguồn vốn nhàn rỗi từ các thành phần trong nền kinh tế, NHNo&PTNT Hà Nội đã thiết kế các sản phẩm tiền gửi cho từng đối tượng. Cụ thể, với nhóm khách hàng Doanh nghiệp, danh mục sản phẩm tiền gửi của Ngân hàng bao gồm: Tiền gửi không kì hạn ( Tiền gửi thanh toán), Tiền gửi có kỳ hạn lãi suất trả sau, Tiền gửi có kỳ hạn lãi sau định kỳ, Tiền gửi có kỳ hạn lãi trước,
Tiền gửi lãi suất gia tăng theo thời gian. Đối với nhóm khách hàng cá nhân Chi nhánh cũng đã thực hiện đa dạng hóa các sản phẩm tiền gửi tiết kiệm như: Tiết kiệm không kỳ hạn bằng VND và bằng ngoại tệ, Tiết kiệm có kì hạn trả lãi sau toàn bộ, Tiết kiệm có kỳ hạn trả lãi sau định kỳ, Tiết kiệm có kỳ hạn trả lãi trước toàn bộ, Tiết kiệm có kỳ hạn trả lãi trước định kỳ, Tiết kiệm hưởng lãi bậc thang theo thời gian gửi, Tiết kiệm hưởng lãi bậc thang theo lũy tiến của số dư tiền gửi, Tiết kiệm gửi góp hàng tháng, Tiết kiệm gửi góp không theo định kỳ, Tiết kiệm VNĐ bảo đảm bằng USD, Tiết kiệm bằng vàng, Tiền gửi tiết kiệm có dự thưởng.
Trong năm 2008, các NHTM bước vào cuộc đua tăng lãi suất huy động VNĐ cũng như các chiêu thức khuyễn mãi bằng tiền và hiện vật để tăng cường thu hút vốn VNĐ. Vào ngày 28/5/2008, Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam đã mở đợt huy động tiền gửi “Tiết kiệm bằng VND bảo đảm giá trị theo vàng 3 chữ A” trong toàn hệ thống. Theo đó, Chi nhánh đã áp dụng hình thức huy động vốn này và đã huy động được 40,872 tỷ đồng. Đến nay, Ngân hàng cũng đã áp dụng thêm các hình thức huy động linh hoạt như Giao dịch gửi, rút tiền nhiều nơi; Huy động tiết kiệm có kỳ hạn, rút gốc linh hoạt. Do đó, tỷ trọng vốn tiền gửi của dân cư và các Tổ chức kinh tế luôn chiếm tỷ trọng cao trong tổng nguồn vốn của Chi nhánh qua các năm: năm 2006 chiếm 58,3%; năm 2007 chiếm 56,2%; năm 2008 chiếm 76,5%. Trong đó, nguồn tiền gửi từ dân cư chiếm tỷ trọng trung bình là 27,7%. Vốn huy động từ dân cư là nguồn tiền có quy mô lớn, có thể dùng cho việc tài trợ các dự án dài hạn nhưng lại không mang tính ổn định, dễ chịu ảnh hưởng trước các cú sốc do thiếu thông tin, khả năng phân tích yếu và quyết định cũng như tâm lý của người gửi tiền.
Nguồn tiền huy động từ các tổ chức kinh tế chiếm tỷ trọng cao nhất trong tổng nguồn vốn, đạt tỷ trọng bình quân là 35,8%. Từ đó cho thấy nguồn vốn của Chi nhánh có đầu vào rẻ tương đối, đã tạo ra lợi thế cạnh tranh trong hoạt động tín dụng với lãi suất cho vay cạnh tranh và nguồn vốn dồi dào để đáp ứng nhu cầu thanh toán và đầu tư đối với các thành phần kinh tế.
Bên cạnh đó, Chi nhánh còn nhận tiền gửi của các Tổ chức tín dụng. Năm 2008, vốn tiền gửi từ các Tổ chức tín dụng đạt 1144,6 tỷ. Tuy khoản tiền gửi này chiếm tỷ trọng nhỏ nhất nhưng lại có ý nghĩa vô cùng to lớn, đảm bảo khả năng thanh toán được thực hiện nhanh chóng, chính xác và tạo ra sự lưu thông giữa NHNo&PHTN Hà Nội với các ngân hàng khác.