- Mục tiêu: Duy trì hệ thống các cảng trong Tổng công ty tiếp tục là cảng đầu mối tại các vùng kinh tế trọng điểm nhằm phục vụ có hiệu quả nhu cầu lưu thông hàng hóa của nền kinh tế; Từ giờ tới 2010 Tổng công ty sẽ tập trung mọi nguồn lực đầu tư, phát triển cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong (Khánh Hòa) và cảng cữa ngõ quốc tế Hải Phòng (Lạch Huyện); tiếp tục đầu tư chiều sâu cho các cảng hiện có, xây dựng các bến mới tại Đình Vũ (Hải Phòng), Cái Lân (Quảng Ninh), Tiên Sa (Đà Nẵng), thực hiện chương trình chuyển đổi công năng, di dời Cảng Sài Gòn ra Hiệp Phước(TP. Hồ Chí Minh) và Cái Mép, Thị Vải (Bà Rịa – Vũng Tàu) và xây dựng cảng container Vũng Tàu tại Bến Đình – Sao Mai (Bà Rịa – Vũng Tàu).
Từ giai đoạn 2010 – 2020 Tổng công ty tiếp tục đầu tư phát triển các cảng nước sâu có khả năng đáp ứng nhu cầu các loại tàu lớn hơn theo xu thế tăng trọng tải của đội tàu thế giới, đáp ứng nhu cầu lưu thông hàng hóa của nền kinh tế và chia sẻ thị trường trung chuyển container. Tại phía Bắc, giai đoạn đến 2020 quy mô dự án cảng cửa ngõ quôc tế Hải Phòng sẽ bao gồm 4 bến container, chiều dài 1.200m, 02 bến hàng rời với chiều dài 500m, có khả năng tiếp nhận tàu hàng rời đến 80.000 DWT, tàu container đến 6.000 Teu, 05 bến hàng bao kiện, chiều dài 1.000m, cho tàu có trọng tải đến 30.000DWT. Tại miền trung, tiếp tục phát triển cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong giai đoạn đến 2015 đầu tư 4 bến, với chiều dài 1.000 – 1.500m, giai đoạn đến năm 2020 đầu tư tiếp 6 bến với chiều dài khoảng 2.400 m, có khả năng tiếp nhận các tàu trọng tải 150.000 – 200.000 DWT, tàu container 10.000 – 12.000 Teu.
- Về mô hình tổ chức: Các cảng cần được chuyển đổi mô hình tổ chức để tạo sự linh hoạt và chủ động trong việc quản lý, khai thác, huy động vốn liên doanh, liên kết, cổ
Thực hiện theo Quyết đinh số 180/QĐ – TTg ngày 18/7/2005 của Thủ tướng Chính Phủ về việc phê duyệt phương án điều chỉnh kế hoạch, đồi mới, sắp xếp công ty Nhà nước thuộc Tổng công ty Hàng Hải Việt nam, từ năm 2005 – 2008 Tổng công ty đã hoàn thành các bước cổ phần hóa 09 doanh nghiệp với tổng số vốn điều lệ của các doanh nghiệp tại thời điểm cổ phần hóa là 2.414 tỷ đồng, trong đó vốn Nhà nước tính theo mệnh giá là 1.319 tỷ đồng, tỷ lệ cổ phần nhà nước nắm giữ tại các doanh nghiệp này chiếm từ 51 – 60 % vốn điều lệ; hoàn thành chuyển đổi 4 cảng Hải Phòng, Quảng Ninh, Đà Nẵng, Sài Gòn thành công ty TNHH một thành viên với tổng số vốn điều lệ Nhà nước nắm giữ 100% là 1.788 tỷ đồng, trong đó có 3 cảng đang xây dựng phương án chuyển đổi hoạt động theo mô hình công ty mẹ - công ty con là cảng Hải Phòng, Đà Nẵng và Sài Gòn .
Đối với Tổng công ty sẽ tiến hành triển khai từng bước việc hình thành một tập đoàn kinh tế hàng hải đa ngành của Quốc gia và thực hiện Quyết định 216/2006/QĐ-TTG ngày 29/9/2006 của Thủ tướng chính phủ về việc chuyển đổi Tổng công ty theo mô hình công ty mẹ - công ty con.
- Về hợp tác quốc tế: Tiếp tục liên doanh, kiên kết, góp vốn cổ phần với các hãng tàu, nhà đầu tư, khai thác cảng biển cả ở trong và ngoài nước để cùng thực hiện các dự án đầu tư phát triển cảng nhằm mục đích đa dạng hóa nguồn vốn đầu tư, tiếp thu những công nghệ quản lý khai thác cảng hiện đại của thế giới, tạo nguồn hàng ổn định cho các cảng khi đi vào hoạt động, đồng thời tạo cơ sở cho việc cùng đầu tư phát triển cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong và cảng cửa ngõ quốc tế Hải Phòng ( Lạch Huyện).