Một là: Chưa thực hiện tốt chức năng quan trọng trong nền kinh tế quốc dân
Các tập đoàn kinh tế quốc doanh ở các nước phát triển được thành lập vào những năm 1830. Các tập đoàn này được hình thành với để thực hiện những chức năng hết sức quan trọng mà chức năng thứ nhất trong số đó là chống độc quyền để phòng ngừa sự phát triển thiên lệch và thúc đẩy kinh tế phát triển trong khi đó ở nước ta loại tập đoàn này lại nắm các độc quyền về kinh tế và chính trị, không giải phóng được các nguồn lực cần thiết cho sự phát triển. Chức năng thứ hai ở các nước phát triển đó là nâng cao khả năng cạnh tranh của cả nền kinh tế, ở nước ta chưa thể nói rằng các tập đoàn kinh tế quốc doanh đã làm được điều này. Chức năng thứ ba ở các nước phát triển đó là bảo đảm an ninh chính trị và quốc phòng, ở nước ta lĩnh vực này cần nghiên cứu kỹ lưỡng để có những đánh giá chính xác.
Việc thành lập các tập đoàn kinh tế quốc doanh ở các nước phát triển kể cả trong thời kỳ cao điểm cũng huy động chưa đến 10% tổng lực của nền kinh tế và chỉ tập trung vào một số sản phẩm nhưng các tập đoàn kinh tế quốc doanh đã thực hiện rất tốt vai trò của nó. Trong khi ở Việt Nam các tập đoàn kinh tế quốc doanh và các tổng công ty 90,91 chiếm tới hơn một nửa nguồn lực của cả nước nhưng liệu rằng các tập đoàn này đã phát huy được vai trò của nó, đặc biệt trong điều kiện nền kinh tế nước ta hiện nay tình trạng lạm phát đã lên tới hai con số ( kể từ quý IV năm 2007). Một tác nhân quan trọng như vậy không thể đứng ngoài tiến trình nguy hiểm này được.
Hai là: Sự luân chuyển về vốn của trong các tập đoàn kinh tế quốc doanh vẫn còn tòn tại nhiều bất cập
Sự lưu chuyển hàng năm các dòng vốn khác nhau từ ngân sách Nhà nước và từ mọi nguồn khác rót vào hoặc bị hút về các Tập đoàn, các Tổng công ty 90, 91 rồi lại từ kênh này chuyển vào các công ty con hay các công ty mẹ - con mà trên thực tế dù mang tên gọi gì thì chúng cũng thuộc sở hữu tư nhân hoặc là do các công ty tư nhân chi phối hoàn toàn. Điều này đã làm nảy sinh suy nghĩ cho rằng liệu mô hình tập đoàn kinh doanh như hiện nay đang thai nghén ra những đứa con mới của chủ nghĩa tư bản thân hữu. Cho nên sự lưu chuyển về vốn của các tập đoàn cần được làm rõ để tiếp tục thực hiện mục tiêu kinh tê thị trường theo định hướng XHCN.
Ba là: Chưa có khung pháp lí hoàn chỉnh cho mô hình tập đoàn kinh tế
Khái niệm tập đoàn kinh tế thực ra cũng còn chưa thống nhất trên thế giới khi hiện nay vẫn còn tồn tại không ít những khái niệm hay mô hình khác nhau trên mỗi quốc gia khác nhau. Nhưng ở Việt Nam vẫn còn nhiều vấn đề từ nhận thức đến tổ chức quản lý, tên gọi, phát triển thương hiệu... trong tập đoàn, nhất là cách thức quản lý mới thay cho cách quản lý cũ trong các Tổng công ty trước đây. Có ý kiến cho rằng Việt Nam chưa có tiêu chí xác định tập đoàn kinh tế là một thực tế... Nhưng nếu cứ quyết tâm xây dựng tiêu chí cho
tập đoàn, vô hình chung đã áp đặt duy ý chí. Tuy vậy không có nghĩa là các tập đoàn kinh tế ở Việt Nam chưa phát triển hay Chính phủ không quan tâm đến vấn đề này mà ngược lại Điều 149 Luật Doanh nghiệp 2005 đã có quy định về Tập đoàn kinh tế (Tập đoàn kinh tế là nhóm công ty có quy mô lớn. Chính phủ quy định, hướng dẫn tiêu chí, tổ chức quản lý và hoạt động của tập đoàn kinh tế) và mới đây nhất là Nghị định 139/2007/NĐ- CP cũng đã có một điều hướng dẫn về tập đoàn. Tuy nhiên, tập đoàn kinh tế là một tổ hợp các Công ty có tư cách pháp nhân độc lập. Còn tập đoàn không phải là một pháp nhân nên việc quy định một khuôn khổ pháp lý tổ chức của một nhóm Công ty trong bối cảnh doanh nghiệp được quyền tự quyết về các mối liên hệ thì khung khổ pháp lý mà chúng ta muốn xây dựng có thể trở thành khiên cưỡng, thậm chí có thể kìm hãm sự phát triển của doanh nghiệp.
Sau khi Việt Nam chính thức gia nhập WTO, chúng ta đang phải từng bước gỡ bỏ hàng rào về thuế quan, hành chính... các doanh nghiệp phải cạnh tranh một cách bình đẳng với các tập đoàn kinh tế đa quốc gia hùng mạnh ngay trên “sân nhà” của mình nên việc thành lập và phát triển các tập đoàn kinh tế là vấn đề cần phải được quan tâm một cách đúng mức. Trên thực tế hiện nay chúng ta đã có nhiều doanh nghiệp hay nhóm doanh nghiệp mạnh, tích hợp, liên kết các thế mạnh của nhau để hoạt động dưới bộ máy chung, một thương hiệu chung tạo ra sự phát triển vượt bậc. Đây chính là sự liên kết, hình thành mô hình tập đoàn kinh tế tư nhân. Tiêu biểu cho xu thế này là một số doanh nghiệp như FPT, Đồng Tâm, Kinh Đô, Hòa Phát... Tuy nhiên khó khăn nhất đối với các tập đoàn kinh tế non trẻ này của Việt Nam là họ chưa được pháp luật thừa nhận một cách đầy đủ. Các tập đoàn vẫn phải mang một cái tên không chính danh như “Công ty cổ phần tập đoàn” hoặc công ty TNHH tập đoàn. Luật Doanh nghiệp 2005 vẫn chưa tạo được một hành lang pháp lý cho việc hình thành các tập đoàn kinh tế tư nhân. Chúng ta chỉ có một Nghị định hướng dẫn một số điều của Luật Doanh nghiệp về đăng ký kinh doanh và cũng không có bất cứ đề cập nào đến việc hình thành và phát triển
tập đoàn kinh tế ở Việt Nam việc thừa nhận các tập đoàn kinh tế vẫn chỉ dừng lại ở mức độ chủ trương, hệ thống quy định chưa đáp ứng được nhu cầu phát triển của các tập đoàn từ đó cũng chưa thể có những nghiên. Hiện tại các tập đoàn kinh tế vẫn được xếp chung với nhóm các công ty. Như vậy nghiên cứu sâu, cụ thể để thúc đẩy sự phát triển của mô hình mới này. Chính vì thế, những nhân tố mới của nền kinh tế vẫn đang phải hoạt động một cách mò mẫm và chưa có được những định hướng mang tầm vĩ mô.
Bốn là: Rủi ro từ việc các TĐKT thành lập ngân hàng riêng
Việc thành lập các ngân hàng riêng của các TĐKT có thể gây nên những rủi ro cho nền kinh tế cũng như một số hậu quả tiêu cực khác. Trước hết là những rủi ro liên quan đến việc cho vay các tổ chức liên kết về việc lạm dụng quyền hạn của công ty mẹ sẽ ảnh hưởng đến quyết định cho vay của ngân hàng. Điều này đã được chứng minh từ nhiều nước trên thế giới, dẫn đến sự sụp đổ của nhiều tổ chức ngân hàng. Rủi ro khác có liên quan đến tính rủi ro có tính hệ thống của các thị trường tài chính. Nếu một trong số 300 nghìn doanh nghiệp Việt Nam hiện nay bị phá sản thì chỉ để lại hậu quả một số công nhân bị thất nghiệp và Nhà nước bị thất thu thuế, còn nếu mà một ngân hàng bị phá sản thì để lại hậu quả lớn hơn rất nhiều. Việc cho phép các TĐKT thành lập ngân hàng một cách ồ ạt sẽ có thể dẫn đến hệ thống ngân hàng Việt Nam thêm phần yếu kém, dễ tổn thương và dễ đổ vỡ gây hậu quả khôn lường do sự đổ vỡ mang tính hệ thống.
Trong bài của nhóm giáo sư, chuyên gia kinh tế đại học Harvard gửi thủ tướng chính phủ đã cảnh báo về các TĐKT của Việt Nam như sau: “ Một cuộc điều tra của 200 doanh nghiệp lớn nhất Việt Nam do UNDP thực hiện khẳng định rằng nhiều công ty trong top 200 của Việt Nam đang đầu cơ bất động sản và chứng khoán mà thiếu tập trung vào hoạt động cốt lõi của mình. Nghiên cứu của UNDP còn cho thấy một xu hướng đáng lo ngại, đó là nhiều công ty dân doanh và cổ phần ít chú tâm vào việc tăng khả năng cạnh tranh
trên thị trường quốc tế. Thay vào đó, các công ty này lại đang đua nhau tìm kiếm lợi nhuận tức thời trên thị trường bất động sản và tài chính”.
Bên cạnh đó, việc cho phép các TĐKT thành lập các ngân hàng riêng cũng không phù hợp với thông lệ quốc tế. Kinh doanh chỉ có thể phát huy hiệu quả những lĩnh vực gần nhau. Lĩnh vực công nghiệp và thương mại là hai lĩnh vực xa lạ với tài chính - ngân hàng, đặc biệt lĩnh vực ngân hàng đòi hỏi khả năng quản trị cao và chặt chẽ hơn rất nhiều so với quản trị doanh