Bên cạnh những kết quả khả quan trong công tác huy động vốn vẫn còn tồn tại một số những hạn chế nhất định trong hoạt động huy động vốn của NHNT Hà Nội
- Tuy nguồn vốn huy động của NHNT Hà Nội tăng đều qua các năm và có quy mô khá lớn, đáp ứng kịp thời nhu cầu sản xuất kinh doanh nhưng vốn thu hút từ dân cử hàng năm luôn chiếm tỷ trọng lớn trong khi vốn thu hút từ các tổ chức xã hội chỉ chiếm một tỷ trọng nhỏ trong tổng nguồn vốn. Vốn từ dân cư luôn có chí phí huy động cao còn vốn từ các tổ chức kinh tế chỉ có chi phí thấp nên NHNT Hà Nội cần có các giải pháp để tăng thu hút vốn từ các tổ chức kinh tế để giảm chi phí huy động.
- Quá trình huy động vốn chưa thật sự gắn kết với quá trình sử dụng vốn. Trong tổng nguồn vốn huy động được thì vốn ngắn hạn luôn chiếm tỷ trọng lớn còn vốn dài hạn lại chỉ chiếm một tỷ trọng ít. Trong hoạt động cho vay thì vay dài hạn lại chiếm tỷ trọng lớn còn vay ngắn hạn chỉ chiếm một phần rất nhỏ. Ngân hàng Ngoại Thương Hà Nội rơi vào tình trạng thiếu vốn trung dài hạn để cho vay trong khi lại dư thừa vốn ngắn hạn. Để giải quyết vấn đề này, NHNT Hà Nội đã chuyển đổi kỳ hạn của khoản vay ngắn hạn để tiến hành cho vay dài hạn. Việc chuyển đổi này có thể dẫn ngân hàng đến nguy cơ
không đảm bảo được khả năng thanh toán cho khách hàng khi cần thiết, làm mất uy tín của Ngân Hàng.
- Trong Công tác huy động vốn ngân hàng đã dần dần áp dụng các chính sách Marketing, các dịch vụ tích hợp kèm theo để nâng cao hiệu quả vốn nhưng vẫn chủ yếu dựa vào công cụ lãi suất. Công tác Marketing ngân hàng tuy đã được chú trọng và là công tác trọng tâm của ngân hàng trong điều kiện cạnh tranh gay gắt như hiện nay nhưng vẫn chưa thực hiện theo một chính sách nhất quán. Từng bộ phận, từng cán bộ chưa nhận thức hết được tầm quan trọng của vấn đề này nên trong việc phối hợp còn chưa nhất quán. Công tác thu thập thông tin thị trường, tìm hiểu khách hàng, đối thủ cạnh tranh còn nhiều hạn chế.
- Khả năng sinh lời của vốn huy động của NHNT Hà Nội còn thấp. Trong năm 2008 tỷ lệ sinh lời của vốn huy động của Ngân Hàng chỉ là 1,42%. Điều này chứng tỏ công tác sử dụng vốn của NHNT Hà Nội còn nhiều hạn chế.