Trong Bộ luật hình sự cũng đã qui định khá rõ trách nhiệm và quyền hạn của cơ quan thuế, cũng như cơ quan công an, trong việc giải quyết các đối tượng vi phạm pháp luật thuế. Theo điều 161 Bộ luật hình sự qui định: “tội trốn thuế trên 50 triệu đồng thì sẽ bị xử lý hình sự…” nhưng trong thực tế đối tượng trốn thuế trên 50 triệu là rất nhiều, đặc biệt là đối với các doanh nghiệp buôn bán hoá đơn bất hợp pháp. Khi cơ quan thuế phát hiện ra các đối tượng vi phạm pháp luật thuế, cơ quan thuế có thể truy thu thuế, sau đó có thể tiến hành phạt hành chính, trường hợp này nếu chuyển cho cơ quan công an để xử lý hình sự thì phải báo cáo Viện Kiểm sát để huỷ bỏ quyết định xử phạt của cơ quan thuế, thủ tục này phần nào ngăn cản tiến độ thực hiện nhiệm vụ của cơ quan công an bị chậm trễ hơn.
Trên địa bàn tỉnh Hà Tây, nhìn chung sự phối hợp giữa cơ quan thuế và cơ quan công an còn chậm, do các vụ việc vi phạm là khá phức tạp, xảy ra chủ yếu trên diện rộng, mất nhiều thời gian điều tra, xác minh. Nhiều trường hợp Cục thuế Hà Tây phát hiện ra những trường hợp vi phạm pháp luật thuế, nhưng vì vượt qúa thẩm quyền nên lại chuyển hồ sơ cho cơ quan công an, tuy nhiên sau khi tiến hành điều tra, do không có đủ yếu tố cấu thành tội phạm nên lại chuyển
hồ sơ lại cho cơ quan thuế xử lý hành chính, khi cơ quan thuế nhận lại hồ sơ thì đã hết thời hiệu xử lý hành chính.
Bên cạnh đó việc điều tra, xử lý các doanh nghiệp thành lập nhằm mục đích mua bán hoá đơn bất hợp pháp rồi bỏ trốn (theo điều 181 và 268 Bộ luật hình sự) hiện nay đang gặp nhiều khó khăn, do số lượng hoá đơn các doanh nghiệp này tiêu thụ khá lơn, và trên địa bàn rộng, làm cho việc xác minh tốn nhiều kinh phí và thời gian. Do đó việc xác minh lại khoảng thời gian tối đa, nhằm phát hiện và xử lý đúng người đúng tội cần phải được cơ quan có chức năng xem xét, phân tích và đưa ra một cách phù hợp nhất với tình hình nước ta hiện nay.
Trường hợp các hoá đơn liên quan tới doanh nghiệp bỏ trốn, thì tạm thời không giải quyết khấu trừ thuế GTGT đầu vào và không tính chi phí đó vào giá trị tiền hàng và tiền thuế ghi trên đó, qúa trình này chưa được giải quyết dứt điểm, nhằm xác định tính hợp pháp của hoá đơn đó, điều này gây nhiều khó khăn cho doanh nghiệp khi có những hoạt động liên quan và cơ quan thuế khi quyết toán thuế.
Bởi những tồn tại như trên, đề nghị các cơ quan chức năng, các ngành Công an, Kiểm sát, Thuế nên có hướn dẫn thống nhất và nên tách riêng việc mua, bán hoá đơn để xử lý theo điều 181 hoặc 268, còn việc sử dụng hoá đơn của các doanh nghiệp nên tách ra để điểu tra riêng theo tội danh.