Vườn Quốc gia Ba Bể nằm trên địa bàn xã Nam Mẫu, bao xung quanh là 6 xã. Tại đây ngoài áp lực dân cư cư trú đông trong vùng lõi và vùng đệm còn áp lực của tỷ
lệ tăng dân số cao (1,7%), trình độ dân trí thấp, tập quán canh tác lạc hậu và nhu cầu sử dụng tài nguyên rừng cao. Thực tế đó luôn tạo ra thách thức lớn đối với công tác bảo tồn ở VQG. Biển hiện rõ nét nhất là các hoạt động trái phép của một số nhóm cộng đồng như khai thác gỗ củi, các sản phẩm phi lâm sản, săn bắn động vật rừng, dùng mìn đánh bắt cá, mở rộng đất nông nghiệp và chăn thả gia súc trong Vườn.
Qua khảo sát thu thập thông tin từ cán bộ quản lý Vườn và trực tiếp phỏng vấn người dân có thể xác định các thách thức đối với công tác quản lý và bảo tồn.
1. Nhận thức của cộng đồng về các lợi ích do bảo tồn mang lại và tầm quan trọng của ĐDSH còn yếu do hạn chế về trình độ dân trí, thiếu thông tin, giao tiếp khó khăn, ý thức kém...
2. Các sinh cảnh và rừng tự nhiên trong vùng bị chia cắt mạnh do tình trạng rừng bị khai phá làm nương rẫy, các vùng cư trú của các loài động thực vật giữa Ba Bể, Chợ Đồn và Na Hang cũng bị chia cắt.
3. Tình trạng các hộ gia đình xâm lấn đất đai phi pháp trong khu vực bảo vệ nghiêm ngặt. Do đất sản xuất nông nghiệp thiếu, các hộ gia đình đã tìm cách tăng thu nhập bằng các hoạt động khai thác phi pháp tài nguyên rừng.
4. Số hộ gia đình sinh sống xen kẽ bên trong và xung quanh ranh giới Vườn khá đông, tạo sức ép lớn về nhiều mặt.
5. Sử dụng chất nổ trong đánh bắt cá còn xảy ra ở vùng lòng hồ, mỗi tháng từ 1 đến 2 vụ. Nguyên nhân là do thiếu sự kết hợp chặt chẽ của các lực lượng Công an, Chính quyền địa phương, kiểm lâm và quần chúng.
6. Hiện tượng xói mòn và bồi tụ lòng hồ gia tăng, chưa có biện pháp khắc phục. Hiện diện tích đất trống đồi núi trọc đầu nguồn sông Chợ Lèng chiếm 60%, hàng năm bồi tụ lấn hồ từ 15 đến 20 mét.
7. Cơ sở hạ tầng và vật tư trang thiết bị của VQG chưa đáp ứng yêu cầu quản lý bảo vệ, một số trạm kiểm lâm cần được củng cố, xây dựng lại, nguồn kinh phí hoạt động cho công tác bảo tồn còn hạn chế.
8. Sự hạn chế về trình độ, kĩ năng của cán bộ trong công tác quản lý và bảo vệ; chưa đủ điều kiện để mở các lớp tập huấn, tham quan học tập trong và ngoài
nước. Chưa xây dựng cơ sở dữ liệu điều tra, giám sát đa dạng sinh học và tác động con người đến tài nguyên rừng, hoạt động điều tra rừng còn mang tính hành chính; Chính quyền cơ sở ít tham gia xây dựng kế hoạch hoạt động chung của Vườn.
9. Dịch vụ du lịch còn yếu, chưa được tổ chức tốt, hoạt động du lịch gây nhiều tác động tiêu cực đến VQG. Việc quản lý khách du lịch tập trung chưa tốt, thiếu hợp tác đồng bộ về quản lý du lịch; gia tăng lượng phương tiện xuồng máy, gây ô nhiễm lòng hồ và quấy nhiễu động vật hoang dã; vẫn còn du khách xâm phạm quy chế bảo vệ cảnh quan thiên nhiên và tài nguyên trong VQG.
10. Việc triển khai các văn bản pháp luật và xử lý các vi phạm pháp luật bảo vệ rừng trong cộng đồng dân cư chưa triệt để và thiếu đồng bộ.
Áp lực lớn nhất đối với công tác bảo tồn là còn nhiều hộ dân sống bên trong và xung quanh Vườn với đời sống còn nhiều khó khăn, trình độ nhận thức thấp nên nếu sơ hở trong quản lý là họ sẵn sàng vi phạm lâm luật. Trong thời gian tới cần có biện pháp giúp đỡ họ nâng cao thu nhập và trong dài hạn phải tìm cách di dời dân cư từ vùng lõi ra vùng đệm.