Nhiệm vụ quan trọng nhất của Vườn Quốc gia Ba Bể là bảo tồn thiên nhiên, bảo tồn hệ động, thực vật chuẩn của vùng Đông Bắc Việt Nam. Trong nhiều năm qua, Vườn rất coi trọng công tác bảo tồn, bên cạnh tăng cường tuần tra bảo vệ rừng là các hoạt động nâng cao nhận thức cộng đồng đối với bảo tồn. Vườn cũng tiến hành một số công tác điều tra, nghiên cứu khoa học: xây dựng vườn thực vật, nhân giống phong lan, nhân giống một số loài cây thuốc và một số loài thủy sản.
2.4.1.1. Công tác quản lý bảo vệ rừng
Công tác quản lý bảo vệ rừng là nhiệm vụ trọng tâm của Vườn với vai trò trực tiếp của Hạt kiểm lâm. Năm 1992 Hạt kiẻm lâm được thành lập có 19 kiểm lâm viên, đến nay đã có 40 chuyên viên chuyên trách. Nhiệm vụ của cán bộ kiểm lâm là quản lý rừng, theo dõi tài nguyên rừng trong diện tích được giao, kết hợp với các cấp chính quyền, các ngành liên quan tuyên truyền nhân dân tham gia quản lý bảo vệ rừng, triển khai chiến dịch bảo vệ mặt hồ, thu đổi súng săn.
Qua công tác giáo dục tuyên truyền, cộng đồng dân cư địa phương đã nắm được quy chế Vườn Quốc gia, luật bảo vệ và phát triển rừng. Đặc biệt năm 2000, có 72 thôn bản trong 7 xã đã xây dựng và cam kết thực hiện hương ước, quy ước, quản lý bảo vệ rừng. Đánh giá sơ bộ thấy rằng chim thú xuất hiện nhiều hơn ở bờ hồ, khu văn phòng; diện tích và độ che phủ rừng tăng; nương rẫy giảm…chứng tỏ hiệu quả của công tác quản lý bảo vệ rừng.
2.4.1.2. Công tác nghiên cứu khoa học và triển khai dự án
Bên cạnh công tác bảo vệ, Vườn đã thực hiện các hoạt động nghiên cứu khoa học và triển khai các dự án. Vườn đã tiến hành điều tra cơ bản động, thực vật rừng nhiều đợt qua các năm:
Năm 1992: đã điều tra được 165 loài động vật có xương sống thuộc 26 bộ và 69 họ. Khu hệ thực vật có 354 loài thực vật bậc cao có mạch thuộc 93 họ 274 chi.
Năm 1997: đã điều tra 417 loài thực vật thuộc 114 họ, 300 chi và 290 loài động vật.
Từ 1994 - 1999: Viện sinh thái Tài nguyên sinh vật phối hợp với tổ chức Frontier của Anh đã nghiên cứu đánh giá tính đa dạng sinh học của VQG Ba Bể: nghiên cứu côn trùng, thú, chim, cá, thực vật, các loài cây có hoa. Năm 1995, Trung tâm nhiệt đới Việt – Nga đã tiến hành nghiên cứu bướm, kết quả thu thập được tổng số 450 loài, trong đó phát hiện 3 loài mới.
Từ năm 1998 đến năm 1999, Vườn phối hợp với Trung tâm nghiên cứu và phát triển cây thuốc dân tộc cổ truyền nghiên cứu, điều tra được 720 loài cây có ích.
Hướng vào các mục tiêu nâng cao đời sống và nhận thức của người dân vùng đệm, tại khu vực VQG Ba Bể đã triển khai một số Dự án có quy mô khác nhau và đã thu được một số kết quả quan trọng:
1. Dự án Xây dựng các khu bảo vệ bảo tồn tài nguyên thiên nhiên thông qua
bảo tồn sinh thái cảnh quan (PARC), mã số VIE/95/G31, là dự án về bảo tồn lớn nhất
đã được thực hiện ở VQG Ba Bể. Nội dung của dự án được ký ngày 20/11/1998, với sự tài trợ tài chính từ Quỹ Môi Trường Toàn Cầu (GEF) và Quĩ phát triển Liên hợp quốc (UNDP). Dự án này cũng đang được thực hiện tại khu BTTN Nà Hang và VQG
Yok Đôn. Mục tiêu của dự án là tiếp cận sinh thái học cảnh quan trong công tác bảo tồn. Tại khu BTTN Nà Hang và VQG Ba Bể dự án được thực hiện bởi tổ chức Scott Wilson Asia-Pacific Ltd.
2. Dự án “Sử dụng bền vững nguồn lâm sản phi gỗ.” do Viện Kinh Tế Sinh Thái (Eco-Eco) và Trung Tâm nghiên cứu các sản phẩm phi gỗ, thuộc Bộ NN & PTNN tiến hành tại vùng đệm của VQG Ba Bể. Dự án do chính phủ Hà Lan tài trợ với sự hỗ trợ kỹ thuật của IUCN.
3. Chương trình hợp tác Lâm nghiệp Việt Nam – Phần Lan giai đoạn II (1999 - 2003) thực hiện tại vùng đệm của VQG Ba Bể nhằm mục tiêu đóng góp vào việc phát triển nông thôn bền vững thông qua lồng ghép các hoạt động lâm nghiệp trong sử dụng đất và kinh tế nông thôn.
4. Tổ chức Helvetas (Thụy Sỹ) tài trợ thực hiện dự án nghiên cứu và phân tích các thể chế địa phương và chính quyền đối với môi trường, phân tích các chính sách phát triển và sinh kế ở vùng nông thôn huyện Ba Bể (thực hiện từ tháng 8/2000 - 6/2002).
5. Dự án về du lịch do Trung tâm du lịch VQG thực hiện với mục tiêu nâng cao mức sống của nhân dân xã Nam Mẫu, bảo vệ tài nguyên và văn hoá truyền thống của thôn bản bằng phát triển du lịch sinh thái bền vững trên cơ sở cộng đồng. Dự án do SNV - Chương trình phát triển của Hà Lan tài trợ, thực hiện từ 11/2001 -9/2002.
Như vậy, so với các VQG khác trên cả nước, VQG Ba Bể được nhiều tổ chức trong và ngoài nước quan tâm triển khai các dự án nhằm nâng cao đời sống của người dân đồng thời kết hợp bảo tồn với phát triển du lịch sinh thái.
2.4.1.3. Lâm sinh
Vườn đã tiến hành các chương trình bảo vệ và nâng cao thu nhập cho cộng đồng địa phương bằng các chương trình 327, 661 và chương trình khuyến lâm. Đặc biệt dự án PARC do UNDP tài trợ đã được triển khai rất tốt.
Để ổn định cuộc sống của người dân, bên cạnh các chính sách chung của Nhà nước, VQG Ba Bể đã có chương trình hỗ trợ phát triển kinh tế xã hội địa phương như giao khoán quản lý bảo vệ rừng cho đồng bào ở các xã Nam Mẫu, Khang Ninh, Cao
Trĩ, Quảng Khê và Nam Cường từ 1994 - 2001. Đến nay có 3.000 ha rừng đã giao khoán cho 592 hộ. Vườn đã hỗ trợ 58 hộ trồng cây ăn quả, tư vấn cho 30 hộ gia đình có điều kiện tham gia dịch vụ phục vụ khách nghỉ tại gia đình, khoán quản lý bảo vệ rừng, trồng bổ sung cây lâm nghiệp tại phân khu phục hồi sinh thái và ở vùng đệm thông qua chương trình khuyến nông, với tổng diện tích gần 4.000 ha. Mặt khác, thực hiện chương trình ổn định dân cư của tỉnh Bắc Kạn, Vườn đã kết hợp với chính quyền địa phương hỗ trợ di chuyển 43 hộ người H’mông trở về quê cũ làm ăn (1997- 1999), đồng thời giúp địa phương xây dựng kế hoạch qui hoạch lại dân cư trong Vườn kể từ năm 2001 trở đi.