Môi trường pháp lý cho hoạt động tín dụng mặc dù đã hình thành khá đồng bộ và ngày càng được hoàn thiện, tuy nhiên vẫn chưa đáp ứng được yêu cầu của sự phát triển, hướng dẫn thi hành luật ở một số lĩnh vực còn thiếu và chưa kịp thời. Một số doanh nghiệp chưa thực sự tôn trọng pháp luật, ý thức chấp hành pháp luật chưa nghiêm, các cơ quan hành pháp trong nhiều trường hợp cũng chưa tuân thủ đúng pháp luật, điều này cũng ảnh hưởng đến chất lượng tín dụng.Cơ chế chính sách còn nhiều bất cập: không những không thể hiện được tính chất vượt trội mà còn có nhiều mặt thể hiện sự tụt hậu hơn so với các quy định chung của pháp luật hiện hành và so với nhiều khu kinh tế khác trong cả nước. Cụ thể trên các lĩnh vực như:
KKTM Chu lai không còn thực hiện theo cơ chế được Chính Phủ quy định tạị quyết định 108/2003/QĐ-TTg mà thực hiện theo quy định chung của Luật ngân sách nên có nhiều khó khăn về nguồn thu cho phát triển KKTM Chu Lai.
KKTM Chu Lai vẫn còn trực thuộc tỉnh Quảng Nam về mặt kế hoạch và tài chính nên chưa chủ động trong việc lập và bố trí kế hoạch, đặc biệt trên lĩnh vực tài chính, hoạt động của KKTM Chu Lai như một đơn vị dự toán cơ sở.
Mặc dù KKTM Chu Lai được Chính phủ cho áp dụng nhiều chính sách ưu đãi nhưng trong thực tế kết quả đầu tư của nhà nước tại KKTM Chu Lai chưa được Chính phủ quan tâm đúng mức. KKTM Chu Lai chưa được là một hộ kế hoạch, một hộ Ngân sách để có đủ điều kiện hoạt đông theo đề án đã được Chính phủ phê duyệt. Đến nay nguồn vốn cho đầu tư hạ tầng còn quá ít, do vậy việc xây dựng cơ sở hạ tầng tuy được phê duyệt rất rất lớn nhưng thực tế hạ tầng xã hội như giao thông, điện, nước, các phương tiện khác phục vụ cho yêu cầu kinh doanh, sinh hoạt của các doanh nghiệp chưa đạt theo yêu cầu do vậy đã có ảnh hưởng rất nhiều đến tiến độ đầu tư của các doanh nghiệp vào khu kinh tế này, từ đó việc mở rộng dư nợ cho vay gặp nhiều khó khăn.
Ưu đãi về thuế, KKTM Chu Lai có nhiều lĩnh vực không được ưu đãi bằng các khu kinh tế khác như thuế thu nhập cá nhân, thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế xuất nhập khẫu một số nguyên nhiên vật liệu.
Thủ tục đầu tư chưa chặt chẽ, chưa có quy định về trách nhiệm của nhà đầu tư khi được cấp phép đầu tư, nhất là trách nhiệm về tài chính nếu không thực hiện theo hợp đồng đã ký kết, từ đó tạo nhiều kẽ hở cho các nhà đầu tư đăng ký dự án nhưng không xúc tiến đầu tư.
Giải phóng mặt bằng tái định cư, ổn định việc làm cho ngườì dân còn nhiều khó khăn, phức tạp cho chủ đầu tư
Chưa coi trọng quy hoạch các khu tái định cư, và chưa đâù tư đúng mức cho việc xây dựng khu tái định cư
Chính sách ổn định việc làm cho người dân sau khi giải toả trắng chưa được thực hiện tốt.
Một số lĩnh vực trọng tâm có tính chất quyết định cho sự thành công của khu kinh tế mở như khu thương mại tự do, một số kết cấu hạ tầng thiết yếu như cảng biển, sân bay chưa thu hút được vốn đầu tư.
Kết cấu hạ tầng chưa đồng bộ và còn nhiều yếu kém như, hạ tầng một số khu công nghiệp đang đầu tư chưa đồng bộ cả về mặt bằng, điện, nước và các yếu tố khác; hạ tầng xã hội chưa đảm bảo cho phát triển một khu kinh tế lớn, hiện tại chưa có trường đào tạo nghề có chất lượng đáp ứng nhu cầu tuyển dụng lao động của nhà đầu tư, Chưa có bệnh viện đáp ứng về quy mô và chất lượng khám và chữa bệnh phục vụ cho khu kinh tế mở.
Về cơ chế xuất nhâp khẩu chưa thật thông thoáng. KKTM Chu lai chỉ được xuất, nhập khẩu các mặt hàng mà pháp luật Việt Nam không cấm
Cơ chế về nhà ở và đất ở cho người nước ngoài tại khu kinh tế mở không có gì đặc biệt hơn so với các nơi khác.
Cơ chế ưu đãi về vốn đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng đang gặp khó khăn cả về bên trong lẫn bên ngoài hàng rào.
Việc phân cấp của các bộ nghành TW chưa thực hiện một cách triệt để đến nay mới có các bộ:Tài chính, Kế hoạch đầu tư, thương mại uỷ quyền trên một số lĩnh vực, còn nhiều bộ ngành khác chưa thực hiện phân cấp cho KKTM Chu Lai.
Quy chế hoạt động của khu phi thuế quan: Nội dung quan trọng cho sự hình thành và hoạt động của khu này đến nay vẫn chưa được xây dựng trong khi đó khu phi thuế quan được xác định là hạt nhân của KKTM Chu Lai.
Nhiều chính sách, luật mới ban hành sau khi KKTM Chu lai ra đời có nhiều tiến bộ hơn so với các quy định của chính phủ về cơ chế ưu đãi cho KKTM Chu lai làm cho cơ chế ưu đãi của KKTM Chu lai không còn tính chất vượt trội nữa Các dự án đã đăng ký với số vốn rất lớn, nhưng vốn triển khai trên thực tế còn rất thấp, trong đó đặc biệt là các dự án đầu tư nước ngoài đăng ký và triển khai thực hiện rất chậm.
Vốn tập trung chủ yếu là các doanh nghiệp vừa và nhỏ, không có doanh nghiệp lớn và các tập đoàn kinh tế lớn.
Chưa thu hút được các nhà đầu tư cấp một, có qui mô hoạt động lớn để làm một đầu mối có tác dụng kéo theo các dự án vừa và nhỏ phát triển.
Dự án đăng ký tập trung chủ yếu ở một số nước châu á, các khu vực khác trên thế giới chưa nhiều.
Vốn đầu tư vào các ngành khai thác tài nguyên khoáng sản và du lịch là của các nước Đài Loan,Trung Quốc, Nhật là chính nhưng triển khai trên thực tế chậm.
Chưa thu hút được nhà đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng.
Không cân đối giữa các lĩnh vực đầu tư nhất là trên các lĩnh vực đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng, tư vấn đầu tư, tài chính-ngân hàng v.v.v
Hình thức tổ chức XTĐT còn đơn giản, chủ yếu là tổ chức các cuộc hội nghị giới thiệu cơ chế chính sách trong và ngoài nước đối với các doanh nghiệp theo các đoàn do các cơ quan của chính phủ tổ chức mà chưa tổ được các cuộc XTĐT độc lập với sự tham gia của các nhà đầu tư dành riêng cho KKTM Chu Lai [1, tr.6-9].
Khu kinh tế mở là mô hình kinh tế mới, lần đầu tiên được thực hiện thí điểm ở Việt Nam nên các khó khăn phức tạp, những yếu kém tồn tại là điều khó thể tránh khỏi nhưng các bộ nghành TW chưa thật sự vào cuộc, chưa coi việc xây dựng KKTM là của mình mà còn cho rằng đó là việc của địa phương và khoán trắng cho địa phương tự lo, lại có mặt chủ quan tiếp tục cho ra đời tràn lan các khu kinh tế trong khi chưa có tổng kết đánh giá về hoạt động của KKTM chu lai, là KKT đầu tiên của cả nước.
Các chính sách,Cơ chế quản lý của Ngân hàng nhà nước đối với NHTM còn mang nặng biện pháp hành chính, nhiều khi không theo kịp yêu cầu đổi mới nhanh chóng của nền kinh tế làm giảm tính chủ động sáng tạo, tự chịu trách nhiệm của các NHTM; Chậm ban hành các quy chế hướng dẫn thực hiện luật, nghị định, chế độ thể lệ nghiệp vụ và DV cho các NHTM