Bên cạnh những thành tựu to lớn mà xuất khẩu thủy sản sang EU đạt đ−ợc trong những năm qua, không phải là tất cả đều thuận lợi, vẫn còn những khó khăn, những v−ớng mắc đang tồn tại đòi hỏi đ−ợc khắc phục càng sớm càng tốt, cụ thể là:
∗ Hàng thủy sản Việt Nam xuất khẩu sang EU phần lớn là thông qua các công ty của ASEAN nh− Singapore, Thái lan và Hồng Kông.
∗ Chủng loại sản phẩm thủy sản xuất khẩu chủ yếu là tôm, mực đông lạnh sơ chế, tỷ lệ sản phẩm có giá trị cao gia tăng thấp chủ yếu là xuất nguyên liệụ
∗ Cơ cấu sản phẩm thủy sản xuất khẩu vào EU cũng nh− vào các thị tr−ờng khác có sự mất cân đối (hơn 90% là dạng sản phẩm t−ơi, −ớp đông, đông lạnh). Điều này làm mất lợi thế cạnh tranh của thủy sản n−ớc ta, cũng nh− sự yếu kém của công nghệ chế biến thủy sản.
∗ Giá cả sản phẩm xuất khẩu nhìn chung là thấp (chỉ bằng khoảng 70% mức giá sản phẩm cùng loại của Thái Lan và Inđônêxia) nh−ng vẫn không cạnh tranh nổi với hàng của các n−ớc xuất khẩu khác.
∗ Số l−ợng doanh nghiệp đ−ợc xuất khẩu thủy sản sang EU và số doanh nghiệp thực hiện theo tiêu chuẩn GMP và HACCP còn quá ít.Vẫn còn hàng trăm doanh nghiệp ch−a đổi mới đ−ợc công nghệ, cải thiện điều kiện sản xuất và nâng cao chất l−ợng sản phẩm, ch−a đ−ợc các đoàn thanh tra của Châu Âu chấp nhận. Nhiều doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản vẫn còn biết rất ít thông tin về thị tr−ờng EỤ
∗ Nhiều doanh nghiệp chế biến không có khả năng tài chính để thay đổi công nghệ và các điều kiện tiêu chuẩn theo GMP và HACCP, để có thể chế biến sản phẩm thủy sản xuất khẩu sang EỤ
∗ Giữa các doanh nghiệp xuất khẩu đã không có đ−ợc sự cạnh tranh lành mạnh, làm suy yếu sức cạnh tranh của hàng thủy sản Việt Nam khi sang thị tr−ờng EU nói riêng, cũng nh− sang tất cả các thị tr−ờng khác.
∗ Nguồn nguyên liệu cho chế biến xuất khẩu còn bị thiếu trầm trọng, các nhà máy chế biến mới chỉ sử dụng hết 60-70% công suất, nguồn nguyên liệu phụ thuộc hoàn toàn vào tự nhiên, do đó ảnh h−ởng đến sản phẩm chế biến cho xuất khẩụ
∗ Hàng thủy sản của Việt Nam vào EU, bên cạnh những yêu cầu về tiêu chuẩn chất l−ợng, vệ sinh thực phẩm, mã số nhập khẩu (Code)..., thuế nhập khẩu hàng thủy sản của Việt Nam vào EU còn cao hơn một số n−ớc. Thuế suất EU đang áp dụng cho Việt Nam là 6%, trong khi đó Bănglađét là 0% và ấn Độ chỉ khoảng 3%. Điều này đã làm giảm sức cạnh tranh của hàng thủy sản Việt Nam trong thị tr−ờng EỤ
∗ Trình độ khoa học công nghệ và cơ sở hạ tầng yếu kém, thiếu kinh nghiệm trong quản lý khiến cho lợi thế so sánh trong xuất khẩu thủy sản không đạt đ−ợc hiệu quả mong muốn vì quá thấp.
∗ Cơ sở hạ tầng nghề cá còn yếu kém nên không đáp ứng đ−ợc nhu cầu tổ chức bảo quản sau thu hoạch, số l−ợng tàu thuyền nhỏ d−ới 90 CV còn chiếm tỷ trọng cao từ 65-70%.
∗ Mối quan hệ hữu cơ giữa khai thác, nuôi trồng, chế biến và tiêu thụ ch−a đ−ợc liên kết chặt chẽ để tạo một chiến l−ợc sản phẩm xuyên suốt qua tất các khâụ Các doanh nghiệp chế biến ch−a coi việc góp phần thúc đẩy sản xuất nguyên liệu là trách nhiệm của mình.
∗ Ch−a có đ−ợc một kế hoạch và ch−ơng trình tổng thể xúc tiến hàng thủy sản Việt Nam ở n−ớc ngoài, đặc biệt là ở EỤ