Nghiệp vụ thanh toán vốn là nghiệp vụ kinh doanh Ngân hàng dựa chủ yếu trên nền tảng công nghệ thông tin hiện đại, đòi hỏi hạ tầng viễn thông phát triển cao và khung pháp lý hoàn thiện để đảm bảo hoạt động thông suốt, an toàn. NHNN cần sớm ban hành và hoàn thiện khung pháp lý cho hoạt động thanh toán vốn giữa các Ngân hàng. Đặc biệt là ban hành pháp luật công nhận giá trị pháp lý của chữ ký điện tử, chứng từ điện tử, quy định chặt chẽ về mã khoá bảo mật đăng ký và sử dụng cho Ngân hàng và các thành phần tham gia hoạt động thơng mại điện tử… nhằm hỗ trợ quá trình hiện đại hoá công nghệ Ngân hàng. Hệ thống các Ngân hàng thơng mại Việt Nam hiện nay phát triển tơng đối rộng lớn với nhiều loại hình ngân hàng và số lợng các Ngân hàng. Tuy vậy giữa các Ngân hàng không có sự đồng bộ thống nhất trong đầu t, trang bị hệ thống thông tin sử dụng. Mỗi ngân hàng tự xây dựng cho mình một hệ thống giao dịch điện tử riêng dựa trên tiềm lực tài chính của mình. Có những Ngân hàng đã áp dụng chơng trình phần mềm rất hiện đại trong quản lý và xử lý nghiệp vụ, hoạt động theo mô hình giao dịch một cửa. Nhng cũng có những Ngân hàng vẫn cha đủ điều kiện để áp dụng giao dịch một cửa, thông tin trong nội bộ hệ thống không trực tuyến (online) với nhau, không triển khai đợc các dịch vụ Ngân hàng hiện đại. Chính sự đầu t thiếu đồng bộ đó gây ra sự chẫm trễ, ách tắc trong công tác thanh toán trong hệ thống Ngân hàng Việt Nam. NHNN cần sớm đa ra các văn bản quy định các chuẩn mực trong việc đầu t, ứng dụng công nghệ thông tin, hiện đại hoá trong toàn bộ hoạt động kinh doanh Ngân hàng nói chung và
nghiệp vụ thanh toán vốn nói riêng, đảm bảo cho quy trình thanh toán của toàn hệ thống đợc thông suốt và tạo điều kiện để quản lý, kiểm soát công tác thanh toán chặt chẽ hơn.
Bên cạnh đó, NHNN cần có những chính sách u đãi, khuyến khích các ngân hàng đầu t, hiện đại hoá công nghệ bằng cách cho phép các Ngân hàng thơng mại vay vốn dài hạn, tăng vốn điều lệ và cấp vốn cho các NHTM đầu t vào công nghệ hiện đại.
Để tăng cờng tính nghiêm túc trong việc tuân thủ các quy định, quy chế trong thanh toán vốn, NHNN cần đẩy mạnh công tác thanh tra, kiểm tra, kiểm soát việc triển khai thực hiện nghiệp vụ thanh toán vốn tại các Ngân hàng. Xây dựng bộ phận chuyên trách về kiểm soát nghiệp vụ thanh toán vốn hoạt động khi có dấu hiệu nghi vấn cần phải kiểm tra, thanh tra.