nhiệm quyết định mức hoàn trả, phương thức hoàn trả mà người có nghĩa vụ hoàn trả phải thực hiện. Trong trường hợp thủ trưởng cơ quan có trách nhiệm bồi thường thiệt hại là người có nghĩa vụ hoàn trả, thì thủ trưởng cơ quan cấp trên trực tiếp của người đó có trách nhiệm quyết định mức hoàn trả, phương thức hoàn trả (Điều 17).
Tuy nhiên, một hạn chế của Nghị quyết số 388 khi quy định về trách nhiệm hoàn trả là đã hành chính hóa hoạt động giải quyết tranh chấp về nghĩa vụ hoàn trả, cụ thể là "trong trường hợp người có nghĩa vụ hoàn trả không đồng ý với quyết định về việc hoàn trả thì có quyền khiếu nại với thủ trưởng cấp trên trực tiếp của người đã ra quyết định về việc hoàn trả. Quyết định giải quyết khiếu nại của thủ trưởng cấp trên trực tiếp là quyết định cuối cùng" (Điều 17).
Có thể nói, chế định pháp luật hiện hành của Việt Nam về trách nhiệm bồi thường thiệt hại của Nhà nước đã được hình thành dù mới chỉ ở dạng trách nhiệm bồi thường của các cơ quan công quyền; chế định này đã quy định một cách tương đối đầy đủ những nội dung cơ bản, cần thiết. Về ưu điểm, hiệu quả điều chỉnh của các văn bản này đã thể hiện được qua những mặt nhất định: Thứ nhất, ghi nhận trách nhiệm bồi thường của các cơ quan nhà nước đối với những thiệt hại do cán bộ, công chức gây ra cho tổ chức, cá nhân
khác; thứ hai, quy định một cách chung nhất các điều kiện làm phát sinh trách nhiệm bồi
thường và những vấn đề khác có liên quan đến trách nhiệm bồi thường thiệt hại của Nhà nước (các loại thiệt hại, điều kiện bồi thường, nghĩa vụ chứng minh, trình tự, thủ tục bồi thường v.v..); thứ ba, quy định được một số trường hợp được bồi thường trong lĩnh vực tố tụng hình sự (Nghị quyết số 388). Tuy nhiên, bên cạnh những hiệu quả đạt được, chế định này đã bộc lộ nhiều hạn chế, cụ thể là:
a) Cơ chế bồi thường thiệt hại hiện hành về cơ bản không có lợi cho người bị thiệt hại thiệt hại
Pháp luật hiện hành quy định khi một cán bộ, công chức gây thiệt hại trong quá trình thực hiện công vụ thì trách nhiệm bồi thường thuộc về cơ quan, tổ chức quản lý công chức đó. Quy định này dẫn đến hệ quả là: (1) không tạo thuận lợi cho người bị thiệt hại thực hiện quyền yêu cầu bồi thường của mình do có sự đùn đẩy trách nhiệm giải quyết bồi thường giữa các cơ quan có trách nhiệm liên đới trong việc gây ra thiệt hại vì trong nhiều trường hợp việc gây ra thiệt hại có thể do lỗi của các cán bộ, công chức của nhiều cơ quan khác nhau và khó xác định ranh giới trách nhiệm; (2) thiếu khách quan trong giải quyết bồi thường vì nhiều trường hợp thủ trưởng cơ quan, đơn vị thực hiện bồi thường lại chính là người đã gây ra thiệt hại.