Tại điều 124, 125 Luật Đất đai năm 2003 đã qui định trình tự, thủ tục chuyển mục đích sử dụng đất. Đây là lần đầu tiên pháp luật đất đai cô đọng trình tự, thủ tục các giao dịch và quyết định hành chính nói chung và trình tự, thủ tục chuyển mục đích sử dụng đất nói riêng. Theo điều 36 thì chuyển mục đích sử dụng đất có hai trường hợp phải xin phép và không phải xin phép của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền. Đối với trường hợp chuyển mục đích sử dụng đất không phải xin phép thì chỉ cần đăng kí chuyển mục đích sử dụng đất. Còn trường hợp chuyển mục đích sử dụng đất phải xin phép cơ quan Nhà nước có thẩm quyền thì phải nộp hồ sơ, nếu hợp lệ thì được giải quyết trong hai mươi lăm ngày làm việc.
Về việc nộp hồ sơ đăng kí chuyển mục đích sử dụng đất đối với trường hợp không phải xin phép:
Người có nhu cầu chuyển mục đích sử dụng đất nộp tờ khai đăng kí chuyển mục đích sử dụng đất và giấy chứng nhận quyền sử dụng đất tại văn phòng quyền sử dụng đất; trường hợp hộ gia đình, cá nhân tại nông thôn thì nộp tại UBND xã nơi có đất để chuyển cho văn phòng đăng kí quyền sử dụng đất.
Trong thời hạn không quá bảy ngày làm việc, kể từ ngày nhận được các giấy tờ theo qui định tại khoản 1 - điều 124, văn phòng đăng kí quyền sử dụng đất có trách nhiệm thẩm tra tờ khai đăng kí, chuyển giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đến cơ quan quản lí đất đai thuộc UBND cấp có thẩm quyền cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất để chỉnh lí và chuyển giấy chứng nhận quyền sử
dụng đất đã chỉnh lí đến nơi đã nhận hồ sơ để trả lại người đăng kí chuyển mục đích sử dụng đất.
Đối với chuyển mục đích sử dụng đất phải xin phép thì việc nộp hồ sơ được qui định như sau:
Tổ chức, người Việt Nam định cư ở nước ngoài, tổ chức, cá nhân nước ngoài xin chuyển mục đích sử dụng đất nộp hồ sơ tại cơ quan quản lí đất đai của tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương nơi có đất. Hộ gia đình, cá nhân xin chuyển mục đích sử dụng đất nộp hồ sơ tại cơ quan quản lí đất đai huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh nơi có đất.
Hồ sơ xin chuyển mục đích sử dụng đất gồm đơn xin chuyển mục đích sử dụng đất, giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, dự án đầu tư của tổ chức theo qui định của pháp luật về đầu tư.
Trong thời hạn không quá hai mươi ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, cơ quan tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm thực hiện các thủ tục hành chính cho phép chuyển mục đích sử dụng đất; xác định mức thu tiền sử dụng đất đối với trường hợp phải nộp tiền sử dụng đất, thông báo cho người được chuyển mục đích sử dụng đất thực hiện nghĩa vụ tài chính theo qui định của pháp luật ; trường hợp không đủ điều kiện thì trả lại hồ sơ và thông báo lí do cho người chuyển mục đích sử dụng đất biết.
Trong thời hạn không quá năm ngày làm việc, kể từ ngày người được phép chuyển mục đích sử dụng đất thực hiện xong nghĩa vụ tài chính theo qui định của pháp luật, cơ quan tiếp nhận hồ sơ trao giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đã chỉnh lí cho người được phép chuyển mục đích sử dụng đất.