hình sự chưa phù hợp với thực tiễn nên còn nhiều vướng mắc trong quá trình áp dụng, cụ thể là:
+ Quy định của BLTTHS năm 2003 về TTRG còn chung chung, chưa rõ ràng, có chỗ còn bất hợp lý. Tuy vậy, cho đến nay, sau gần bảy năm thực hiện vẫn chưa có bất cứ một văn bản chính thức nào hướng dẫn cụ thể về vấn đề áp dụng TTRG, gây ra nhiều khó khăn vướng mắc đối với các cơ quan tiến hành tố tụng và người tiến hành tố tụng.
+ Quy định về việc quyết định áp dụng TTRG đối với các vụ án có đủ điều kiện còn mang tính tuỳ nghi, chưa mang tính bắt buộc. Do vậy, có tâm lý áp dụng cũng được mà không áp dụng cũng được.
+ Điều kiện áp dụng TTRG quá hẹp nên nhiều vụ án xảy ra trên thực tế có thể áp dụng TTRG để giải quyết nhưng luật không cho phép nên vẫn phải giải quyết theo thủ tục chung.
+ Thời hạn tố tụng rút ngắn rất nhiều so với thủ tục thông thường nhưng thủ tục tố tụng lại giản lược không đáng kể, đặc biệt là trong giai đoạn điều tra.
+ Các thủ tục về điều tra, truy tố, xét xử được giản lược quá ít, nhất là trong giai đoạn điều tra, chưa có văn bản nào hướng dẫn cụ thể về những hoạt động điều tra nào có thể giản lược trong khi thời gian điều tra theo TTRG lại rút ngắn rất nhiều so với thủ tục thông thường.
+ Nhiều vấn đề trong TTRG còn bị “bỏ ngỏ”, gây khó khăn, lúng túng trong việc áp dụng như: thời hạn ra quyết định áp dụng TTRG; căn cứ giải quyết khiếu nại quyết định áp dụng TTRG, cách thức giải quyết khiếu nại, hậu quả của việc giải quyết khiếu nại; thời hạn ra quyết định truy tố; thời hạn giao quyết định truy tố, quyết định đưa vụ án ra xét xử…