Phương án sắp xếp DNNN mới tập trung thu gọn đầu mối theo hướng mỗi Bộ, mỗi điạ phương, mỗi tổng cơng ty cĩ một đề án sắp xếp riêng, chưa kết hợp
sắp xếp được theo ngành và lãnh thổ nên cịn tình trạng chồng chéo về ngành nghề kinh doanh, cơ quan quản lí trên cùng một địa bàn. Nhiều DNNN, theo quyết định số 58/TTg, thuộc diện cổ phần hĩa hoặc đa dạng hĩa nhưng vẫn đưa vào danh mục Nhà nước giữ 100% vốn. Cụ thể: Qua rà sốt cĩ 968/1391 doanh nghiệp được xác định Nhà nước nắm giữ 100% vốn theo đề án được duyệt (chiếm 70% số doanh nghiệp) khơng đủ điều kiện quy định tại Quyết định 58/TTg. Cịn duy trì một số Tổng cơng ty hoạt động trong những ngành, lĩnh vực khơng cần tổ chức Tổng cơng ty Nhà nước, hoạt động của một số Tổng cơng ty cịn mờ nhạt, quy mơ vốn thấp (sau sắp xếp cịn 24 Tổng cơng ty cĩ quy mơ vốn dưới 100 tỷ- khơng đúng tiêu chí quy định tại Quyết định 58/TTg), mức thu nộp ngân sách thấp, trình độ cơng nghệ chưa cao.
Tuy chúng ta đã cổ phần hĩa trên 1000 doanh nghiệp nhưng mức vốn chỉ bằng 3% tổng số vốn của Nhà nước tại doanh nghiệp. Nếu hồn thành 104 đề án đã được phê duyệt (2053 doanh nghiệp) thì mới chuyển đổi được tối đa 21% tổng số vốn Nhà nước cĩ trong doanh nghiệp (41 000 tỷ/189 000 tỷ). Các DNNN cổ phần hĩa hầu hết cĩ quy mơ nhỏ (chiếm 84% tổng số doanh nghiệp cổ phần hĩa); số doanh nghiệp thuộc diện Nhà nước nắm tối thiểu 51% cổ phần phát hành lần đầu cịn nhiều (chiếm 46,6% tổng số doanh nghiệp cổ phần hĩa, trong đĩ kể cả các doanh nghiệp cĩ quy mơ nhỏ), chủ yếu bán phần vốn hiện cĩ, chưa mở rộng huy động thêm vốn nên số lượng cổ phần bán ra bên ngồi cịn thấp (bình quân chỉ cĩ 10% vốn điều lệ) nên hạn chế khả năng tham gia gĩp vốn của các nhà đầu tư tiềm năng, cĩ trình độ quản lý, đồng thời khơng tạo thêm nguồn hàng mới cung cấp cho thị trường chứng khốn để thúc đẩy phát triển thị trường vốn tại Việt Nam.
Cĩ một số DNNN khơng đủ điều kiện tồn tại (nợ và tài sản tồn đọng nhiều, thua lỗ mất hết vốn Nhà nước) nhưng vẫn chưa được đưa vào diện thực hiện cổ phần hĩa, dẫn tới thời gian cổ phần hĩa bị kéo dài do phải xử lý những tồn tại về tài chính, thậm chí cĩ trường hợp chưa xử lý đã khơng cịn vốn để cổ phần hĩa. Tổng số vốn Nhà nước tại doanh nghiệp khoảng trên 189 000 tỷ thì tổng số nợ phải trả đã trên 300 000 tỷ. Một số doanh nghiệp quản lý yếu kém, kinh doanh thua lỗ được sáp nhập vào doanh nghiệp đang kinh doanh cĩ hiệu quả đã làm cho doanh nghiệp nhận sáp nhập hoạt động kém hiệu quả, gặp khĩ khăn trong việc phát triển, đặc biệt cĩ doanh nghiệp bị suy yếu và gặp nhiều khĩ khăn.
Việc giao, bán doanh nghiệp cho tập thể người lao động trong thời gian qua đã tránh được tình trạng giải thể, phá sản doanh nghiệp và duy trì việc làm cho người lao động. Nhưng qua hoạt động của của các doanh nghiệp loại này cho thấy chưa cĩ sự đổi mới phương thức quản lý, khả năng đầu tư đổi mới cơng nghệ và mở rộng thị trường hạn chế, hiệu quả sản xuất kinh doanh thấp, tình trạng lao động xin nghỉ nhiều. Các doanh nghiệp sau khi áp dụng hình thức khốn, cho thuê cho thấy phương thức quản lý, bộ máy quản lý của các doanh nghiệp vẫn tồn tại như cũ, vẫn là DNNN, do đĩ cần phải tiếp tục sắp xếp sau thời hạn khốn, thuê.
Nội dung, phạm vi quản lý vốn Nhà nước tại các doanh nghiệp cịn nhiều bất cập. Vai trị đại diện chủ sở hữu vốn của Nhà nước trong doanh nghiệp chưa rõ, nhất là quyền hạn, trách nhiệm của các Bộ, ngành, địa phương trong việc thực hiện quyền và trách nhiệm chủ sở hữu vốn. Vốn Nhà nước bị quản lý phân tán, manh mún, thiếu sự quản lý thống nhất dẫn đến hiệu quả sử dụng vốn Nhà
nước kém, vốn và tài sản Nhà nước bị mất dần do bị loại trừ khi xử lý lỗ, cơng nợ, lãi vay…
Các cơ quan quản lý Nhà nước cịn can thiệp hành chính sâu vào hoạt động của DNNN, chi phối cả mơ hình, vấn đề sắp xếp, đổi mới và xử lý tài chính đối với doanh nghiệp; chưa cĩ hệ thống chỉ tiêu giám sát và kiểm sốt để ngăn chặn các rủi ro tiếp tục phát sinh, khơng ngăn ngừa được tiêu cực mà cịn gây khĩ khăn cho doanh nghiệp thơng qua hệ thống thanh tra, kiểm tra, kiểm tốn.