Theo qui định 135/QĐ HĐQQT NHCT VN ngày 31/12/1998 về qui chế tổ chức và hoạt động của Sở giao dịch I Ngân hàng Công thơng Việt Nam từ ngày 1/1/1999 cơ cấu tổ chức nh sau Lãnh đạo điều hành của Sở giao dịch I gồm: 1 giám đốc và 2 phó giám đốc
Có 9 phòng ban,và có sự qui định quản lý theo chức năng của các phòng ban Gồm: ⇒Phòng điện toán ⇒Phòng kiểm soát ⇒Phòng kinh doanh ⇒Phòng ngân quỹ ⇒Phòng cân đối tổng hợp
⇒Phòng kinh doanh đối ngoại
⇒Phòng tổ chức cán bộ và tiền lơng
⇒Phòng kiểm tra kiểm toán
Ngày 20/10/2003,Chủ tịch hội đồng quản trị NHCT VN đã ban hành quyết định số 153/QĐ-HĐQT-NHCT1 về mô hình tổ chức mới của Sở giao dịch I theo dự án hiện đại hoá của WB. Trong đó,thay đổi về mô hình tổ chức và chức năng của các phòng ban để phù hợp với chơng trình hiện đại hoá hệ thống ngân hàng.Trong đó chức năng nhiệm vụ của phòng,ban triển khai hiện đại hoá tại Sở giao dịch I Ngân hàng Công th- ơng Việt Nam là phòng kế toán giao dịch. Ngời điều hành cao nhất ở Sở giao dịch I là giám đốc là ngời phụ trách bao quát tất cả các hoạt động của Sở giao dịch I và có 4 phó giám đốc là ngời quản lý theo các mảng của Sở giao dịch I và theo sự phân công của giám đốc,và có sự quản lý thống nhất với nhau theo qui định. Các phòng ban cũng đợc thay đổi để phù hợp với chơng trình hiện đại hoá,khác với trớc đây,số lợng phòng tăng lên là 11 phòng và chức năng,nhiệm vụ của các phòng cũng khác. Gồm các phòng sau:
⇒Phòng tổ chức hành chính
⇒Phòng kế toán giao dịch
⇒Phòng thông tin điện toán
⇒Phòng khách hàng số 1 ( doanh nghiệp lớn )
⇒Phòng tài trợ thơng mại
⇒Phòng khách hàng cá nhân
⇒Phòng khách hàng số 2 (doanh nghiệp vừa và nhỏ )
⇒Phòng kế toán tài chính 27
⇒Phòng tổng hợp tiếp thị
⇒Phòng tiền tệ kho quỹ
⇒Phòng kiểm tra nội bộ