Công tác sử dụng nguồn vốn ODA chưa được coi trọng đúng mức và chưa phát huy được vai trò định hướng đối với các Nhà tài trợ và các cơ quan của Thành phố.
Bên cạnh đó, công tác điều hành không nhất quán, chưa xuyên suốt quá trình, giai đoạn phát triển mà thường bị ngắt quãng, điều này đã dẫn đến sự phá vỡ quy hoạch chung của Thành phố, làm cho các chương trình lớn trở thành manh mún nhỏ và lẻ không phát huy tác dụng như mục tiêu bàn đầu đã đặt ra. Cụ thể:
- Công tác đền bù giải tỏa chậm: (1) Đối với dân cư: công tác thương thảo đơn giá kéo dài, vướng mắc các hồ sơ pháp lý phức tạp, các khu bố trí tái định cư chưa phù hợp với người có nhu cầu, có nhiều thủ tục vướng mắc liên quan đến xây dựng cơ bản; (2) Đối với các tổ chức, đơn vị, cơ quan: công tác
chuẩn bị dự án di dời chậm và (3) Đối với di dời hạ tầng: chậm do quy mô lớn và phức tạp;
- Công tác chuẩn bị dự án còn yếu, các kế hoạch chi tiết để thực hiện dự án được lập theo đánh giá là yếu, không đầy đủ làm cho khả năng phối hợp giữa các ngành không tốt, tính ổn định các mục tiêu đã đặt ra chưa cao, công tác quy hoạch định hướng cho từng ngành chưa đồng bộ;
- Chưa có sự phân định rõ ràng về trách nhiệm giữa các Sở chuyên môn và bộ phận chỉ đạo của UBND Thành phố về lĩnh vực tổ chức, quản lý theo dõi hình thành các dự án ODA.
Chưa quan tâm đúng mức đến việc chuyển giao công nghệ, kiến thức, kỹ năng, kinh nghiệm trong sử dụng nguồn vốn ODA.