Bên cạnh những cơ hội đạt được trong Hiệp định Nông nghiệp AoA, các nước đang phát triển đang phải đối mặt với những thách thức rất lớn trong lĩnh vực này. Trên thực tế, AoA có lợi nhiều hơn cho các cường quốc kinh tế, nhất là Mỹ và EU. Có nhiều nước đang phát triển đã cảm thấy rằng họ bị buộc phải ký
vào Hiệp định này. Vấn đề cạnh tranh thị trường tiêu thụ cộng với việc phải trợ cấp cho nông dân quá cao đã khiến cho Mỹ và EU thống nhất một ý tưởng chung là cùng nỗ lực đưa vấn đề nông nghiệp vào đàm phán tại Uruguay nhằm củng cố thế cạnh tranh độc quyền và mỗi bên tìm kiếm lợi thế của mình trong đó. (Vào cuối những năm 80, EU phải chi gần 80% ngân sách cho việc trợ cấp các chương trình nông nghiệp, còn Mỹ thì bắt tay vào một chương trình tổng thế rất tốn kém để dành lại thị trường từ tay EU, như thị trường bột mì tại Tây Phi):
Thứ nhất, về quá trình thực hiện các cam kết trong Hiệp định nông nghiệp: Do chính phủ các nước đang phát triển phải tiến hành chương trình cắt giảm thuế quan, dần xoá bỏ hạn ngạch và hàng rào phi thuế quan khác, ngành nông nghiệp sẽ không được bảo hộ nhiều như trước. Khó khăn sẽ đến với các nhà sản xuất các mặt hàng chưa có lợi thế cạnh tranh vốn vẫn được nhà nước bảo hộ, đặc biệt đối với những người nông dân sản xuất những mặt hàng mà các nước đang phát triển xuất khẩu nhiều nhất như: gạo, cà phê, hạt điều, cọ dừa...vì thời gian và điều kiện chưa đủ để họ hiện đại hóa nền nông nghiệp. Thời gian cho quá trình cắt giảm các chính sách là 10 năm, so với các nước phát triển là 6 năm, tuy vậy ,đối với các nước đang phát triển thời gian đó là quá ngắn so với quảng đường họ phải đi, vẫn chưa đủ cho nền nông nghiệp các nước này thích ứng được với quá trình chuyển đổi. Những ngành sản xuất nông sản chắc chắn gặp phải những khó khăn rất lớn, thậm chí có nhiều doanh nghiệp chuyên sản xuất kinh doanh các nông sản này cũng có thể bị phá sản, nhiều vùng nông thôn đang nghèo đói sẽ trở nên đói nghèo hơn, nếu những ngành đó không có sự chuẩn bị điều kiện thích ứng và thích ứng nhanh,không có kế hoạch điều chỉnh cơ cấu sản xuất và đầu tư thích hợp, xác định rõ mức độ cạnh tranh với nông sản nhập khẩu và cấu trúc thị trường trong từng thời kỳ.
Tự do hoá thương mại hàng nông sản, có nghĩa là nền nông nghiệp các nước đang phát triển phải đối mặt với tình trạng hàng nhập khẩu tràn lan trên thị trường nội địa với chất lượng cao và giá thấp, điều này sẽ khiến cho các nhà sản xuất trong nước mất đi thị phần, ngay cả đối với những nông sản truyền thống.
Một ví dụ về tình trạng nhập khẩu ngô tại Mêhicô. Ngô là một trong những lương thực chủ yếu của Mêhicô. Việc đột nhiên mở cửa thị trường cho nhập khẩu mặt hàng nông nghiệp vào, đã gây ra một cú sốc lớn cho các nhà sản xuất nông nghiệp Mêhicô đặc biệt là ngô. Mỹ là nước xuất khẩu ngô nhiều nhất vào Mêhicô. Sau khi mở cửa, Mỹ xuất khẩu ngô ồ ạt vào Mêhicô, năm 1996 Mêhicô phải chi ra 1,1 tỷ USD cho việc nhập khẩu mặt hàng này, hậu quả là ngô thừa mứa trên thị trường, đẩy giá nội địa tụt xuống 18-23% so với năm 1995. Như vậy, nhập khẩu ngô của Mêhicô đã làm giá ngô nội địa giảm kỷ lục, trong khi giá thế giới đang ở mức cao kỷ lục. Nhà nước phải chi một lượng tiền lớn trong khi nhưng người nông dân và các doanh nghiệp sản xuất hàng nông sản bị khốn đốn.
Giá cả các mặt hàng nông sản, đặc biệt là nông sản thô trên thị trường thế giới biến động rất mạnh, người nông dân khó có thể tự bảo vệ mình trước sự biến động của giá cả. Vì vậy, nhiều nông dân rất lo lắng ngay cả khi họ được mùa.
Thứ hai, về mặt trợ cấp. Các nước phát triển trợ cấp cho nông dân của họ như phụ cấp thu nhập trực tiếp cho những người này để bù đắp cho sự bấp bênh của thị trường. Tuy Hiệp định AoA đã có hiệu lực hơn 5 năm, nhưng nó lại chẳng có mấy hiệu lực đối với sự hạn chế bảo hộ và trợ cấp cho nông dân tại các nước phát triển. Việc đặt trợ cấp thu nhập trực tiếp ra ngoài khuôn khổ quy định của GATT là một trong những đòn giáng nặng nề vào các nước đang phát triển, khi họ đang hy vọng Hiệp định Nông nghiệp sẽ được sử dụng như một cơ chế làm cho thương mại quốc tế được thông thoáng hơn. Các phụ cấp trực tiếp đó được chi trả cho nông dân với lý do là “không dính dáng đến sản xuất” và do đó không làm biến dạng thị trường. Mức độ trợ cấp của các nước phát triển rất cao. Các nước OECD, kể từ khi hiệp định AoA có hiệu lực thực hiện trợ cấp trực tiếp cho người nông dân, từ trợ cấp 182 tỷ USD năm 1995 đã lên đến hơn 300 tỷ USD vào năm 1998. Phần lớn số tiền này thuộc về Mỹ và EU, trong khi đó, do các nước đang phát triển không đủ tiền để trợ cấp, nông dân của các nước thành
viên này chỉ nhận được rất ít trợ cấp của chính phủ, nếu có thì cũng chưa đạt đến tỷ lệ phần trăm của giá trị sản xuất mà AoA cho phép và không thể so sánh với những khoản tiền mà người nông dân của nước phát triển được trợ cấp. Thực tế các nước đang phát triển đã bị thua thiệt do các chính sách của AoA đã ảnh hưởng tiêu cực cho nền nông nghiệp của họ. Nông dân các nước này đang phải gánh chịu hậu quả nặng nề của việc phải điều chỉnh cho thích hợp với hệ thống nông nghiệp mới (giảm thuế quan, thay đổi hạn ngạch...), vì với một mức trợ cấp ít ỏi của chính phủ cộng với việc họ phải mở cửa thị trường rộng hơn cho các nước phát triển xuất khẩu hàng hoá dư thừa của họ vào làm căng thêm sợi dây thọng lọng thắt vào cổ chính họ. Việc trợ cấp cho các nhà sản xuất nông sản ở các nước phát triển đã biến tự do hoá toàn cầu thành việc giành giật thị trường của các nước đang phát triển và bóp chết những người nông dân không được trợ cấp ở các nước này.
Thứ ba, mức độ lệ thuộc vào lương thực của các nước đang phát triển có chiều hướng gia tăng. Hiện nay, sản xuất lương thực theo hướng xuất khẩu là sức ép buộc người nông dân làm ăn theo lối tự cung tự cấp lâu nay phải bỏ mảnh đất của mình hoặc chuyển hướng sang sản xuất hàng nông sản để xuất khẩu. Do vậy lương thực cung cấp cho nội địa ngày một ít đi. Chính vì vậy, mặc dù thế giới đã sản xuất được một lượng lương thực dồi dào, nhưng mức độ lệ thuộc lương thực và tình trạng nhập khẩu lương thực tại các nước đang phát triển ngày càng tăng. Một số lượng khá lớn lao động nông nghiệp do năng suất lao động thấp và mức độ cạnh tranh của hàng nhập khẩu rất cao so với hàng nội địa cùng loại đã phải rời bỏ khỏi mảnh đất của mình, hy vọng tìm được việc làm có thu nhập khá hơn, dẫn đến tình trạng thất nghiệp gia tăng.
Thứ tư, trong quá trình phân phối sản phẩm, các nước đang phát triển gặp phải những rào cản lớn mà họ không thể vượt qua được khi muốn xâm nhập thị trường của các nước phát triển.
Phân phối phụ thuộc rất nhiều với yếu tố thị trường và cơ sở hạ tầng giao thông vận tải. Tại các nước đang phát triển hầu như đều tồn tại tình trạng cơ sở
hạ tầng vật chất yếu kém, cũ kĩ, thiếu sự tân trang bảo dưỡng. Do vậy vấn đề vận chuyển bị ảnh hưởng rất nhiều, thời gian vận chuyển dài, chi phí vận chuyển khá cao, điều này khiến cho việc nhập khẩu lương thực từ nước ngoài vào có khi còn rẻ hơn việc vận chuyển và mua bán giữa các vùng trong nước.
Thứ năm, các nước phát triển đặc biệt là Mỹ luôn kêu gọi các nước đang phát triển mở cửa tự do hàng nông sản, nhưng lại bảo hộ thị trường của mình gây nên sự bất bình đẳng và ảnh hưởng tiêu cực đến khu vực nông nghiệp của các nước đang phát triển.
Thứ sáu, vấn đề vệ sinh an toàn thực phẩm cũng là một thách thức không nhỏ đối với các nước đang phát triển. Các nước đang phát triển gặp khó khăn lớn trong việc thực hiện các tiêu chuẩn về vệ sinh và kiểm dịch động thực vật do thiếu cơ sở kĩ thuật và chuyên môn pháp lý,không đủ khả năng đầu tư trong một thời gian quá ngắn. Nhiều nước phát triển đã dựa vào điểm yếu của các nước đang phát triển là hàng nông sản của họ không đủ điều kiện về an toàn lương thực để hạn chế nhập hàng nông sản từ các nước này.
Thách thức cuối cùng của hiệp định AoA đối với các nước đang phát triển là: theo cam kết của AoA, các nước đang phát triển không được chi để hỗ trợ các nhà sản xuất trong nước quá 10% tổng giá trị của ngành nông nghiệp, còn các nước phát triển là 5%. Tuy nhiên, trên thực tế nhiều nước phát triển đã chi quá 50% để hỗ trợ cho các nhà sản xuất của mình, các khoản chi này lại được coi là hợp pháp theo cam kết của họ trong AoA. Còn các nước đang phát triển lại không đủ khả năng tài trợ ngay chỉ mức cho phép của AoA.
Hiệp định Nông nghiệp đã mang lại cho các nước đang phát triển những cơ hội rất rõ rệt, nhưng các thách thức đặt ra với các nước này cũng rất lớn. Chính vì vậy, chính phủ các nước đang phát triển cần phải có những chính sách thích ứng nhằm phát triển, củng cố và hiện đại hóa nền nông nghiệp nội địa, nâng cao khả năng cạnh tranh trên thị trường quốc tế.