Cỏc tài liệu thu thập từ cuộc kiểm toỏn đều được cụng ty lưu trữ vào hồ sơ kiểm toỏn làm tài liệu chứng minh cuộc kiểm toỏn đó được thực hiện, làm cơ sở hỡnh thành ý kiến kiểm toỏn, giỳp ban giỏm đốc cú căn cứ soỏt xột
kiểm tra và làm tài liệu cho cuộc kiểm toỏn tiếp theo. Hồ sơ kiểm toỏn được thiết kế rất rừ ràng, cụ thể, phõn thành cỏc chỉ mục cụ thể tương ứng với phần cụng việc kiểm toỏn được thực hiện theo một trật tự dễ quản lý, tỡm kiếm. Trong hồ sơ kiểm toỏn trang đầu tiờn là tờ tổng hợp, sau đú là trang kết luận, chương trỡnh kiểm toỏn, cỏc giấy tờ làm việc mụ tả quỏ trỡnh kiểm toỏn, cỏc tài liệu thu được từ phớa khỏch hàng. Hồ sơ kiểm toỏn của cụng ty được chia thành 2 loại là hồ sơ kiểm toỏn chung và hồ sơ kiểm toỏn năm.
Hồ sơ kiểm toỏn chung cụng ty để lưu trữ cỏc giấy tờ chung về cụng ty khỏch hàng: quyết định thành lập cụng ty, điều lệ cụng ty, quy chế tài chớnh, quy chế tiền lương, quy chế nội bộ khỏc, quyết định bổ nhiệm giỏm đốc, KT trưởng, kế hoạch sản xuất của cụng ty, biờn bản kiểm tra của cỏc cơ quan thanh tra…
Hồ sơ kiểm toỏn năm dựng để lưu trữ những thụng tin của khỏch hàng liờn quan đến năm kiểm toỏn.
Trong hồ sơ kiểm toỏn được chia thành cỏc chỉ mục cụ thể, tạo điều kiện lưu trữ giấy tờ một cỏch khoa học:
1000 : lập kế hoạch kiểm toỏn 5000 : Kiểm tra chi tiết tài sản. 6000 : Kiểm tra chi tiết cụng nợ
6100 : Phải trả nhà cung cấp 7000 : Kiểm tra chi tiết nguồn vốn 8000 : Kiểm tra chi tiết – bỏo cỏo lói lỗ
Trong phần hồ sơ kiểm toỏn của khoản mục nợ PTNCC lưu trữ cỏc tài liệu: chương trỡnh kiểm toỏn khoản mục nợ PTNCC, bảng tổng hợp cỏc đối chiếu cụng nợ, biờn bản đối chiếu cụng nợ của khỏch hàng, thư xỏc nhận khoản nợ phải trả, giấy tờ làm việc của KTV, photo cỏc giấy tờ liờn quan đến cỏc khoản sai phạm liờn quan đến khoản mục nợ PTNCC.
Cỏc giấy tờ được cụng ty chuẩn bị sẵn cho cỏc cuộc kiểm toỏn trờn đú đều ghi đầy đủ thụng tin về cụng ty, ngày thực hiện, KTV thực hiện, giỏm sỏt. Mỗi KTV khi thực hiện đều phải ghi rừ cụng việc thực hiện, mục tiờu cần kiểm tra và kết quả của việc kiểm tra đú. Cỏc giỏy tờ làm việc đều được đỏnh số, được đỏnh tham chiếu, từ đú cú mối liờn hệ giữa cỏc giỏy tờ thuận lợi trong việc kiểm tra đối chiếu.