Bên cạnh những thuận lợi nói trên trong quá trình hoạt động công ty còn gặp phải những khó khăn nhất định sau:
-Vốn cho hoạt động sản xuất kinh doanh là một vấn đề cấp thiết đối với công ty hiện nay. Chuyển từ cơ chế bao cấp sang nền kinh tế thị trờng cũng nh hầu hết các doanh nghiệp Nhà nớc khác, công ty không còn đợc bao cấp về vốn nữa mà phải tự chủ trong sản xuất kinh doanh và phải đảm bảo có lãi. Là một doanh nghiệp hoạt động trong ngành xây dựng nên nhu cầu về vốn là vô cùng cấp thiết trong đó vốn lu động là nguồn vốn đóng vai trò quan trọng trong hoạt động sản xuất kinh doanh. Trong năm 2006 tổng vốn lu động của công ty là 7.545.933.190 đ, không đủ để đáp ứng cho nhu cầu của công ty. Trong nguồn vốn này chủ yếu là nguồn vốn đi vay và chiếm dụng, còn vốn chủ sở hữu trong nguồn này chiếm tỷ lệ rất nhỏ. Điều này đã làm cho chi phí sử dụng của công ty tăng lên và có nguy cơ mất khả năng thanh toán gây ảnh hởng xấu đến hiệu quả sử dụng vốn lu động.
-Cơ chế quản lý của Nhà nớc hiện nay đang mở rộng cửa cho tất cả các doanh nghiệp thuộc mọi thành phần kinh tế nên sự cạnh tranh diễn ra gay gắt và quyết liệt hơn bao giờ hết. Không chỉ cạnh tranh với các công ty xây dựng lớn, công ty còn phải cạnh tranh với các doanh nghiệp t nhân nhỏ lẻ khác xuất hiện ngày càng nhiều trên thị trờng. Điều này đã gây nhiều khó khăn cho công ty, nhất
là khả năng thu lợi nhuận, khi thị phần bị chia sẻ thì cơ hội tìm kiếm lợi nhuận cũng bị suy giảm.
-Các chính sách đền bù và giải tỏa hiện nay còn nhiều thủ tục rờm rà và bất cập nên tiến độ triển khai thi công các công trình bị chậm lại gây ảnh hởng lớn đến thời gian thu hồi vốn và họat động kinh doanh của doanh nghiệp.
-Giá các loại nguyên, nhiên vật liệu luôn biến động làm cho quá trình dự toán các hạng mục công trình không chính xác gây ảnh hởng tới việc lập kế hoạch phát triển và dự toán mức tăng trởng của công ty trong những năm tới. Đồng thời cũng gây khó khăn cho việc dự đoán nhu cầu vốn lu động.
-Với những thuận lợi và khó khăn trên, đòi hỏi công ty phải có những giải pháp kịp thời khắc phục khó khăn để thúc đẩy hoạt động sản xuất kinh doanh của công ty tiếp tục phát triển mạnh mẽ trong những năm tiếp theo.