Việc quy hoạch phát triển các KCN chưa thực sự hợp lý, chưa tính tới khả năng thu hút đầu tư và dự báo xu hướng đầu tư trên các địa bàn thuộc tỉnh. Các KCN tập trung quá đông tại một số địa bàn như thành phố Biên Hoà, huyện Long Thành và Nhơn Trạch dẫn tới tình trạng quá tải nhu cầu về lao động, nhà ở và dịch vụ cho người lao động. Trong khi một số huyện có điều kiện kinh tế-xã hội khó khăn cần được chuyển dịch cơ cấu kinh tế theo hướng công nghiệp như huyện Tân Phú, Định Quán, Vĩnh Cửu nhưng chưa thực sự được chú trọng phát triển các KCN. Tính bình quân đến nay tỷ lệ lấp đầy các KCN trên địa bàn tỉnh đạt khoảng 63%. Nếu so sánh với các địa phương khác thì kết quả đó là khả quan, tuy nhiên các KCN có tỷ lệ lấp đầy đất công nghiệp giữa các KCN là không đồng đều. Một số KCN có tỷ lệ lấp đầy đất công nghiệp tốt như: KCN Biên Hoà I, II (100%), Loteco (100%), Nhơn Trạch III (100%), Tam Phước (100%), Định Quán (100%), Gò Dầu (98,68%), trong khi đó một số KCN có tỷ lệ lấp đầy đất công nghiệp chưa cao như: KCN Nhơn Trạch II - Nhơn Phú, Nhơn Trạch VI, An Phước, Tân Phú hiện chưa có đơn vị thuê; KCN Long Thành (45,15%), Xuân Lộc (46,07%), Thạch Phú (47,59%).
Mặc dù công tác bảo vệ môi trường và xử lý nước thải đã từng bước được chú trọng, việc đôn đốc các công ty phát triển hạ tầng KCN và doanh nghiệp KCN trên địa bàn thực hiện nghiêm túc các quy chuẩn về xử lý chất thải rắn chưa được thực hiện triệt để, chưa có sự phối hợp nhịp nhàng giữa các cơ quan có thẩm quyền trong việc thanh tra, kiểm tra thực hiện các quy định về bảo vệ môi trường, dẫn đến tình trạng nhiều doanh nghiệp KCN vi phạm các quy định về bảo vệ môi trường. Nhiều doanh nghiệp trong KCN chưa tự giác thực hiện các quy định về bảo vệ môi trường, chỉ thực hiện chống chế khi có các cơ quan chuyên ngành thanh tra, kiểm tra. Trong năm 2006, các đoàn thanh tra, kiểm tra môi trường của Bộ tài nguyên và Môi trường và Sở tài nguyên môi trường tỉnh Đồng Nai đã phát hiện 94 doanh nghiệp KCN vi phạm Luật Bảo vệ môi trường ở các mức độ khác nhau. Thực trạng trên dẫn tới hậu quả là khu vực sông Đồng Nai và Thị Vải đã bị ô nhiễm nghiêm trọng bởi chất thải từ các doanh nghiệp, ảnh hưởng tới môi trường xung quanh và nguồn nước sinh hoạt của dân cư khu vực này.
Công tác đền bù giải phóng mặt bằng xây dựng các KCN còn chưa thực hiện tốt, gây ra tình trạng khiếu kiện kéo dài ở một số nơi, ảnh hưởng đến tiến độ xây dựng hạ tầng kỹ thuật các KCN và giao đất cho các doanh nghiệp KCN. Công tác bồi thường, giải toả ở các KCN Sông Mây, Tam Phước, Amata, Hố Nai, Long Thành, Nhơn Trạch-Nhơn Phú và Nhơn Trạch VI được thực hiện chậm, chưa kiên quyết. Việc xây dựng các khu tái định cư tại các KCN Hố Nai, Amata, Sông Mây chậm tiến độ ảnh hưởng đến công tác giao đất cho các nhà đầu tư.
Việc xây dựng các công trình kỹ thuật ngoài hàng rào tại một số KCN vẫn chưa được thực hiện đồng bộ để kết nối với các hạng mục bên trong các KCN.