Quỹ tín dụng Trung ương được thành lập theo Quyết định số 390/QĐ-TTg ngày 27/7/1993 của Thủ tướng Chính phủ về việc “Triển khai đề án thí điểm thành lập Quỹ tín dụng nhân dân”. Đến ngày 9/12/1994, Chính phủ có công văn số 6901/KTTH V/v thành lập Quỹ tín dụng nhân dân Trung ương trong đó ghi rõ “Việc thành lập một tổ chức cổ phần kinh doanh về tiền tệ, thực hiện theo quy định tại Pháp lệnh Ngân hàng, Hợp tác xã tín dụng và Công ty tài chính. Tên gọi của tổ chức này là “Quỹ tín dụng
Trung ương hay Ngân hàng Hợp tác xã…”. Căn cứ vào 2 văn bản trên Thống đốc Ngân
hàng Nhà nước Việt Nam có quyết định số 162/QĐ-NH5 ngày 8/6/1995 về việc cho phép thành lập Quỹ tín dụng nhân dân Trung ương và Quyết định số 200/QĐ-NH5 về
việc cấp giấy phép hoạt động cho Quỹ tín dụng nhân dân Trung ương với số vốn điều lệ ban đầu là 200 tỷ đồng, thời gian hoạt động 99 năm.
Thực hiện chỉ thị số 57/CT-TW của Bộ chính trị và Nghị định số 48/2001/NĐ của Thủ tướng Chính phủ. Ngân hàng Nhà nước đã ban hành Quyết định số 207/QĐ-NHNN về việc phê duyệt đề án mở rộng mạng lưới hoạt động của Quỹ tín dụng nhân dân Trung ương, kết quả đến cuối năm 2001 đã hoàn thành việc sáp nhập 23 Quỹ tín dụng nhân dân khu vực vào Qũy tín dụng nhân dân Trung ương để trở thành chi nhánh ở các tỉnh, thành phố như vậy Hệ thống Qũy tín dụng nhân dân trước đây từ 3 cấp chuyển thành 2 cấp: Quỹ tín dụng nhân dân Trung ương và Qũy tín dụng nhân dân Cơ sở. Tính đến năm 2009, hệ thống Quỹ tín dụng nhân nhân gồm 1 Hội sở chính và 24 chi nhánh, 938 Quỹ tín dụng nhân dân cơ sở hoạt động tại 55/63 tỉnh, thành phố.