II. Từ khi có Luật Khuyến khích đầu tư trong nước đến nay
Theo quy định của Nghị định 07 thì tất cả các dự án, trước khi cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư, Bộ KH & ĐT
trước khi cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư, Bộ KH & ĐT đều lấy ý kiến Bộ tài chính. Tuy việc trả lời của Bộ Tài chính còn kéo dài so với quy định của Luật và Nghị định, song có một sự thống nhất cao giữa 2 Bộ. Trong 119 dự án đã lấy ý kiến, Bộ Tài Chính đồng ý hoàn toàn 118 dự án, chỉ có 1 dự án Bộ Tài chính đề nghị Bộ KH&ĐT cân nhắc thêm một số nội dung ưu đãi.
Việc thực hiện các nội dung ưu đãi không có vướng mắc đáng kể nhất là nội dung giảm thuế doanh thu, miễn giảm thuế lợi tức, nhất là sau khi Bộ Tài chính ban hành thông tư số 43/1998/TT-BTC và thực hiện sự phân cấp thì thủ tục miễn, giảm thuế nhanh chóng hơn. Riêng hỗ trợ về vốn thì một số doanh nghiệp còn phàn nàn về thủ tục về thời gian đáp ứng về vốn còn chậm. Một số công trình triển khai chậm vì thiếu vốn. Tuy thủ tục cho vay ưu đãi còn tiếp tục nghiên cứu, cải tiến nhưng cũng cần khẳng định rằng việc các tổ chức cho vay phải xem xét lại khả năng hoàn vốn của dự án là việc làm cần thiết.
Nếu Thông tư 43 có nhiều tiến bộ thì Thông tư 09/1998/TT-BTM ngày 18/7/1998 của Bộ Thương mại cần phải lưu ý thêm về những lỗi không đáng có. Thông tư này quy định thời hạn áp dụng trái với quy định của Nghị định 07, đã gây ra những trở ngại không nhỏ cho các doanh nghiệp khi làm thủ tục miễn thuế nhập khẩu đối với các dự án đã được Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư.
Ngoài Thông tư Bộ Tài chính số 02 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư, các Bộ sau cũng đã ban hành các văn bản hướng dẫn: Bộ Tài chính có Thông tư số 43/1998/TT-BTC hướng dẫn việc thực hiện miễn giảm thuế; Ngân hàng Nhà nước có Thông tư số 04/1998/TT-NHNN ngày 2/5/1998 hướng dẫn thực hiện hỗ trợ tín dụng; Bộ Lao động thương binh và xã hội có Thông tư số 08/1998/TT-BLĐTBXH ngày 7/5/1998 hướng dẫn cách tính số lao động bình quân năm; Bộ Thương mại có Thông tư số 09/1998/TT-BTM hướng dẫn việc thực hiện nhập khẩu miễn thuế. Ngoài ra Thủ tướng Chính phủ có Quyết định số 82/1998/QĐ-TTg ngày 15/4/1998 về việc sửa đổi bổ sung Điều 10 và điều 11, Điều lệ Quỹ hỗ trợ đầu tư quốc gia (ban hành kèm theo Quyết định số 462/TTg ngày 9/7/1996 của Thủ tướng Chính phủ). Các văn bản hướng dẫn trên có ba ưu điểm nổi bật sau:
Một: Lĩnh vực cần hướng dẫn đã được hướng dẫn nhiều hơn so với thời kỳ thi hành Nghị định số 29/CP (thời kỳ này có 5 Thông tư được ban hành, thời kỳ Nghị định số 29/CP có Thông tư được ban hành).
Hai: Thời hạn ban hành Thông tư tiến bộ hơn so với thời kỳ Nghị định số 29/CP. Sau khi Nghị định có hiệu lực, cơ quan ban hành Thông tư sớm nhất là Bộ KH&ĐT, cơ quan ban hành muộn nhất là Bộ Thương Mại.
Ba: Thủ tục hành chính quy định trong Thông tư đã được quy định đơn giản hơn so với trước, loại bỏ được một số giấy tờ không cần thiết tập trung ở Bộ về cho các địa phương, nhất là Thông tư hướng dẫn của Bộ Tài chính.
Tuy vậy vẫn còn nổi bật lên một số thiếu sót.
Thứ nhất: Bộ Khoa học Công nghệ và Môi trường vẫn