Cơ cấu huy động vốn còn phụ thuộc vào phần nhiều huy động của các tổ chức kinh tế:
Do đặc thù địa bàn là huyện Gia Lâm trước đây mới được nâng cấp thành Quận Long Biên, đồng thời do cơ cấu dân cư chủ yếu mới thoát ra từ ngành nông nghiệp, nên việc huy động vốn dân cư rất hạn chế. Đa số trong tỷ trọng huy động, Chi nhánh vẫn phải huy động tỷ trọng lớn từ các tổ chức kinh tế.
Cơ cấu nguồn vốn huy động thường ít, không đủ đáp ứng nhu cầu tín dụng của Chi nhánh, do vậy Chi nhánh thường phải điều chuyển nguồn vốn vay từ Ngân hàng Đầu tư và Phát triển Việt nam nên lãi suất đầu vào thường cao, khiến cho hiệu quả kinh doanh giảm tương đối so với quy mô dư nợ của Chi nhánh.
Việc thực hiện chính sách tín dụng chỉ là bước đầu,chưa đa dạng hoá hình thức tín dụng ở mọi lĩnh vực, rủi ro tín dụng còn lớn.
Mặc dù đã thay đổi chính sách tín dụng, phân loại cơ cấu khách hàng, song việc áp dụng triệt để trong thực tế rất khó khăn do đặc thù Chi nhánh.Trong tình hình hiện nay hiệu quả sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp còn khó khăn, tính khả thi của các dự án thấp, cơ chế xét duyệt dự án
của các ngành và địa phương, của ngân hàng chưa chặt chẽ, khâu thẩm định vẫn chưa sát với thực tế doanh nghiệp. Dẫn đến sau khi vay vốn, đến thời gian trả nợ ngân hàng, doanh nghiệp không có khả năng trả nợ, buộc ngân hàng phải dùng những biện pháp giãn nợ, gia hạn nợ mà cuối cùng là có xu hướng phát mại tài sản thế chấp. Những hiện tượng này làm giảm chất lượng tín dụng của ngân hàng.
Kết quả thực thi chính sách tín dụng, chính sách khách hàng mới chỉ là bước đầu. Công tác tiếp thị tìm kiếm khách hàng tốt, tìm kiếm dự án hiệu quả, khai thác thị trường ở trong nước còn nhiều khó khăn, nhất là đòi hỏi của hoạt động ngân hàng trong cơ chế thị trường. Những định hướng chính sách đề ra chưa triển khai được còn nhiều bất cập, các hình thức tín dụng còn nghèo nàn, khu vực kinh tế ngoài quốc doanh một số chi nhánh còn bỏ ngỏ, chưa được ngân hàng khai thác đầu tư, chưa kết hợp chặt chẽ giữa tín dụng với các dịch vụ ngân hàng.
Trong điều kiện tiềm ẩn rủi ro tín dụng vẫn còn lớn, đặc biệt trong tín dụng đầu tư phát triển, chất lượng công tác thẩm định dự án, phân tích tài chính doanh nghiệp còn hạn chế so với yêu so với yêu cầu nhằm khi cho vay giảm được rủi ro ở mức thấp nhất đảm bảo an toàn tín dụng.
Ngân hàng cho vay theo kế hoạch Nhà nước hàng năm theo chỉ định của Chính phủ, nên tính chủ động của Ngân hàng trong việc quyết định cho vay còn phụ thuộc, nhiều khoản vay có hiệu quả kinh tế chưa cao, doanh nghiệp sản suất kinh doanh còn thua lỗ, Ngân hàng không thu được nợ làm tăng nợ quá hạn đối với NH. Gần đây Chính phủ mới cho phép những trường hợp như vậy NH được báo cáo lên CP để xử lí riêng.