b) Trường hợp 2: Số thuế được hoàn lớn hơn số thuế đã hoàn thì Cục trưởng Cục thuế ra quyết định hoàn ngay số còn thiếu cho ĐTNT.
2.2.2.Sự cần thiết phải hoàn thiện công tác hoàn thuế GTGT ở nước ta hiện nay:
Từ tác dụng của công tác hoàn thuế GTGT ta thấy rằng việc hoàn thuế khi thực hiện đúng sẽ phát huy tính tích cực của Luật thuế, tạo nguồn thu lớn cho Ngân sách Nhà nước…Nhưng ngược lại, nếu việc hoàn thuế không thực hiện đúng sẽ gây tổn thất cho Ngân sách Nhà nước, làm cho Nhà nước mất nguồn thu và ý thức tự giác của doanh nghiệp cũng không được nâng cao. Vì vậy, việc hoàn thiện công tác hoàn thuế GTGT ở nước ta hiện nay là hết sức cần thiết.
2.2.2.1. Hoàn thuế kịp thời tạo điều kiện tháo gỡ khó khăn về vốn kinh doanh cho các doanh nghiệp:
Ta biết rằng tiền có giá trị về mặt thời gian, giá trị của một đồng tiền ngày hôm nay sẽ khác so với giá trị của một đồng tiền vào ngày mai. Giá trị này tăng lên hay giảm đi là phụ thuộc vào cách sử dụng của người cầm nó. Trở lại với thuế GTGT,
thuế GTGT được xác định bằng thuế GTGT đầu ra trừ đi thuế GTGT đầu vào. Tuy nhiên do rất nhiều nguyên nhân (như đã trình bày ở trên) mà dẫn đến thuế âm, nghĩa là số thuế mà doanh nghiệp đáng lẽ phải nộp nhỏ hơn số thuế mà doanh nghiệp đã thực nộp (trong kỳ hay tháng đó), như vậy là số thuế âm đó sẽ nằm "chết" trong Kho bạc, trong khi nhu cầu về vốn đối với các doanh nghiệp luôn luôn là vấn đề nóng bỏng. Vì vậy, vấn đề đặt ra ở đây là làm thế nào để giải quyết hoàn thuế "kịp thời" nhằm tăng cường hiệu quả của việc sử dụng vốn. Hiện nay, tốc độ hoàn thuế đã có những bước tiến triển nhanh hơn so với những năm đầu thực hiện nhưng nhìn chung các doanh nghiệp vẫn còn "phàn nàn" về việc kéo dài thời gian hoàn thuế so với quy định. Khách quan mà nói nguyên nhân thuộc về chính các doanh nghiệp cũng nhiều nhưng những nguyên nhân thuộc về cơ quan thuế cũng không ít.
2.2.2.2. Việc tính thuế GTGT theo phương pháp gián tiếp là dựa vào hoá đơn, chứng từ:
Hoá đơn, chứng từ là bằng chứng của một nghiệp vụ kinh doanh và là căn cứ đối với nhiệm vụ tính thuế, nộp thuế và hoàn thuế. Do vậy, việc tính thuế GTGT dựa vào hoá đơn, chứng từ nếu được thực hiện tốt sẽ góp phần thúc đẩy các cơ sở sản xuất kinh doanh thực hiện tốt chế độ hoá đơn, chứng từ khi mua bán hàng hoá và cung ứng dịch vụ thu tiền, tăng cường công tác hạch toán, nâng cao ý thức tự giác trong việc tự kê khai, tự tính thuế,..Hơn nữa, nó cho phép cơ quan thuế cũng như các cơ quan hữu quan thuận lợi trong quá trình theo dõi, kiểm tra, giám sát các hoạt động kinh tế của các doanh nghiệp, từ đó có nhận định đúng về nền kinh tế, kịp thời đưa ra những giải pháp nhằm đẩy nhanh công cuộc CNH-HĐH đất nước.
Tuy nhiên, nếu thực hiện không tốt không những sẽ làm thất thoát tiền của Nhà nước mà còn tạo động cơ cho các doanh nghiệp lập sổ sách kế toán, hoá đơn, chứng từ gian dối, đi lệch hướng với mục đích của hoàn thuế. Hiện nay, việc sử dụng hoá đơn, chứng từ không hợp pháp để kê khai hoàn thuế GTGT là hiện tượng khá phổ biến: Rất nhiều doanh nghiệp lợi dụng chính sách hoàn thuế dùng hoá đơn mua hàng về tẩy xoá ghi giá trị hàng hoá số tiền cao hơn thực tế hàng mua vào, mua hoá đơn trắng về lập hoá đơn mua hàng để được khấu trừ hoàn thuế, lập hoá đơn khống thông
đồng với đơn vị xuất khẩu để kê khai hoàn thuế, đây là loại hoá đơn bất hợp pháp rất khó phát hiện…
2.2.2.3. Xuất phát từ thực trạng lợi dụng quy định hoàn thuế để gian lận chiếm đoạt tiền thuế của Nhà nước của các doanh nghiệp:
Thời hạn giải quyết hoàn thuế đối với đối tượng áp dụng hoàn thuế trước kiểm tra sau tối đa là 15 ngày (03 ngày đối với các dự án sử dụng vốn ODA) kể từ ngày nhận được đầy đủ hồ sơ theo quy định. Với thời gian này thì chỉ đủ để cán bộ thuế thẩm định sơ bộ hồ sơ như: mã số thuế, tên đơn vị, tính toán số học..có chính xác hay không mà thôi, chứ không đảm bảo được tính chính xác về các số liệu do doanh nghiệp tự kê. Để đảm bảo chính xác, các cán bộ thuế phải trực tiếp xuống đơn vị kiểm tra, đối chiếu số liệu thực tế phát sinh, muốn vậy thì cần phải chờ quyết định kiểm tra của lãnh đạo, hơn nữa số lượng doanh nghiệp được hoàn lớn trong khi cán bộ kiểm tra thuế chỉ có hạn, thời gian kiểm tra một hồ sơ đã hoàn thuế cũng không thể làm nhanh được vì nghiệp vụ kinh tế phát sinh không chỉ ở một phạm vi, một địa bàn nhất định mà có thể mở rộng giữa địa phương này với điạ phương khác, giữa quốc gia này với quốc gia khác..với vô vàn các mối quan hệ chằng chịt không kể đến việc các doanh nghiệp cố tình tạo nghiệp vụ kinh tế giả, sử dụng hoá đơn thật nội dung giả,..nhằm bòn rút tiền của Nhà nước.