2. Những giải pháp hoàn thiện:
2.4.2.Tăng cường công tác kiểm tra sau hoàn thuế:
Năm 2006 vừa qua, với sự quyết tâm của các cán bộ thuế trong Phòng cùng với sự quan tâm của Thanh tra Bộ tài chính đã tiến hành kiểm tra sau hoàn thuế đối với hầu hết các đối tượng được hoàn thuế năm 2005, thậm chí có đơn vị được kiểm tra trước khi hoàn thuế. Tuy nhiên công tác này cần phải được duy trì trong những năm tiếp theo, và quan trọng hơn nữa là phải quan tâm đến tính "trong sạch" trong số hoàn sau khi được kiểm tra lại. Để đạt được yêu cầu này đòi hỏi ý thức và tinh thần trách nhiệm từ cả hai phía cơ quan thuế và ĐTNT cùng sự giúp đỡ nhiệt tình của các cơ quan, bộ ngành có liên quan.
Như đã nêu ở phần thực trạng, một nguyên nhân đang cản trở chất lượng công tác kiểm tra sau hoàn thuế là vấn đề thời gian. Thời hạn 1 đợt kiểm tra là 5 ngày, nếu có gia hạn thì cũng không được quá thời hạn 1 đợt kiểm tra (5 ngày) chỉ phù hợp với những nội dung đơn giản song với những nội dung phức tạp như kiểm tra sau hoàn thuế thì 5 ngày không thể đi đến "cốt lõi" của vấn đề. Hơn nữa có nhiều tiếng phản hồi từ phía doanh nghiệp cho rằng không thể có chuyện gia hạn bằng 100% như vậy, chỉ nên gia hạn 50% thời hạn của một đợt thanh tra. Như vậy nên chăng kéo dài thêm thời gian thanh tra, kiểm tra và giảm thời gian gia hạn.
Cần tăng cường phương tiện phục vụ cho công tác kiểm tra sau hoàn thuế, trong đó chú trọng áp dụng công nghệ thông tin để xấy dựng hệ thống khai thác thông tin trên phạm vi toàn quốc phục vụ thanh tra, kiểm tra thuế. Hiện nay, việc xác minh thực tế nghiệp vụ phát sinh của các đơn vị, đối chiếu hoá đơn thuế là vấn đề cực kỳ khó khăn nhất là đối với hồ sơ hoàn thuế có bảng kê. Để xác minh quan hệ mua bán
của hai doanh nghiệp thì cơ quan thuế phải làm văn bản gửi cho Cục thuế nơi doanh nghiệp mình có quan hệ buôn bán và bên kia sẽ trả lời bằng văn bản, nhưng thời gian đợi văn bản trả lời có thể tính bằng tháng, thậm chí không có văn bản trả lời. Như vậy, cần thiết phải tiến hành cập nhật hoá đơn chứng từ lên mạng máy vi tính kể cả các hoá đơn báo hỏng, mất để tạo điều kiện cho cán bộ kiểm tra có thể ngồi trong phòng để xác minh, đối chiếu hoá đơn, vừa tiết kiệm được thời gian, vừa tiết kiệm được chi phí lại đạt được hiệu quả cao.