2. Thực trạng công tác hoàn thuế GTGT đối với các doanh nghiệp thuộc khối công nghiệp tại Cục thuế Hà Nội:
2.3.2.Về đối tượng hoàn thuế:
Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 quy định có 8 trường hợp được hoàn thuế, trong đó có 2 trường hợp đối với cơ sở mới thành lập, đầu tư tài sản cố định mới đã đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế nhưng chưa có phát sinh doanh thu bán hàng để tính thuế GTGT đầu ra, nếu thời gian đầu tư từ 1 năm trở lên thì được xét hoàn đầu vào theo từng năm. Số thuế hoàn đầu vào được hoàn có giá trị lớn từ 200 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn theo quý. Tính ưu việt của quy định này sẽ khuyến khích các doanh nghiệp đẩy mạnh hoạt động sản xuất kinh doanh, sử dụng vốn có hiệu quả hơn trong thời gian đầu mới thành lập. Tuy nhiên, một vấn đề đặt ra là nếu trong một vài năm đầu tài sản cố định đầu tư đó dùng vào sản xuất mặt hàng chịu thuế GTGT thì việc hoàn thuế là hoàn toàn đúng đắn và chính xác, nhưng thời gian sau doanh nghiệp lại sử dụng tài sản cố định đầu tư đó vào sản xuất mặt hàng không chịu thuế GTGT thì theo nguyên tắc sẽ không được hoàn, trong khi đó thì toàn bộ số thuế đầu vào đã được hoàn rồi. Giả sử nếu doanh nghiệp không tự khai báo về sự thay đổi mục đích sử dụng thử hỏi nếu giá trị tài sản
đó lớn thì sẽ chiếm đoạt của Nhà nước bao nhiêu tiền thuế??? Nói như vậy không có nghĩa là hiện tượng này xảy ra tại Phòng quản lý DNNN số 2, nhưng đứng trên diện rộng mà nói thì kẽ hở này chắc chắn sẽ bị lợi dụng và Nhà nước sẽ còn thất thoát nhiều nếu còn duy trì đối tượng được hoàn thuế này.
Một vấn đề nổi cộm nữa là việc hoàn thuế cho các đối tượng có hoạt động xây dựng cơ bản (XDCB). Trong hoạt động XDCB, bên chủ thầu (bên A) thường nợ bên nhận thầu (bên B), chỉ đến khi bên B hoàn thành xong công trình hay hạng mục công trình mới tiến hành bàn giao và quyết toán, do đó mà đầu vào mua nguyên vật liệu cho việc xây dựng công trình hoàn toàn do bên B tự bỏ vốn hoặc nợ lại bên bán vật tư. Mà đặc điểm của các công trình XDCB là có giá trị lớn, thời gian xây dựng kéo dài nên phát sinh thuế đầu vào lớn hơn đầu ra liên tục trong nhiều tháng dẫn tới hoàn thuế. Vấn đề ở đây là nếu đơn vị đặt cơ sở thường trú tại Hà Nội và tiến hành hoạt động xây dựng cũng tại Hà Nội thì việc tính, thu và hoàn thuế là hết sức dễ dàng. Tuy nhiên, trên thực tế đơn vị lại xây dựng công trình ở nhiều tỉnh thành trên phạm vi cả nước. Về nguyên tắc thì thuế phát sinh tại đâu sẽ nộp tại đó, chính điều này đã gây khó khăn trong việc kê khai và hoàn thuế. Trong XDCB, một hoá đơn mua nguyên vật liệu có thể phục vụ cho nhiều công trình ở nhiều địa bàn khác nhau nên việc bóc tách đầu vào nào cho công trình nào là hết sức phức tạp và đa số không thể làm nổi. Để giải quyết khó khăn này, Tổng Cục thuế cho phép các đơn vị nộp 1% trên giá trị công trình tại địa phương nơi xây dựng và toàn bộ đầu vào được kê hết về Cục thuế nơi đặt trụ sở chính. Tuy nhiên, quy định này lại không được thực hiện đồng bộ trên cả nước. Có nơi không chấp nhận cho đơn vị nộp 1% mà buộc phải tách riêng thuế đầu ra, đầu vào. Có nơi chấp nhận nhưng lại khó khăn trong việc xác nhận việc đã nộp thuế. Để đi làm giấy xác nhận cần phải có cán bộ có nghiệp vụ về tài chính, do vậy nhiều khi xảy ra chi phí để 1 cán bộ kế toán đi xuống các tỉnh xác nhận nộp thuế lớn hơn số tiền thuế đã nộp. Mặt khác, như đã nói ở trên, bắt buộc bên B phải nợ đầu vào bên bán vật tư và chỉ khi nào bên B thanh toán cho bên bán vật tư thì mới được cấp hoá đơn, nên việc kê khai đầu vào là hết sức vất vả. Cuối cùng dẫn tới tình trạng
doanh nghiệp muốn nộp thuế cũng không được, hoàn thuế cũng không xong và thiệt thòi đổ hết về phía doanh nghiệp.