2. Thực trạng công tác hoàn thuế GTGT đối với các doanh nghiệp thuộc khối công nghiệp tại Cục thuế Hà Nội:
2.3.4.Về kiểm tra sau hoàn thuế:
Sau bước 1 hoàn thuế cho các ĐTNT, cơ quan thuế tiến hành chuyển sang bước 2 - kiểm tra sau hoàn nhằm kiểm tra tính chính xác giữa số liệu đơn vị kê khai và thực tế phát sinh. Phải nói rằng đây thực sự là một công việc đòi hỏi ở cán bộ thuế tư cách nghề nghiệp, kinh nghiệm và trình độ năng lực để phân tích số liệu. Phòng quản lý DNNN số 2 thuộc Cục thuế Hà Nội là nơi tập trung nhiều doanh nghiệp trọng điểm có số hoàn thuế lớn, do vậy năm 2006 vừa qua bằng sự nỗ lực cố gắng của toàn thể cán bộ thuế, phòng đã kiểm tra được hầu hết các đối tượng được hoàn thuế.
Tình hình chung các đối tượng hoàn thuế đều chấp hành tốt trong việc kê khai hoàn thuế GTGT. Tuy nhiên bên cạnh những đơn vị có ý thức chấp hành tốt thì vẫn còn một số ít đơn vị do vô tình hay cố ý đã kê khai không chính xác. Điển hình là Tổng công ty xây dựng Công nghiệp Việt Nam trong năm 2005 có hồ sơ xin hoàn của dự án đầu tư. Sau khi cán bộ thuế kiểm tra phát hiện có việc công ty đã mua phải hoá đơn của doanh nghiệp bỏ trốn và đã tiến hành truy hoàn 43 triệu để nộp lại vào Ngân sách Nhà nước. Công ty cổ phần may Hương Giang trong năm 2005 cũng đã phải nộp 57 triệu về quỹ hoàn và bị phạt hành chính là 1,5 triệu..Công ty TNHH Nhà nước 1 thành viên giày Thuỵ Khuê trong năm 2006, sau khi kiểm tra sau hoàn phát hiện khấu trừ hoá đơn không đúng nên cũng đã thu hồi quỹ hoàn 28,5 triệu..
Theo ý kiến phản ánh của chính những cán bộ thuế trực tiếp kiểm tra sau hoàn nói rằng các doanh nghiệp còn những sai sót không kê khai đầu vào trên hồ sơ hoàn thuế. Đặc biệt việc kiểm tra sau hoàn vẫn chưa đi đến "cốt lõi" của vấn đề, nghĩa là do thời gian kiểm tra sau hoàn chỉ trong vòng 5 ngày mà khối lượng công việc phải tiến hành quá nhiều, bao gồm kiểm tra bằng hiện vật: kiểm tra hợp đồng vận chuyển, hợp đồng lưu kho,..và kiểm tra về mặt giá trị: kiểm tra sổ sách kế toán, phiếu thu bán
hàng, các tài khoản tiền mặt, tiền gửi ngân hàng,..trong khi riêng việc chấm bảng kê với tờ khai đã mất rất nhiều thời gian, chưa kể việc hợp đồng đưa ra đều bằng tiếng nước ngoài, để dịch ra tiếng Việt cũng đã mất rất nhiều thời gian..Do đó mà việc kiểm tra chưa thể đi sâu được.