Trong giai đoạn này, Công ty đã vận dụng linh hoạt các phương pháp vào phân tích và kết hợp giữa thủ tục phân tích và kiểm tra chi tiết để có được những bằng chứng có độ tin cậy cao. Tuy nhiên từ những nhìn nhận ban đầu trong giai
đoạn lập kế hoạch kiểm toán, việc vận dụng thủ tục phân tích chi tiết giữa hai khách hàng ABC và XYZ là khác nhau.
Sau khi ước tính KTV tiến hành so sánh số ước tính với giá trị ghi sổ để xác định số chênh lệch và xem xét xem số chênh lệch đó là trong yếu hay không trọng yếu. Nếu xác định là trọng yếu thì KTV sẽ tiến hành kiểm tra chi tiết để tìm nguyên nhân chênh lệch nhưng hiện nay việc xác định mức độ trọng yếu tại Công ty chưa có một mức chuẩn nào, và nó là một công việc mang tính chủ quan phục thuộc vào kinh nghiệp, sự hiểu biết về khách hàng của KTV.
Với ABC là một doanh nghiệp liên doanh, sản xuất hàng dệt may thì khoản mục trọng yếu làm đối tượng phân tích chủ đạo là khoản mục giá vốn hàng bán.
Trong khi đó, XYZ hoạt động trong lĩnh vực cung cấp dịch vụ nên doanh thu và chi phí quản lý doanh nghiệp là các khoản mục được thủ tục phân tích hướng vào. Việc ước tính doanh thu và chi phí quản lý doanh nghiệp nói chung dễ dàng hơn so với ước tính giá vốn, do đó KTV không tính toán giá trị Threshold mà lấy ngay giá trị trọng yếu chi tiết MP làm giá trị Threshold.
Rõ ràng, sự biến thái linh hoạt của thủ tục phân tích trong từng tình huống, ứng với từng khách hàng, với những đặc thù riêng về ngành nghề kinh doanh là hoàn toàn hợp lý và không hề làm ảnh hưởng tới chất lượng của cuộc kiểm toán. Ngược lại chính vì tập trung thủ tục phân tích cho một hay một số khoản mục trọng yếu khác nhau chứ không phân tích tràn lan, máy móc vào nhiều khoản mục cho nhiều đối tượng khách hàng nên tiết kiệm được chi phí mà KTV vẫn tìm được lời giải thích hợp lý.