Để xác định những tồn tại trong công tác quản lý thuế tại CCT.PN, tác giả thực hiện trao đổi và phỏng vấn trực tiếp đối với các Đội trưởng phó chuyên môn và Lãnh đạo Chi cục Thuế. Việc phỏng vấn này không có thu thập dữ liệu mà chỉ nắm bắt những ý chung để từ đó đưa ra giải pháp thích hợp nhằm nâng cao chất lượng quản lý thuế. Ngoài ra, luận văn còn tham khảo thêm một vài kết quả nghiên cứu Mức độ hài lòng của người nộp thuếđối với dịch vụ công nghiên cứu tình huống tại Chi cục Thuế [12]. Dựa trên cơ sở mức độ hài lòng của NNT có thểđánh giá hiệu quả cũng như hạn chế của công tác quản lý thuế.
Do công tác quản lý thuế hiện nay là quản lý theo chức năng vì thế một số tồn tại trong công tác quản lý này chủ yếu tập trung vào các đội thực hiện chức
năng quản lý thuế như: Đội Tổng hợp - Nghiệp vụ - Dự toán - Tuyên truyền - Hỗ trợ, Đội Kê khai - Kế toán thuế và Tin học, Đội Quản lý nợ và cưỡng chế nợ thuế và Đội Kiểm tra thuế. Luật Quản lý thuế đã ra đời và được áp dụng kể từ năm 2007 cho đến nay với mô hình quản lý thuế theo chức năng nhìn chung cũng đã đạt được một số kết quả nhất định trong công tác quản lý thuế kết hợp với cải cách và hiện đại hóa ngành thuế. Tuy nhiên cũng còn có một số hạn chế cần phải chấn chỉnh và khắc phục. Đó là những hạn chế phát sinh từ ngay trong nội tại của các Đội, từ sự phối hợp giữa các đội và xuyên suốt từ sự chỉ đạo của lãnh đạo cơ quan đến các đội được ghi nhận như sau: