Sự khác nhau về nhận thức trên đã dẫn đến những nhận thức về phương pháp đấu tranh của hai ông đó chính là vấn đề bạo động và cải cách.
Bạo động chính là cuộc đấu tranh bằng vũ lực để lật đổ một chế độ.Người thực hiện xu hướng này chính là Phan Bội Châu.
Còn cải cách được hiểu là một cuộc cải cách đổi mới cho tiến bộ hơn, phù hợp hơn với sự phát triển chung của xã hội. Người thực hiện xu hướng này là Phan Châu Trinh.
Đối với Phan Bội Châu phương pháp cốt yếu của ông là thủ đoạn bạo động.Sở dĩ ông chọn phương pháp này là vì ngay từ khi còn nhỏ ông đã được nghe kể về những văn thân nổi dậy chống Pháp. Lớn lên, Phan Bội Châu gặp chính lúc phong trào Cần Vương của Phan Đình Phùng đang lan tràn khắp Nghệ An, Hà Tĩnh. Ông đã để tâm nghiên cứu binh thư, binh pháp, dự định có ngày cầm quân đánh giặc. Trong ông luôn chất chứa một điều là không đem máu rửa máu thì không cải tạo được xã hội. Với ông thực dân Pháp là kẻ thù không đội trời chung. Từ thực tiễn của phong trào đấu tranh vũ trang cuối thế kỉ XIX, Phan Bội Châu cho rằng, nước ta là một nước thuộc địa, muốn giải phóng nhân dân thoát khỏi cảnh lầm than, nhất thiết phải đánh đổ thực dân Pháp và đánh đổ bằng con đường bạo lực. Ông coi “bạo động là con đường hoạt động duy nhất và tất yếu” để đánh đuổi giặc Pháp. Bởi vậy mà ông đã lựa chọn con đường bạo động.
Với quan điểm “Nợ máu chỉ có thể trả bằng nợ máu”, ngay từ đầu Phan Bội Châu đã kiên tri chủ trương giành độc lập bằng con đường bạo lực. Từ năm 1902- 1904 Phan đã ra Bắc vào Nam tìm cách liên kết đồng chí để thực hiện mục đích của mình.
Tháng 5-1904, Phan Bội Châu và Cường Để và hơn 20 đồng chí họp tại nhà của nguyễn Hàm ở Quảng Nam, thành lập một hội đảng bí mật, sau này có tên là Duy Tân Hội. Cường Để được cử làm hội chủ “để thu phục nhân dân”, tập hợp sỹ phu yêu nước tranh thủ sự đông tình và giúp đỡ của những người trong nước. Mục đích chính của hội là đánh Pháp, giành lại độc lập cho tổ quốc. Căn cứ vào việc tôn Cường Để làm hội chủ, chứng tỏ rằng Duy Tân Hội vẫn chưa thoát khỏi ảnh hưởng của chủ nghĩa quân chủ, nhưng đây là quân chủ lập hiến, vua chỉ có danh mà không có thực quyền. Mọi công việc quan trọng đều do Phan Bội Châu, Nguyễn Thành Đặng Thái Thân và các hội viên quyết định.
Phan Bội Châu chủ trương muốn đánh đuổi giặc Pháp thì nhân dân phải chung sức, chung lòng. Ông đã liên kết với nghĩa quân Yên Thế và kêu gọi 10 giới đồng tâm (các nhà hào phú, các quan tại chức, con em nhà quyền quý, giáo đồ Thiên chúa giáo, đồ đảng và hội đảng, thủy lục quân, giới phụ nữ…). Thực hiện kế hoạch xuất dương cầu viện, Phan Bội Châu và các hội viên của Duy Tân Hội đều cho rằng nên cầu viện Nhật Bản là nước đồng văn, đồng chủng. Tháng 6-1905 Phan Bội Châu cùng Đặng Tử Kính trở về nước để tiến hành cuộc vận động xuất dương, lập ra các hội Nông, hội Thương và hội Học để tập hợp quần chúng và nhanh chóng đưa Cường Để sang Nhật. Đến tháng 10-1905 Phan Bội Châu trở lại Nhật Bản cùng 3 thanh niên: Nguyễn Thúc Canh, Nguyễn Điền, Lê Khiết. Năm 1906, Cường Để sang Nhật, năm 1908 số du học sinh lên đến 200 người.
Nhằm thức tỉnh quốc dân Phan bội Châu và các nhà lãnh đạo Duy Tân Hội đã sáng tác nhiều thơ văn như: Việt Nam vong quốc sử 1905, hải ngoại viết thuê 1906…Nhiều thanh niên yêu nước du học đã trở thành những chiến sỹ tận tụy với
sự nghiệp giải phong dân tộc. Song song với phong trào Đông Du Phan Bội Châu còn trở về nước vào cuối năm 1906 cùng các đồng chí tổ chức đánh Pháp, Phan đã gặp các đồng chí ở Trung Kì và Bắc Kì định kế hoạch hoạt động chung. Một số lo diễn thuyết tuyên truyền, mở các nông, thương học hội để lo kinh phí cho hội, một số lo vận động những người yêu nước trong quân đội Pháp phản chiến, chuẩn bị bạo động.
Mặt khác, tổ chức liên minh hợp tác quốc tế chống kẻ thù chung, Phan Bội Châu đã cộng tác với Vân Nam tạp chí một trong những tờ báo của Đảng cách mạng Trung Quốc tuyên truyền chủ nghĩa dân chủ, phản đối sự xâm lược của đế quốc Anh, Pháp. Tiếp đó, năm 1909 Phan Bội Châu đã cùng với các chí sĩ lưu vong ở Trung Quốc, Triều Tiên…hiện sống ở Nhật thành lập tổ chức Đông Á đồng minh hội.
Những hoạt động trên đây chứng tỏ rằng, Phan Bội Châu đã nhận thức được mối quan hệ khăng khít giữa phong trào cách mạng Việt Nam và châu Á mở đầu cho sự giúp đỡ và hiểu biết lẫn nhau giữa những người cách mạng các nước và các chiến sĩ cách mạng Việt Nam.
Với sự hoạt động này Duy Tân hội đã hình thành trên cơ sở những chuyển biến về kinh tế và xã hội Việt Nam theo hướng tư bản chủ nghĩa. Từ Duy Tân hội đã thổi một luồng sinh khí mới và đời sống chính trị nhân dân Việt Nam hướng cuộc đấu tranh của nhân dân Việt Nam đi đến tiếp cận tới phương thức đấu tranh hiện đại để giải phóng dân tộc
Năm 1912, khi thành lập Việt Nam Quang Phục hội, ông liền bắt tay ngay vào việc tổ chức Việt Nam Quang Phục quân, kiên trì vũ trang chống Pháp. Trong thời kì hoạt động của Việt Nam Quang Phục hội, hàng loạt cuộc bạo động và khởi nghĩa vũ trang đã nổ ra trong nước Việt Nam và hình như đều có quan hệ trực tiếp hoặc gián tiếp với chủ trương chống Pháp bằng bạo lực của Phan Bội Châu.
Việt Nam Quang Phục Hội trong những năm 1913-1915 với yêu sách khôi phục chính quyền cho Việt Nam quyết dung bạo động gây tiếng vang trang dân chúng cùng áp lực chính quyền Đông Dương thuộc Pháp. Sự kiện đáng kể là vụ ám sát quan tuần phủ tỉnh Thái Bình Nguyễn Duy Hàn bằng tạc đạn vào trưa ngày 19 tháng 4 năm 1913 do Phạm Văn Tráng và Phạm Đề Quy thực hiện. Hai tuần sau vào chiều ngày 26 tháng 4 Nguyễn Khắc Cần và Nguyễn Văn Thụy ném tạc đạn vào Khách Sạn Hà Nội ở Phố Tràng Tiền, Hà Nội. Mặc dù bị chính quyền bảo hộ đàn áp mạnh mẽ nhưng phong trào không dừng lại ở đó.Các cuộc vận động vẫn tiếp tục nổi lên, tiêu biểu là cuộc vận động binh lính bản sứ nổi dậy. Năm 1913 hội viên Đậu Quang Cơ được hội giao đem sách Hà Thành liệt sử truyện do Phan Bội Châu viết về vụ đầu độc người Pháp hồi năm 1908 về nước để phân phát cho các đội lính bản xứ nhưng về đến Hà Khẩu thì bị phát giác. Dẫu chưa tạo được thành tích nào lâu dài, Việt Nam Quang Phục hội vẫn âm ỉ theo đuổi đại cuộc và cuối cùng phát nổ với tiếng bom Sa Diện. Lợi dụng chuyến viếng thăm Quảng Châu cảu toàn quyền Martial Henri Merlin vào tháng 6/1924, hội viên Phạm Hồng Thái đột nhập vào khách sạn Victoria rồi ném bom vào bàn tiệc. Viên toàn quyền thoát chết nhưng có năm người Pháp thiệt mạng.Với những hoạt động của hội đã gây được tiếng vang lớn trong quảng đại quần chúng cũng như chính quyền bảo hộ.
Phan Châu Trinh lại khác, ông phản đối chống Pháp bằng bạo lực thậm trí nói rằng: “bất bạo động, bạo động tắc tử”. Cụ cũng từng tới thăm cứ địa của Hoàng Hoa Thám. Mặc dù Cụ ca ngợi sự quả cảm, cương nghị, giỏi dùng binh của Hoàng Hoa Thám và đề xuất đưa thanh niên Việt Nam du học ở nước ngoài để bồi dưỡng nhân tài quân sự, nhân tài chính trị, còn nghĩa quân thì lo sản xuất tự cấp tự túc, nhưng Cụ phản đối nghĩa quân tiếp tục bạo động. Cụ phê bình Hoàng Hoa Thám có tầm mắt chưa nhìn xa trông rộng, một vùng căn cứ nhỏ bé cuối cùng của Hoàng cuối cùng sẽ không tránh khỏi thất bại. Cụ cho rằng trình độ dân trí mình còn thấp kém muốn làm gì thì phải khai trí cho dân, nâng cao quyền dân, dân đã có quyền
thì lúc đó mới làm được việc lớn. Bởi vậy mà Phan Châu Trinh chủ trương tiến hành cải cách.
Trong lúc phong trào Đông Du và những hoạt động của Duy Tân hội diễn ra sôi nổi thì Phan Châu Trinh và một số sĩ phu yêu nước chủ trương tiến hành phong trào Duy Tân nhằm vận động cải cách kinh tế văn hóa xã hội động viên lòng yêu nước đấu tranh cho dân tộc thoát khỏi ách thống trị của ngoại xâm
Về đường lối cứu nước, Phan Châu Trinh thẳng thắn và kiên trì bảo vệ quan điểm của mình là chưa đặt việc khôi phục chủ quyền quốc gia, độc lập dân tộc thành một nhiệm vụ trước mắt, mặc dù ông rất đau xót trước cảnh người Pháp ngược đãi người Việt Nam. Mặt khác, Phan Châu Trinh còn phản đối việc dùng vũ lực để giành độc lập quốc gia cũng như việc cầu viện nước ngoài.
Theo Phan Châu Trinh, nhiệm vụ cấp bách của dân tộc Việt Nam là:
Chấn dân khí: Thức tỉnh tinh thần tự lực, tự cường, làm cho mọi người giác ngộ được quyền lợi của mình, xóa bỏ độc chuyên chế. Vì vậy ông chủ trương: “Không cần hô hào đánh Pháp, chỉ nên đề xướng dân quyền, dân đã giác ngộ quyền lợi của mình, bấy giờ mới có thể dần dần mưu tính việc khác.
Khai dân trí: Bỏ lối học tầm chương trích cũ, mở trường dạy học chữ Quốc ngữ, kiến thức khoa học thực dụng, bài trừ hủ tục, xa hoa, tuyên truyền lối sống văn minh, tiết kiệm.
Hậu dân sinh: Chăm lo sống cho nhân dân bằng việc phát triển kinh tế, chỉ con đường làm ăn cho nhân dân, như khẩn hoang làm vườn, lập hội buôn bán, sản xuất nội hóa.
Đây chính là những điều kiện để tiến tới giải phóng dân tộc. Để thực hiện được các mục tiêu trên, Phan Châu Trinh yêu cầu chính quyền thuộc địa sửa đổi chính sách cai trị hiện hành để có thể giúp nhân dân Việt Nam từng bước tiến tới văn minh. Tuy vậy ông đề cao phương châm: “Tự lực khai hóa” vận động những người cùng chí hướng thức tỉnh dân chúng, tuyên truyền tư tưởng dân quyền, vận
động mở trường học theo lối mới, hô hào phát triển công, nông, thương nghiệp, cải cách phong tục, chống lề thói phong kiến hủ tục.
Với phương châm đã được xác định, Phan Châu Trinh cùng với Huỳnh Thúc Kháng, Trần Qúy Cáp đi khắp các tỉnh Quảng Nam, vào các tỉnh phía Nam để hô hào Duy tân cải cách. Ông lại ra Bắc, đến căn cứ Phồn Xương, Yên Thế gặp Hoàng Hoa Thám.
Năm 1906, nghe tin Phan Bội Châu cùng với Cường Để xuất dương sang Nhật, Phan Châu Trinh cũng định ra nước ngoài để tìm gặp Phan Bội Châu, nhưng khi tới nhà Lưu Vĩnh Phúc ở Quảng Đông ông đã gặp Phan Bội Châu tại đây. Hơn 10 ngày ở Quảng Đông, hai ông cùng nhau bàn việc nước, Phan Châu Trinh tán thưởng bài Khuyến quốc dân tự trợ du học văn của Phan Bội Châu và xem chương trình hoạt động của Duy Tân Hội , ông không nói gì. Ông chỉ: “..cực lực đả kích vua quan gọi họ là độc phu dân tặc, hại nước hại dân, hình như không đập tan được nền quân chủ thì dù có khôi phục được nước cũng không phải là hạnh phúc của nhân dân” [2, tr.114].
Tháng 3-1906 Phan Châu Trinh sang Nhật, tháng 5 ông về nước. Ngày 15- 8-1906 ông gửi cho toàn quyền Bô một bức thư bằng chữ Hán. Trong thư Phan Châu Trinh lên án bộ quan trường hủ bại tham nhũng bóc lột nhân dân tố cáo thực dân Pháp dung dưỡng bọ quan lại, quy trách nhiệm cho thực dân Pháp về sự lạc hậu bế tắc của Việt Nam lúc bấy giờ. Đồng thời yêu cầu chính phủ Pháp “Đổi chính sách đi, kén chọn người hiền tài trao cho quyền binh, lấy lễ mà tiếp, lấy thành mà đãi”
Cùng với việc gửi thư cho toàn quyền ông còn đẩy mạnh việc tự lực khai hóa. Bàn việc mở tại Hà Nội một trường học theo gương “Khánh Ưng nghĩa thục” của Nhật Bản. Thánh 7-1907 ông tham gia giảng dạy ở Đông Kinh Nghĩa Thục.
Nhờ sự đấu tranh của liên minh nhân quyền Pháp, Phan Châu Trinh sau khi bị bắt đã được ân xá và đưa về giam lỏng ở Mỹ Tho ông đã đấu tranh đòi đước tự
do thực sự. Tháng 3-1911 ông được đưa sang Pháp tại đây ông tiếp tục hoạt động đến cuối năm 1925 thì về nước.
Với chủ trương cứu nước của Phan Bội Châu và Phan Châu Trinh theo xu hướng bạo động và cải cách mặc dù còn hạn chế song đã có những đóng góp lớn. Phan Bội Châu đã đã góp phần quan trọng cho cuộc vận động giải phóng dân tộc của chúng ta. Ông đã đứng dậy hô hào đồng bào võ trang đánh thực dân Pháp. Trong lịch sử đấu tranh chống chủ nghĩa đế quốc giải phóng dân tộc, có được sự vận động quần chúng sâu rộng như vậy. Còn Phan Châu Trinh là người có tư tưởng dân chủ sớm nhất ở Việt Nam trong những năm dầu thế kỷ XX ông là một người yêu nước nhiệt thành, đã có những đóng góp tích cực vào việc khơi dậy tư tưởng dân chủ, mở ra cách nhìn mới về vấn đề dân tộc dân chủ.
Tuy nhiên xét thấy rằng trước trong hoàn cảnh lịch sử nước ta lúc bấy giờ thì tư tưởng bạo động của Phan Bội Châu phù hợp hơn so với tư tưởng của Phan Châu Trinh. Bởi lẽ không có thực dân Pháp sang xâm chiếm Việt Nam thì làm gì có chính sách ngược đãi Việt Nam và nếu không có cái thuyết bạo động của Phan Bội Châu thì lúc đó thực dân Pháp còn ăn ngon ngủ yên và bóc lột nhân dân ta đến nhường nào. Đường lối bạo động của ông phát triển theo đúng xu thế phát triển của lịch sử dân tộc. Trong khi xã hội mâu thuẫn dân tộc và dân chủ đang gay gắt như vậy thì Phan Châu Trinh lại đi tiến hành cải cách, mà muốn cải cách xã hội thì phải có quyền trong tay. Làm thế nào để có quyền, trong lúc nước ta đã mất cho Pháp, bọn quan lại thì thối nát chỉ lo lợi ích cá nhân mà không nghĩ đến nước đến dân. Chủ trương của Phan Châu Trinh không phải là sai mà chỉ là không phù hợp với hoàn cảnh lúc bấy giờ.