Điều đầu tiên nói tới sự khác nhau trong quan điểm cứu nước của hai ông đó là vấn đề quân chủ hay dân chủ. Trước tiên ta phải hiểu chế chế độ quân chủ lập hiến nghĩa là chế độ chính trị của một nước, trong đó quyền lực của nhà vua bị hạn
chế bằng một hiến pháp do quốc hội định ra.Phan Bội Châu là người có chủ trương ủng hộ chế độ quân chủ này.
Còn chế độ dân chủ chính là hình thức nhà nước dựa trên sự thừa nhận nhân dân có quyền tham gia chính quyền, quản lí công việc, quản lí nhà nước và các quyền lợi khác.Phan Châu Trinh là người có chủ trương ủng hộ chế độ dân chủ này.
Sở dĩ có sự khác nhau này là do hai ông có những quan điểm khác nhau. Phan Bội Châu ủng hộ chế độ quân chủ là vì ông cho rằng thà chịu chế độ quân chủ mà nước được độc lập còn hơn là chế độ quân chủ mà mất nước. Phan Bội Châu đã viết: “Phan Châu Trinh chủ trương đánh đuổi quân chủ, lấy việc ủng hộ dân quyền làm cơ sở, tôi thì chủ trương trước tiên phải đánh đuổi bọn xâm lược Pháp, sau khi giành được độc lập cho nước nhà, thì mới có thể nói tới việc đó. Tôi có muốn lợi dụng nhà vua.Phan Châu Trinh lại phản đối.Phan Châu Trinh muốn hướng về dân chống lại nhà vua”.[26, tr.84]. Phan Bội Châu lại không tán thành và cho rằng việc bất đồng quan điểm giữa cụ với Phan Châu Trinh nói cho cùng là Phan Châu Trinh chủ trương: muốn dựa vào Pháp để đánh đổ quân chủ, còn bản thân cụ lại chủ trương: chống Pháp phục Việt. Trên thực tế đã xảy ra như vậy khi Phan Bội Châu bắt đầu hoạt động chống Pháp cứu nước, thì kế hoạch của cụ là ủng hộ việc lập người trong Hoàng tộc làm minh chủ, nhằm xây dựng tổ chức bí mật chống Pháp phục quốc. Năm 1903 Phan Bội Châu tới kinh thành Huế, một mặt liên lạc với các nhân sĩ Cần Vương yêu nước ở các nơi Trung Kì, Nam Kì, đồng thời bí mật tiếp xúc với những người trong Hoàng tộc. Bấy giờ Nguyễn Thành là nhân vật hạt nhân của hội Duy Tân đã nói với Phan Bội Châu: “Theo tôi chúng ta muốn khởi sử, trước tiên là phải thu phục nhân tâm. Hôm nay nhìn chung những người nhớ chủ cũ họ vẫn có tư tưởng cũ: tôn quân, đánh giặc ngoại xâm, còn chưa có tư tưởng mới nào. Ví như việc ủng hộ Sở Hoài Vương hoặc Lê Trang Tông chẳng qua cũng chỉ là một thủ đoạn của kẻ anh hùng khi khởi sự. Muốn là nên nghiệp lớn
tất yếu phải có nhiều tiền bạc.Nhưng kho tiền của vàng bạc ở nước ta lại ở Nam Kì, mà Nam Kì chịu ơn nhà Nguyễn rất nhiều. Giai Long thu phục quốc gia, tài lực đều lấy từ đó mà ra. Ngày nay nếu chúng ta tìn lập được người từ dòng dõi chính thống của Cao Hoàng Đế tức là Gia Long rồi kêu gọi dân Nam Kì thì dễ gây được việc lớn” [26, tr.84]. Nguyễn Thành kiến nghị: “những người có chức sắc trong Hoàng Tộc thuộc dòng dõi chính thống tức là con cháu của Đông Kinh Thái Tử thì chúng ta cần phải tìm họ, đó là biện pháp tốt nhất” [26, tr.84]. Phan Bội Châu muốn tranh thủ lòng dân, trước tiên là muốn tranh thủ sự ủng hộ của đại sĩ phu Nam Kì nên đã tán thành ý kiến của Nguyễn Thành. Phan Bội Châu đi tìm cháu chắt của Gia Long, vị vua khai quốc của triều Nguyễn, đó là cháu đích tôn của Hoàng tử Cảnh Kỳ ngoại hầu Cường Để. Năm 1904 Cường Để được cử làm hội trưởng hội Duy tân. Chính cương của hội đã nêu rõ: đánh đuổi giặc Pháp, khôi phục lại nước Việt Nam, xây dựng lại chế độ quan chủ lập hiến. Như thế là Cường Để sẽ làm vua sau khi phục quốc.
Xem ra Phan Bội Châu xây dựng một người trong Hoàng Tộc làm minh chủ chỉ là một biện pháp nhằm thích ứng với dân tình và tình hình trong nước lúc ấy. Năm 1905, khi ở Nhật Bản Phan Bội Châu đã nói với các nhà chính trị Nhật Bản như Đại Hàn Trọng Tín, Khuyển Dưỡng Nghị rằng: “Đảng chúng tôi chỉ nhằm một mục đích là đánh đuổi người Pháp, giành lại độc lập cho dân tộc cho nước tôi, còn việc xây dựng chế độ quân chủ hay chế độ dân chủ là vấn đề khác. Nhưng căn cứ vào lịch sử nước chúng tôi từ cổ đến nay và tình hình dân trí của nước chúng tôi hôm nay thì họ có cảm tình với chế độ quân chủ hơn. Đảng chúng tôi muốn lập Hoàng thân kì ngoại hậu Cường Để cũng là sự chuẩn bị cho chế độ quan chủ vậy” [25, tr.85]. Chủ trương này của cụ được sự ủng hộ của Lương Khải Siêu thuộc phái quân chủ lập hiến ở Trung Quốc và những nhà chính trị Nhật Bản như Đại Hàn Trọng Tín, họ đã tạo điều kiện tốt cho Phan Bội Châu kiên trì chủ trương của mình. Bởi thế vào năm 1905 khi gặp Tôn Trung Sơn ở Hoàn Tân (Osaka-Nhật Bản) tuy
thừa nhận chế độ dân chủ cộng hòa tương đối tiến bộ hơn so với chế độ quân chủ lập hiến, nhưng Phan Bội Châu vẫn cho rằng ở Việt Nam lúc bấy giờ việc thực hiện chế độ đó chưa thích hợp. Mãi tới sau khi cách mạng Tân Hợi năm 1911 thắng lợi Phan Bội Châu mới chuyển từ chủ nghĩa quân chủ lập hiến sang chủ nghĩa dân chủ cộng hòa
Khác với chủ trương ủng hộ quân chủ chống Pháp của Phan Bội Châu, thì ngay từ đầu Phan Châu Trinh đã ủng hộ dân chủ.Bởi vì Phan Châu Trinh căm thù chế độ quân chủ và cho rằng nếu không xóa bỏ được chế độ quân chủ thì dù có khôi phục được lại đất nước, thì cũng không phải là hạnh phúc cho dân.Chính vì vậy mà ông đã ủng hộ chế độ dâm chủ.Bởi vậy mà ngay từ đầu hai ông đã bất đồng ý kiến với nhau.Hai cụ Phan lần đầu gặp nhau ở Thuận Hóa hai bên đã có ý kiến trái ngược nhau. Về sau Phan Châu Trinh nói với Huỳnh Thúc Kháng: “Chí khí và tài lược của Phan Bội Châu, mọi người đều thán phục nhưng cụ duy trì chế độ quân chủ quan liêu quân chủ là sự lỗi thời, ngược với dân quyền” [26, tr.85]. Năm 1906, khi Phan Châu Trinh đi ra nước ngoài, Cụ đã nhiều lần trao đổi ý kiến với Phan Bội Châu ở Quảng Châu-Trung Quốc, ở Osaka-Nhật Bản và Phan Châu Trinh đều giữ ý kiến của mình. Trong cuốn hồi kí tự truyện Phan Châu Trinh đã viết: “mỗi khi nói đến nước nhà đều đau lòng trước những tội ác của bọn giặc Pháp đối với nhân dân ta, căm thù chế độ quân chủ, và cho rằng nếu không xóa bỏ được chế độ quân chủ thì dù có khôi phục lại được đất nước thì cũng không phải là hạnh phúc của nhân dân”, [26, tr.85]. Phan Châu Trinh còn khuyên Phan Bội Châu không cần phải chủ trương chống Pháp, mà tranh luận với nhau nhưng không thể đi tới sự nhất trí. Sau khi Phan Châu Trinh xem chính cương “xây dựng chế độ quân chủ lập hiến” của Việt Nam Duy Tân hội, biết rằng Phan Bội Châu đã có chủ trương riêng, lập tức cụ rời khỏi Nhật Bản trở về Việt Nam.
Sau khi về nước Phan Châu Trinh đã mở rộng việc tuyên truyền chủ trương của mình, phê phán quan điểm “ủng hộ nhà vua chống Pháp” của Phan Bội Châu,
tạo ra sự hỗn loạn nhất định về tư tưởng của phong trào duy tân ở trong nước lúc bấy giờ. Người lãnh đạo trong nước của Việt Nam Duy Tân hội là Nguyễn Thành đã cử người tới Nhật Bản thể thông báo cho Phan Bội Châu biết và nói rằng: “Tây Hồ trở về nước nhà có điều kiện không có lợi cho bạn buôn” (chỉ những đồng chí của Việt Nam Duy Tân hội), [26, tr.86]. Bởi thế Phan Bội Châu liền viết một bức thư gửi cho cụ Phan Châu Trinh cho rằng việc đề xướng đó rất to lớn, đồng thời cụ nêu lên ý kiến của mình bằng một cách mềm dẻo, vạch ra rằng nếu dựa vào trình độ dân trí của quốc dân Việt Nam lúc đó để tập hợp nhiều ý kiến đưa ra dân chủ thì nó chỉ được một số ít dân chúng ủng hộ mà thôi. Hơn nữa từ đấy sẽ nảy sinh ra nhiều ý kiến trái ngược nhau. Cụ nói: “dân đã không tồn tại thì làm gì có chủ” [15, tr.86]. Cụ cho rằng chế độ quân chủ lập hiến là con đường cứu nước lúc bấy giờ và nói với Phan Châu Trinh rằng: “Về đại thể, lí luận và thực hành đều có giá trị cả song vẫn cân nhắc. Nhưng hôm nay vì coi trọng thực hành nên có thể thực hiện phương châm cứu nước, không nên đi theo những lí luận cao siêu. Mười năm sau nữa, đại huynh đưa ra cái thuyết trước, thì người ở bên cạnh vỗ tay sẽ là tôi vậy” [26, tr.86].Phan Bội Châu cho rằng ở Việt Nam thực hiện ngay lập tức chế độ dân chủ là không hợp thời, mà phải chờ tới mười năm sau.Song Phan Châu Trinh không tiếp nhận ý kiến đó hai cụ vẫn tranh luận mãi không ngừng.
Từ đây về sau Phan Châu Trinh kiên trì chủ trương chính trị “đạo dân phi quân”.Tiếp tục công kích chính sách sai trái của triều đình Huế và gửi gắm niềm hi vọng của Cụ vào sự giúp đỡ của nước Pháp để cải cách ở Việt Nam. Ngày 15-09- 1906 Phan Châu Trinh đã gửi thư cho Paul Beau toàn quyền của Pháp ở Đông Dương, vạch trần hành vi xấu xa của bọn quan lại triều Nguyễn, nêu lên tình cảnh khốn cùng của dân chúng Việt Nam và chỉ rõ rằng: “Việc tham nhũng tàn bạo như thế của quan lại triều đình Nguyễn là do sự dung túng của chính quyền bảo hộ” [26, tr.86]. Cụ thỉnh cầu Pháp thay đổi chính sách chiêu hiền đại sĩ, dung những người tài giỏi, nêu cao những việc có lợi, loại trừ những việc có hại, tìm con đường
sinh sống cho dân chúng, cho các nhà tri thức, bàn luận về tự do, lập bác chí để nhà nước nắm được tình hình dân chúng thưởng phạt nghiêm minh đối với quan lại, nhiệm vụ cấp bách trước tiên là cải cách pháp luật, bãi bỏ khoa cử, lập trường học, xây dựng thư viện, chấn hưng công thương nghiệp. Phan Châu Trinh còn viết: “Nếu chính phủ Pháp có ý chân thành khoan dung đối với nhân dân Việt Nam thì nên xem lại dụng tâm của tôi, tôi sẽ tùy thời cơ mà đưa ra. Nếu chính phủ nghe theo thì nhân dân được hạnh phúc, nếu chính phủ cứ thực hiện chính sách bạo ngược, muốn tiêu diệt hàng triệu sinh linh nước tôi thì xin buộc tôi vào tội xúc phạm, kết án tôi vào tội vu cáo…”, [26, tr.86]. Bức thư này sau khi đăng toàn văn ở báo Pháp-Việt đã được sự phản ánh mạnh mẽ của giới nhân sĩ Việt Nam. Do ảnh hưởng và sự thúc đẩy của Phan Châu Trinh, phong Trào Duy Tân ở Trung Kì phát triển mạnh mẽ. Năm 1907 các nho sĩ trong phái Duy Tân ở tỉnh Quảng Nam căn cứ vào chủ trương của cụ đã đề ra khẩu hiệu “chấn dân khí” “khai dân trí” “hậu dân sinh”, tuyên truyền biện pháp Duy tân, coi trọng nuôi dưỡng tinh thần dân tộc, phát triển kinh tế dân tộc, chấn hưng văn hóa dân tộc.
Phan Châu Trinh dựa vào chủ nghĩa dân bản của Nho gia và tiếp thu học thuyết tự do dân chủ, tuyên truyền dân trí, đả kích quân trị của Rutxo, nhà tư tưởng tư sản phương Tây Ximông đã trở thành “người có tư tưởng dân chủ sớm nhất” trong đại sĩ phu ở Việt Nam thời bấy giờ. Phan Châu Trinh đã đề xướng dân trị và không còn nghi ngờ gì nữa, nó đã có tác dụng tích cực đối với việc truyền bá tư tưởng dân chủ ở Việt Nam.
Tranh luận vấn đề dân chủ hay quân chủ là biểu hiện sự khác nhau về nhận thức của hai cụ Phan đối với tình hình xã hội và mâu thuẫn chủ yếu ở Việt Nam đương thời. Tuy nhiên đối với Phan Bội Châu đã có sự chuyển đổi tư tưởng từ tư tưởng quân chủ sang dân chủ cộng hòa. Có sự chuyển đổi trong tư tưởng Phan Bội Châu là do chính phủ Nhật kết hợp với Pháp trục xuất lưu học sinh Việt Nam, giải tán các tổ chức phong trào Đông Du, các cơ sở Duy Tân hội đều tan dã do bị khủng
bố. Con đường cứu nước phong kiến thất bại, chủ trương quân chủ lập hiến của Phan Bội Châu cũng không thành, cách mạng giải phóng dân tộc rơi vào bế tắc. Đúng thời điểm đó cách mạng Tân Hợi thành công đã mang đến cho Phan Bội Châu một nguồn phấn khởi và tin tưởng mới.Phan Bội Châu cho rằng thời cơ đã đến, chẳng gì hơn bằng Trung Hoa dân quốc viện trợ, vì thế ông quyết định trở lại Trung Quốc hoạt động. Thượng tuần tháng 2/1912, trong một cuộc hội nghị tại nhà Lưu Vĩnh Phúc tại Sa Hà (Quảng Đông) với đầy đủ đại biểu của ba kỳ, hội nghị quyết định thủ tiêu Duy Tân hội và thành lập Việt Nam Quang Phục hội, tán thành đi theo đường lối dân chủ. Như vậy, khuynh hướng dân chủ tư sản bấy lâu âm ỉ cháy trong Phan Bội Châu, giờ đây do ảnh hưởng của cách mạng Tân Hợi đã phát triển lên một bước, ông dứt khoát vứt bỏ quân chủ và đi theo con đường cách mạng dân chủ. Sự ra đời của Việt Nam Quang Phục hội đánh dấu sự hoàn chỉnh của quá trình chuyển biến tư tưởng đó.
Như vậy có thể thấy Phan Bội Châu và Phan Châu Trinh đều có quan điểm khác nhau của mình.Tuy nhiên xét về tình hình xã hội Việt Nam lúc bấy giờ thì có thể thấy tư tưởng của Phan Bội Châu tiến bộ hơn.Bởi sau khi xảy ra xâm lược của thực dân Pháp nước Việt Nam từ xã hội phong kiến đã trở thành xã hội thực dân nửa phong kiến.Đế quốc Pháp đã câu kết với giai cấp địa chủ phong kiến Việt Nam để áp bức nhân dân Việt Nam. Lúc bấy giờ ở Việt Nam đang tồn tại hai mâu thuẫn xã hội lớn: một là mâu thuẫn dân tộc giữa dân tộc Việt Nam với đế quốc Pháp, hai là mâu thuẫn giai cấp giữa nhân dân Việt Nam với địa chủ phong kiến. Trong hai mâu thuẫn lớn này thì mâu thuẫn dân tộc là mâu thuẫn chủ yếu.Muốn giải quyết hai mâu thuẫn này tất nhiên cần tiến hành một cuộc cách mạng dân tộc dân chủ, phản đế và phản phong.Ở nước Việt Nam nửa thuộc địa nửa phong kiến trước đây thì phản đế và phản phong là hai nhiệm vụ cách mạng không thể tách rời nhau.Phan Bội Châu đưa việc giải phóng dân tộc, phản đế lên hàng đầu là đúng đắn. Còn Phan Châu Trinh lại chủ trương “đạo dân phế quân” nhưng Cụ đưa ra
phương châm dựa vào Pháp cầu tiến bộ điều đó đã nói rõ nhận thức của Cụ chưa đầy đủ về mâu thuẫn giữa thực dân Pháp với nhân dân Việt Nam. Phan Châu Trinh luôn giữ cái chính kiến dựa vào cái chính phủ bảo hộ để đánh đổ quan lại Nam triều.Quan lại Nam triều cần đánh đổ nhưng muốn đánh đổ nó phải dựa vào lực lượng nhân dân và phải chĩa mũi nhọn vào thực dân Pháp trước. Đánh đổ được thực dân Pháp mới đánh đổ được Nam triều vì thực dân Pháp là đầu sỏ mà Nam triều là tai sai. Nay lại dựa vào bọn đầu sỏ để đánh bọn tay sai thì thật là ảo tưởng.