Nhật Bản hồi đầu thế kỉ XX đối với các sĩ phu yêu nước tiến bộ của Việt Nam là một thế giới mới lạ, đầy sức hấp dẫn.Phan Bội Châu từ 1905 đã tổ chức và lãnh đạo phong trào Đông Du sôi nổi. Năm 1906, Phan Châu Trinh sang Nhật chứng kiến tận mắt những đổi mới quan trọng của bài học Âu hóa. Đông đảo các chí sĩ của nhiều nước Châu Á cũng đến đây để học tập bài học Duy tân của Nhật Bản. Năm 1906 Phan Bội Châu và Phan Châu Trinh đã tham quan Khánh Ứng Nghĩa Thục tại Đông Kinh (Tôkyo). Cuối năm 1906 trong một cuộc họp trù bị tại Bắc Ninh đã quyết định thành lập tại Hà Nội Đông Kinh Nghĩa Thục. Hai ông rất chú trọng đến nền giáo dục và quan tâm coi trọng việc Đông Kinh nghĩa thục.
Điều này được thể hiện trong phong trào Đông Du, Phan Bội Châu đã đưa những thanh niên ưu tú đi du học ở nước ngoài và Đông Kinh Nghĩa Thục được thành lập bởi các sĩ phu yêu nước có cùng chí hướng với Phan Châu Trinh như Lương Văn Can, Nguyễn Quyền. Mục đích của nhà trường là: Nâng cao lòng yêu nước, tự hào dân tộc, chí tiến thủ cho quần chúng, truyền bá một nền học thuật mới và nếp sống văn minh tiến bộ, phối hợp hành động với các sĩ phu xuất dương và hỗ trợ phong trào Đông Du đang phát triển trong nước.
Đông kinh Nghĩa Thục được tổ chức thành 4 ban công tác: Một là Ban giáo dục chuyên lo giảng dạy và chiêu sinh. Học sinh của trường có lúc lên tới 2000 người, dạy các môn chính như sử kí, địa dư, toán pháp… Thứ hai là ban cổ động có nhiệm vụ tuyên truyền ảnh hưởng của trường ra ngoài quần chúng. Thứ ba là ban trước tác chuyên lo tài liệu học cho học sinh. Thứ tư là ban tài chính lo các khoản thu chi của nhà trường.
Nội dung của việc giảng dạy là tập trung chống tư tưởng phong kiến thối nát, thực hiện cuộc cải cách tư tưởng văn hóa, xã hội
Với nội dung giảng dạy của hội, Đông Kinh Nghĩa Thục đã nâng cao tinh thần yêu nước, lôi cuốn họ vào cuộc đấu tranh cho độc lập tự do và giàu mạnh của đất nước. Trong tư tưởng văn hóa thành tích của hội là đề cao chữ Quốc ngữ, từ đó
chữ Quốc ngữ nhanh chóng thâm nhập các lĩnh vực xã hội.Những tư tưởng này đã đáp ứng được phần nào nguyện vọng của nhân dân bị áp bức, bóc lột dưới ách thống trị của đế quốc và phong kiến.
Trong thơ ca cũng đã nói tơi hoạt động của Đông Kinh Nghĩa Thục: “Trường nghĩa thục đứng đầu dạy dỗ,
Khắp ba mươi sáu phố Hà thành Gái trai nô nức học hành,
Giáo sư mấy lớp, học sanh mấy ngàn, Buổi diễn thuyết người đông như hội, Kì bình văn khách đến như mưa Nôm Quốc ngữ, chữ Hán thư,
Bài thơ yêu nước, câu thơ hiệp đoàn, Trong chín tháng gió tràn, gió dập,
Tiếng Đông Kinh lừng khắp Đông Dương”. [4, tr.179]
Phan Châu Trinh rất khâm phục về tài trí và con người Phan Bội Châu. Đối với bản thân mình ông cũng rất đề cao giáo dục.Ngay những năm 1902 Phan Châu Trinh đã thấy sự tệ hại lối giáo dục phong kiến cũ. Ông cho rằng muốn phục quốc thì phải sửa đổi phép thi, thay đổi nền giáo dục cũ bằng nền giáo dục lấy kiến thức thực dụng làm nội dung, dạy con người nắm được tri thức cần thiết cho đời sống dân sinh, Ông phản đối lối học tứ chương bát cổ, sáo rỗng, hình thức làm suy đồi tâm trí của người dân. Đối với nền Nho học cuối mùa, ông lên án thẳng thừng:
Trách những kẻ sư nho dạy bảo Việc nhân tân thế đạo làm ngơ Bắt đầu dạy văn thơ
Ngũ ngôn bát cổ lờ mờ nghĩa đen Mong cho biết đua chen lợi danh Tìm những đường hủ bại mà đi
Sao không chỉ trỏ đường kia nẻo này. [21, tr.168]
Ông nhiều lần đòi chính phủ bảo hộ bỏ lối thi cũ, mở mang trường học, dạy kiến thức mới cho người dân Việt. Ông kêu gọi người trong nước : “Đồng bào ơi! Chi cho bằng học?” Ông không quản ngại khó khăn lặn lội vào Nam ra Bắc mở các trường học dân lập, riêng ở Quảng Nam mở được 40 trường, ông viết văn cổ động cho tân học, tài liệu ở các trường nghĩa thục chủ yếu là Tồn Thủ, Tân văn và các văn bản do ông và các đồng chí trước tác trong đó có tác phẩm “Tình quốc hồn ca” nổi bật những tư tưởng giáo dục mới. Có thể nói ông là người đầu tiên xây dựng một nề giáo dục mới chú trọng nội dung thực tiễn đáp ứng nhu cầu phát triển và canh tân.