Một vấn đề nữa nói lên sự khác nhau trong quan điểm cứu nước của hai ông đó là vấn đề cầu viện và tự lực. Đối với Phan Bội Châu thì ông muốn dựa vào sự
viện trợ từ bên ngoài để chống Pháp. Còn với Phan Châu Trinh thì ông phản đối điều đó và đi theo con đường dựa vào sức mạnh nội lực để cứu nước.
Phan Bội Châu muốn dựa vào sự viện trợ từ bên ngoài là bởi vì khi tiến hành chống Pháp, một trong những vấn đề quan trọng đó là phải có vũ khí hiện đại, trong khi quân ta thì chỉ có giáo mác, gậy…Bởi vậy phải ra ngoài cầu viện. Trong thời điểm đó nước Nhật Bản với sự nghiệp Minh Trị Duy tân thành công và việc Nhật Bản đánh bại bọn Sa Hoàng Nga, với một nước da vàng tiên tiến như vậy nên ông đã đề ra phương châm tranh thủ sự viện trợ.
Phan Bội Châu ngay từ khi còn là một thầy đồ Nho đã nuôi ý chí căm thù giặc, đã hợp các bạn bè đồng chí để tính việc “đánh đổ giặc Pháp, khôi phục nước Việt Nam, lập ra chính phủ độc lập” và đề ra ba kế hoạch trong đó có kế hoạch ngoại viện. Năm 1902, Phan Bội Châu bắt đầu cuộc hành trình đi tìm kiếm thêm những người có trí khí, có quan tâm tới việc chống Pháp ở trong Nam và ngoài Bắc. Không lâu sau, vào tháng 5-1904, Phan Bội Châu đã tập hợp được 20 người đồng chí chủ chốt, họp nhau lại thành lập nên hội Duy Tân. Một trong những chương trình của hội là ra ngoài cầu viện. Phan Châu Trinh cho rằng muốn đánh thắng Pháp thì cần có vũ khí tối tân cho nên phải ra ngoài cầu viện nhưng cầu viện bằng cách nào? Trước kia để chống lại sự xâm lược của Pháp, triều Nguyễn và các sĩ phu đều hi vọng vào sự giúp đỡ của Trung Quốc. Nhưng đến năm 1885 khi Pháp và triều đình Mãn Thanh kí hiệp ước với nhau thì nhà Thanh chấm dứt sự viện trợ cho Tôn Thất Thuyết. Do đó không hi vọng gì vào sự viện trợ từ Trung Quốc.
Từ sau cuộc Duy Tân của Minh Trị, Nhật bản đã trở thành một cường quốc. Phan Bội Châu và các sĩ phu yêu nước tiến bộ của ta từng được đọc cuốn sách Nhật Bản tam thập niên duy tân sử đầy hấp dẫn. Hướng về Nhật Bản, hy vọng ở Nhật Bản, đối với Phan Bội Châu lúc này, có một sự phấn chấn lạ thường. Bởi vì Nhật Bản vừa thắng trận lẫy lừng trong cuộc chiến tranh tranh chấp quyền lợi với
trung Quốc và nhất là trận đại thắng Nga Hoàng ở Lữ Thuận năm 1904. Nhật Bản lại là nước “đồng văn đồng chủng” với ta, và là “đồng châu” nữa, một nước đã:
“Cờ độc lập đứng đầu phát trước Nhật Bản kia vẫn nước đồng văn” [2, tr.329] Nên chi người bà con họ hàng có thể giúp ta đánh Pháp:
“Đôi bên, bên họ, bên cừu
Họ khôn phải học, cừu sâu phải đền” [2, tr.334]
Cũng nhân việc lưu trú trên đất Nhật một thời gian, Phan Bội Châu đã có được những ấn tượng về khoa học kĩ thuật tiến bộ và về trách nhiệm chính trị của tinh thần công dân của họ. Đến đây Phan Bội Châu thấy rằng, trước hết cần phải có thực lực của chính mình thì mới có thể mưu đồ cuộc giải phóng dân tộc được. Tư tưởng cầu viện của Phan Bội Châu chuyển từ Đông Du cầu viện quân sự sang Đông Du cầu học. Phan Bội Châu đã liên hệ với phía Nhật Bản về vấn đề cầu học và đã được một số trí thức tiên tiến của Nhật ủng hộ.
Tháng 7-1905 Phan Bội Châu về nước, gặp các yếu nhân của hội Duy Tân bàn việc đưa người xuất dương. Đưa thanh niên ưu tú sang du học bên Tokyo, nơi được coi là trung tâm văn hóa-chính trị của Đông Nam Á lúc bấy giờ, nhằm đào tạo nhân tài cứu nước, làm cho nước nhà tiến kịp với trình độ văn minh các nước trên thế giới, đó là mục đích tối hậu của phong trào Đông Du. Số thanh niên Đông Du lần lượt qua Nhật trong nhiều đợt từ 1905-1908, do những giao liên của hội Duy Tân dẫn đường hoặc bằng đường thủy…Có đến cả trăm học sinh được nhận vào các trường bên Nhật như trường Chấn Võ và Đồng văn. Các học sinh Việt Nam đều được đánh giá là học tốt.
Cho đến cuối năm 1908, chính phủ Nhật thỏa thuận với thực dân Pháp, ra lệnh trục xuất lưu học sinh Việt Nam, giải tán tổ chức Đông Du. Phan Bội Châu phải rời khỏi nước Nhật vào năm 1909. Phan Bội Châu và các đồng chí ngày càng nhận thấy rõ dã tam của bọn quân phiệt Nhật, thấy cái nghĩa phù nguy cứu tệ của
luôn lý bang giao cổ á Đông không còn phù hợp nữa nên cụ đã chuyển hướng sang Đảng cách mạng Trung Hoa.
Sự thay đổi của Phan Bội Châu là do chịu ảnh hưởng của tư tưởng “liên hiệp với tất cả các dân tộc nào đối đãi bình đẳng với chúng ta” của Tôn Trung Sơn. Cũng thông qua Tôn Trung Sơn Cụ còn được biết có một người Nhật tên là Cung Kỳ Thao Thiên đã đồng tình với vận mệnh của các dân tộc nhược tiểu bị áp bức ở Châu Á. Căn cứ vào hồi kí của Phan Bội Châu thì Cung Kỳ Thao Thiên đã từng nói với Cụ rằng: “Sức lực của nước ngài không thể đánh đổ người Pháp, cần phải nhờ một nước bạn thân viện trợ, nhất thiết là phải như vậy. Nhưng Nhật Bản làm sao có thể viện trợ nhiều cho Ngài? Nhìn chung những nhà chính trị Nhật Bản chỉ giàu về dã tâm, nhỏ mọn về nghĩa khí. Ngài nên khuyên bọn thanh niên của nước Ngài học những thứ tiếng Anh, Nga, Đức, kết giai với thế giới, vạch trần tội ác của Pháp, làm cho mọi người đều biết. Trọng nhân đạo ghét cường quyền, trong thế giới này chẳng thiếu những người như thế, họ có thể giúp đỡ cho Ngài được” [15, tr.88]. Phan Bội Châu đã tổng kết bài học của phong trào Đông Du tiếp nhận những lời khuyên của Tôn Trung Sơn và của Cung Kỳ Thao Thiên, có sự thay đổi về tư tưởng trong việc tranh thủ ngoại viện. Cụ Nói: “đến bây giờ tôi mới nghiệm thấy đúng và mới nảy ra tư tưởng liên kết với Trung Quốc” [26, tr.88]. Về sau Cụ tham gia lập “Đông Á đồng minh hội” khát vọng liên hiệp với những người cách mạng ở các nước Đông Nam Á.
Nhưng sự khác nhau giữa Phan Bội Châu và Phan Châu Trinh về cơ bản là phản đối việc cầu ngoại viện Phan Châu Trinh nói: “không nên nhờ vào nước ngoài, nhờ vào nước ngoài là ngu”. Cụ rất phản đối cầu viện Nhật Bản. Phan Châu Trinh nhận thấy ý đồ của một nước Nhật Bản đang muốn vươn lên đứng vào vị thế một đế quốc trẻ nhiều tham vọng, nên ông không tán thành cầu ngoại viện. Hơn nữa Cụ nhìn thấy sức mạnh dân chủ nên không đồng ý việc lợi dụng quân chủ để mong Nhật trợ giúp. Cụ cho rằng một nước bản thân không thể tự chủ được thì ai
có thể trở thành cứu tinh của nước mình được. Triều Tiên, Đài Loan chính là những nước ví dụ, người Nhật Bản mạnh hơn so với Pháp là ở chỗ này. Nếu như quốc dân không có tư chất độc lập, chỉ trông ngóng vào sự viện trợ từ bên ngoài thì chẳng qua cũng chỉ là trò chơi tấn kịch “đổi chủ”, vẫn chỉ là kiếp nô lệ, chẳng có ích gì. Về đường lối cứu nước, Phan Châu trinh thẳng thắn và kiên trì bảo vệ quan điểm tự lực khai hóa của mình phản đối việc cầu viện nước ngoài.
Đây chính là những điều kiện để tiến tới giải phóng dân tộc. Ông đề cao phương châm: “Tự lực khai hóa” vận động những người cùng chí hướng thức tỉnh dân chúng, tuyên truyền tư tưởng dân quyền, vận động mở trường học theo lối mới, hô hào phát triển công, nông, thương nghiệp, cải cách phong tục, chống lề thói phong kiến hủ tục.
Như vậy với lập trường tư tưởng riêng, mỗi người một suy nghĩ đã đưa ra những hoạt động khác nhau. Phan Bội Châu với con đường ra ngoài xin viện trợ. Mặc dù bị thất bại song qua phong trào Đông Du này các lưu học sinh cũng như các nhà lãnh đạo có dịp tiếp xúc với bạn bè đồng học của các nước Đông Nam Á, mở rộng quan hệ hợp tác hữu nghị với các nhà cách mạng Trung Quốc, Triều Tiên, Nhật Bản..và tạo lập được một số tổ chức cách mạng quốc tế như hội Đông Á đồng minh…Còn với Phan Châu Trinh thì ông đã đi theo con đường tự lực khai hóa mở mang dân trí. Trong hai quan điểm này thì thấy rằng tư tưởng của Phan Châu Trinh tiến bộ hơn Phan Bội Châu. Bởi lẽ Phan Bội Châu vì sự hạn chế của điều kiện giai cấp mà ông không nhìn thấy cái thực lực của trong nước ở chỗ nào. Cái lực lượng hùng hậu của nông dân, ông không sao trông thấy mà sử dụng được. Lúc trước ông hô hào người trong nước đồng tâm đánh giặc nhưng chỉ là tầng lớp trên và tầng lớp trung gian. Ông chỉ thấy những cá nhân chống Pháp theo tình cảm mà không thấy cả những tầng lớp chống Pháp vì quyền lợi. Ông đã hi vọng vào sự viện trợ từ bên ngoài và kết quả là vỡ mộng. Đối với Phan Châu Trinh nhận thấy ý đồ của một nước Nhật Bản đang muốn vươn lên đứng vào vị thế một đế quốc trẻ nhiều tham
vọng, nên ông không tán thành cầu ngoại viện. Bởi vậy mà Phan Chu Trinh tương đối sớm đã nhận thức được rằng không thể trông chờ vào sự giúp đỡ của Nhật Bản, và chủ trương nâng cao dân trí cho dân chúng Việt Nam của Cụ ở đây rất có lí. Nhưng ngược lại hi vọng dựa vào “nước mẹ” Đại Pháp giúp đỡ để tiến hành cải cách đã khiến cho Cụ rơi vào sai lầm nghiêm trọng hơn Phan Bội Châu.